【技术实现步骤摘要】
本公开涉及关联处理存储器序列比对。
技术介绍
1、生物体的遗传信息存储在基因组中，所述基因组包含称为核苷酸的碱基的线性串(例如，序列)，其编码生物体所需的所有指令。常见实例包含：脱氧核糖核酸(dna)，其包含核苷酸腺嘌呤(a)、鸟嘌呤(g)、胞嘧啶(c)及胸腺嘧啶(t)；及核糖核酸(rna)，其包含核苷酸a、c、g，但不包含t而包含尿嘧啶(u)。确定基因组中的核苷酸或其部分的顺序(例如，序列)被称为测序。
2、确定遗传信息(例如，随机dna片段、基因、染色体、整个基因组)的序列涉及将核苷酸串断成较短串并扩增(例如，复制)所述较短串。接着，例如通过用不同荧光标记标记不同核苷酸并分析荧光信号来确定较短串的序列。然而，存在其它测序技术。针对较短串确定的每一序列被称为“读数”。这些读数经分析并重组(例如，比对)以提供较长串的序列(例如，遗传信息序列)。在一些情况下，读数可重新比对以确定未知基因序列。在其它情况下，读数可与参考序列进行比对。
3、当使用参考序列时，将来自样本序列的读数与参考序列作比较以确定读数与参考序列进行...
【技术保护点】
1.一种方法，其包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括通过对于所述后续多个列中的每一者每列将所述第一基因序列移位一个核苷酸来产生所述多个排列。
3.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括用对应于“任意项”的数据填补所述后续多个列的所述多个行中的至少一个行。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述多个行中用“任意项”填补的行的数目对应于所述第一基因序列移位的核苷酸的数目。
5.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：
6.根据权利要求1所述的方法，其中提供所述结果包括提供多个值，其中多个值的数目等于...
【技术特征摘要】
1.一种方法，其包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括通过对于所述后续多个列中的每一者每列将所述第一基因序列移位一个核苷酸来产生所述多个排列。
3.根据权利要求2所述的方法，其进一步包括用对应于“任意项”的数据填补所述后续多个列的所述多个行中的至少一个行。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述多个行中用“任意项”填补的行的数目对应于所述第一基因序列移位的核苷酸的数目。
5.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：
6.根据权利要求1所述的方法，其中提供所述结果包括提供多个值，其中多个值的数目等于所述第一列及所述后续多个列的数目。
7.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述第一基因序列及所述第三基因序列是参考序列的多个部分的对应部分。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述第一基因序列与所述第三基因序列重叠至少一个核苷酸。
10.根据权利要求7所述的方法，其中所述平面及所述第二平面定位于所述apm装置的不同片块上，所述方法进一步包括：
11.一种方法，其包括：
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述第二基因序列及所述第二基因序列的所述多个排列存储在所述apm装置的多个列中的单独列中，其中所述apm装置基...
【专利技术属性】
技术研发人员：J·埃诺，S·S·艾勒特，A·D·艾卡尔，K·M·丘尔维兹，
申请(专利权)人：美光科技公司，
类型：发明
国别省市：
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