心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用技术

本发明专利技术涉及生物信息技术领域，公开一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用，本发明专利技术通过将心血管疾病相关肠道微生物及其代谢产物进行组合策略研究，构建全面的、精确到种水平的心血管疾病相关代谢基因数据库和心血管疾病相关物种数据库，能够辅助研究人员全面、准确、快速地分析人体微生物组中心血管疾病相关代谢产物及其关联物种；在生命健康领域，构建的心血管疾病相关代谢基因数据库可作为心血管疾病早期诊断的生物标记物参考，构建的心血管疾病相关物种数据库则有利于辅助鉴定特定心血管疾病相关的细菌类群，心血管疾病相关代谢基因数据库和心血管疾病相关物种数据库能够为心血管疾病的靶向治疗提供重要的数据支撑，并为生命健康领域相关研究提供数据基础。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物信息，尤其涉及一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法及应用。

技术介绍

1、目前对于确定cvd的新治疗靶点仍有明确且未满足的治疗需求。遗传因素在cvd疾病的发病机制中起着重要作用，然而，大规模的遗传研究表明，遗传变异只是导致cvd风险的一个小因素(<20％)。因此，环境因素在cvd发病机制中起着主要作用，长期以来，饮食是导致cvd发病风险的主要因素。肠道中的常驻微生物群落是人们饮食的关键“代谢过滤器”，因为它们可以将常见营养素转化为代谢产物，其中一些与cvd密切相关。这些代谢产物被宿主受体系统感知，以不需要微生物直接与宿主相互作用的方式影响cvd的发病机制。

2、研究表明，饮食、肠道微生物群依赖性代谢与心血管疾病(cvd)和代谢性疾病的发展之间存在着一种机制联系。红肉中胆碱、磷脂酰胆碱和左旋肉碱具有较高含量，它们是三甲胺(tma)的前体。肠道菌群可通过摄入食物中的胆碱产生三甲胺(tma)，tma经肝肠循环进入肝脏，经过黄素单氧酶氧化形成三甲胺n-氧化物(tmao)，tmao是冠状动脉疾病发展的危险因素，根据血浆本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法，其特征在于，所述获取TMA参考基因序列数据，通过隐马尔可夫模型在细菌参考基因组完成图中对TMA参考基因序列数据进行序列比对和搜索，构建TMGC数据库，具体为：

3.根据权利要求2所述的心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法，其特征在于，所述通过TMGC数据库和物种数据库对健康者和心血管疾病患者的肠道菌群元基因组数据进行分析健康者和心血管疾病患者在基因和物种上的差异，以验证心血管疾病与TMA的相关性，包括：

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【技术特征摘要】

1.一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1所述的心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法，其特征在于，所述获取tma参考基因序列数据，通过隐马尔可夫模型在细菌参考基因组完成图中对tma参考基因序列数据进行序列比对和搜索，构建tmgc数据库，具体为：

3.根据权利要求2所述的心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法，其特征在于，所述通过tmgc数据库和物种数据库对健康者和心血管疾病患者的肠道菌群元基因组数据进行分析健康者和心血管疾病患者在基因和物种上的差异，以验证心血管疾病与tma的相关性，包括：

4.根据权利要求3所述的心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的构建方法，其特征在于，还包括：

5.一种心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的应用方法，其特征在于，包括：

6.根据权利要求5所述的心血管疾病相关代谢基因和物种数据库的应用方法，其特征在于，预设序列要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱宝利，贾书磊，律娜，潘元龙，张瑞芬，
申请(专利权)人：中国科学院微生物研究所，
类型：发明
国别省市：

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