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【技术实现步骤摘要】
本公开涉及人工智能,具体涉及生物计算,尤其涉及一种抗原抗体的复合体构象的获取方法、装置及电子设备。
技术介绍
1、蛋白质构象尤其是蛋白复合体构象在生命科学研究中占有重要的意义,其不仅揭示了蛋白质之间相互作用的机制,还为药物设计、疾病研究和基因组学等领域提供了有价值的工具和见解。
2、抗原抗体复合体构象是其中一类特殊的蛋白复合体,抗原抗体的复合体构象决定了其在人体内发挥的功能,也决定了抗体活性,对抗体药物设计有重要的作用。然而,绝大部分抗体抗原复合体构象未知,基于实验的方法得到抗原抗体复合体构象的成本较高。
技术实现思路
1、本公开提供了一种用于抗原抗体的复合体构象的获取方法、装置及电子设备。
2、根据本公开的一方面,提供了一种抗原抗体的复合体构象的获取方法,包括:获取氨基酸序列,其中所述氨基酸序列包括抗原序列和参考抗体序列;对所述氨基酸序列进行多序列比对msa,得到每条蛋白链的msa序列和所述蛋白链对应的参考构象;根据所述氨基酸序列、所述蛋白链的msa序列和所述参考构象,获取抗原抗体的复合体构象。
3、根据本公开的另一方面,提供了一种抗原抗体的复合体构象的获取装置,包括:第一获取模块,用于获取氨基酸序列,其中所述氨基酸序列包括抗原序列和参考抗体序列;msa模块,用于对所述氨基酸序列进行多序列比对msa,得到每条蛋白链的msa序列和所述蛋白链对应的参考构象;第二获取模块,用于根据所述氨基酸序列、所述蛋白链的msa序列和所述参考构象,获取抗原抗体的复
4、根据本公开的另一方面,提供了一种电子设备,包括:至少一个处理器;以及与所述至少一个处理器通信连接的存储器;其中,所述存储器存储有可被所述至少一个处理器执行的指令,所述指令被所述至少一个处理器执行,以使所述至少一个处理器能够执行上述一方面实施例所述的抗原抗体的复合体构象的获取方法。
5、根据本公开另一方面,提供了一种存储有计算机指令的非瞬时计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序/指令,所述计算机指令用于使所述计算机执行上述一方面实施例所述的抗原抗体的复合体构象的获取方法。
6、根据本公开的另一方面,提供了一种计算机程序产品,包括计算机程序/指令,所述计算机程序/指令被处理器执行时实现上述一方面实施例所述的抗原抗体的复合体构象的获取方法。
7、应当理解,本部分所描述的内容并非旨在标识本公开的实施例的关键或重要特征,也不用于限制本公开的范围。本公开的其它特征将通过以下的说明书而变得容易理解。
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1.一种抗原抗体的复合体构象的获取方法,其中,所述方法包括:
2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述根据所述氨基酸序列、所述蛋白链的MSA序列和所述参考构象,获取抗原抗体的复合体构象,包括:
3.根据权利要求2所述的方法,其中,所述获取所述氨基酸序列中氨基酸对之间的第一氨基酸对编码,包括:
4.根据权利要求2所述的方法,其中,所述根据所述第一氨基酸对编码、所述第一MSA编码和所述参考构象,获取抗原抗体的复合体构象,包括:
5.根据权利要求4所述的方法,其中,所述根据所述第二氨基酸对编码和所述第二MSA编码,获取抗原抗体的复合体构象,包括:
6.根据权利要求5所述的方法,其中,所述根据所述第三氨基酸对编码和第三MSA编码,获取抗原抗体的复合体构象,包括:
7.根据权利要求6所述的方法,其中,所述根据所述氨基酸编码和所述第三氨基酸对编码,以及初始化的结构信息进行坐标预测,得到蛋白质的原子三维坐标,包括:
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法,其中,所述根据所述氨基酸序列、所述蛋白链的MSA序列和
9.根据权利要求8所述的方法,其中,所述方法还包括:
10.根据权利要求9所述的方法,其中,所述对所述参考抗体序列的抗体属性进行期望验证,包括:
11.根据权利要求10所述的方法,其中,所述抗体属性至少包括抗体与抗原的亲和力和抗体免疫原性。
12.根据权利要求9所述的方法,其中,所述对所述参考抗体序列进行突变,包括:
13.一种抗原抗体的复合体构象的获取装置,其中,所述装置包括:
14.根据权利要求13所述的装置,其中,所述第二获取模块,还用于:
15.根据权利要求14所述的装置,其中,所述第二获取模块,还用于:
16.根据权利要求14所述的装置,其中,所述第二获取模块,还用于:
17.根据权利要求16所述的装置,其中,所述第二获取模块,还用于:
18.根据权利要求17所述的装置,其中,所述第二获取模块,还用于:
19.根据权利要求18所述的装置,其中,所述第二获取模块,还用于:
20.根据权利要求13-19中任一项所述的装置,其中,所述装置还包括:
21.根据权利要求20所述的装置,其中,所述验证模块,还用于:
22.根据权利要求21所述的装置,其中,所述验证模块,还用于:
23.根据权利要求22所述的装置,其中,所述抗体属性至少包括抗体与抗原的亲和力和抗体免疫原性。
24.根据权利要求21所述的装置,其中,所述验证模块,还用于:
25.一种电子设备,包括:
26.一种存储有计算机指令的非瞬时计算机可读存储介质,其中,所述计算机指令用于使所述计算机执行根据权利要求1-12中任一项所述的方法。
27.一种计算机程序产品,包括计算机程序/指令,其特征在于,该计算机程序/指令被处理器执行时实现权利要求1-12中任一项所述的方法。
...【技术特征摘要】
1.一种抗原抗体的复合体构象的获取方法,其中,所述方法包括:
2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述根据所述氨基酸序列、所述蛋白链的msa序列和所述参考构象,获取抗原抗体的复合体构象,包括:
3.根据权利要求2所述的方法,其中,所述获取所述氨基酸序列中氨基酸对之间的第一氨基酸对编码,包括:
4.根据权利要求2所述的方法,其中,所述根据所述第一氨基酸对编码、所述第一msa编码和所述参考构象,获取抗原抗体的复合体构象,包括:
5.根据权利要求4所述的方法,其中,所述根据所述第二氨基酸对编码和所述第二msa编码,获取抗原抗体的复合体构象,包括:
6.根据权利要求5所述的方法,其中,所述根据所述第三氨基酸对编码和第三msa编码,获取抗原抗体的复合体构象,包括:
7.根据权利要求6所述的方法,其中,所述根据所述氨基酸编码和所述第三氨基酸对编码,以及初始化的结构信息进行坐标预测,得到蛋白质的原子三维坐标,包括:
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法,其中,所述根据所述氨基酸序列、所述蛋白链的msa序列和所述参考构象,获取抗原抗体的复合体构象之后,还包括:
9.根据权利要求8所述的方法,其中,所述方法还包括:
10.根据权利要求9所述的方法,其中,所述对所述参考抗体序列的抗体属性进行期望验证,包括:
11.根据权利要求10所述的方法,其中,所述抗体属性至少包括抗体与抗原的亲和力和抗体免疫原性。
12.根据权利要求9所述...
【专利技术属性】
技术研发人员:郜杰,胡靖,刘荔行,朱昆睿,方晓敏,张肖男,何径舟,
申请(专利权)人:北京百度网讯科技有限公司,
类型:发明
国别省市:
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