分子对接方法及分子对接系统、电子设备、存储介质技术方案

技术编号:40967009 阅读:19 留言:0更新日期:2024-04-18 20:47
本申请提供了分子对接方法及分子对接系统、电子设备、存储介质,解决了现有技术中分子对接技术中药物发现和化合物结构改造等相关研究的效率低的技术问题。本申请提供的分子对接方法,将分子对接软件以及三维结构显示软件结合,采用分子对接软件将蛋白质分子和至少一个目标配体进行对接,以确定至少一个分子对接构象文件,并将至少一个分子对接构象文件输入至三维结构显示软件,三维结构显示软件将一个蛋白质分子与至少一个目标配体之间的相互作用进行三维显示,使药学研究者可视化蛋白质分子与至少一个目标配体之间的相互作用,充分利用分子对接方法获取更多的蛋白质与目标配体之间的有效信息,提高了药物发现和化合物结构改造等研究的效率。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及分子对接,尤其涉及分子对接方法及分子对接系统、电子设备、存储介质


技术介绍

1、分子对接是一种主要研究蛋白质与配体分子之间的相互作用,并预测其结合模式和亲合力的理论模拟方法。由于实验条件的限制,获取目标蛋白质与目标配体的复合物晶体结构通常极其困难,且费用极其昂贵。因此,分子对接成为研究配体小分子和受体生物大分子相互作用的经典药物设计方法,在药物发现、化合物结构改造等研究中发挥着重要的作用。

2、分子对接方法可以通过打分函数挑选出与受体的形状和性质匹配最佳的配体构象,并给出亲和力打分,以帮助研究人员筛选出可能的药物候选化合物。

3、目前有多种工具可以用于蛋白和配体分子对接,比如商业软件moe、discovery studio等,开源工具autodock、autodock vina、vinardo和ledock等,以及在线网站d3targets-2019-ncov和d3carp等。但是现有的方法和工具存在以下弊端:不支持可视化分析功能,需借助其他工具自行分析,较为繁琐,另外未能提供有关对接打分、蛋白-配体相互作用、配体物理化本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种分子对接方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的分子对接方法,其特征在于,所述基于所述分子对接构象文件,采用分子三维结构显示软件识别所述蛋白质与所述目标配体之间的多类相互作用,包括:

3.根据权利要求1所述的分子对接方法,其特征在于,所述根据所述蛋白质结构文件、所述目标配体结构文件以及所述参考配体结构文件,对所述蛋白质与所述目标配体进行分子对接,包括:

4.根据权利要求1所述的分子对接方法,其特征在于,所述获取蛋白质的蛋白质结构文件、参考配体结构文件以及目标配体的目标配体结构文件,包括:

5.根据权利要求4所述的分子对接方...

【技术特征摘要】

1.一种分子对接方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的分子对接方法,其特征在于,所述基于所述分子对接构象文件,采用分子三维结构显示软件识别所述蛋白质与所述目标配体之间的多类相互作用,包括:

3.根据权利要求1所述的分子对接方法,其特征在于,所述根据所述蛋白质结构文件、所述目标配体结构文件以及所述参考配体结构文件,对所述蛋白质与所述目标配体进行分子对接,包括:

4.根据权利要求1所述的分子对接方法,其特征在于,所述获取蛋白质的蛋白质结构文件、参考配体结构文件以及目标配体的目标配体结构文件,包括:

5.根据权利要求4所述的分子对接方法,其特征在于,基于所述初始蛋白质复合物结构文件对初始蛋白质进行优化处理,以得到蛋白质结构文件以及参考配体结构文件,包括:

6.根据权利要求5所述的分子对接方法,其特征在于,基于所述第一蛋白质结构文件,对所述初始蛋白质进行质子化处理,以输出蛋白质结构文件,包括:

7.根据权利要求4所述的分子对接方法,其特征在于,基于初始目标配体结构文件对所述初...

【专利技术属性】
技术研发人员:石禹龙陈照强
申请(专利权)人:晶泰智药技术上海有限公司
类型:发明
国别省市:

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