一种基于突变蛋白构建的多层次虚拟筛选方法及其应用技术

本发明专利技术涉及一种基于突变蛋白构建的多层次虚拟筛选，以及筛选抑制剂在预防和/或治疗β‑catenin蛋白介导的恶性肿瘤疾病中的应用。在构建三种突变蛋白的三维结构的基础上，通过分别分析第一次虚拟筛选得到的结合能排名前1％小分子化合物种类，选取黄酮类化合物作为第二次筛选库再次进行虚拟筛选，获得三种突变β‑catenin与黄酮类化合物的对接得分结果，得到排名前1％化合物，进行分子对接与活性研究以验证其抑制效果。本发明专利技术通过构建突变蛋白的三维pdb文件获得筛选的受体蛋白，经过多层次的虚拟筛选，自建二次虚拟筛选配体文库，丰富了该种类配体品种，在降低实验筛选化合物数量的同时，有效提升虚拟筛选精确率，缩短研发周期和节约成本，具有治疗和/或预防突变β‑catenin蛋白介导的恶性肿瘤疾病上的应用前景。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及抗肿瘤药物设计领域，具体涉及针对突变β-catenin蛋白的构建以及基于结构的多层次虚拟筛选与分子对接技术以及其筛选的抑制剂在抗恶性肿瘤领域的应用。

技术介绍

1、胞质β-catenin蛋白(β-连环蛋白)是wnt信号级联中的一种效应蛋白。异常的wnt-β-catenin信号传导可促进不同恶性肿瘤疾病的发生和/或进展。由于wnt通路中β-catenin、apc、axin1或其他基因的突变，细胞质β-catenin水平升高，促进其自由易位到细胞核中，并在核内参与组成转录复合体，通过与t细胞因子(tcf)-淋巴细胞增强因子(lef)家族结合而作为转录因子(inomata m,ochiai a,akimoto s,kitano s,hirohashis.alteration ofβ-catenin expression in colonic epithelial cells of familialadenomatous polyposis patients.cancer res 1996；56:2213-2217.)。

<p>2、肝母细胞瘤是本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于突变蛋白构建的多层次虚拟筛选方法及其应用，所述突变β-catenin蛋白抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的突变蛋白多层次虚拟筛选方法，其特征在于，在S1步骤中根据三种突变类型使用Swissmodel软件构建突变蛋白得pdb文件，并对得到的受体蛋白进行结构修复。

3.根据权利要求1所述的突变蛋白多层次虚拟筛选方法，其特征在于，在S2步骤中，活性位点的中心坐标是β-catenin蛋白与抑制剂RS6452的共结晶配体中活性位点的中心位点，具体为：利用β-catenin蛋白与抑制剂RS6452小分子具有良好的对接效果，其...

【技术特征摘要】

1.一种基于突变蛋白构建的多层次虚拟筛选方法及其应用，所述突变β-catenin蛋白抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：

2.根据权利要求1所述的突变蛋白多层次虚拟筛选方法，其特征在于，在s1步骤中根据三种突变类型使用swissmodel软件构建突变蛋白得pdb文件，并对得到的受体蛋白进行结构修复。

3.根据权利要求1所述的突变蛋白多层次虚拟筛选方法，其特征在于，在s2步骤中，活性位点的中心坐标是β-catenin蛋白与抑制剂rs6452的共结晶配体中活性位点的中心位点，具体为：利用β-catenin蛋白与抑制剂rs6452小分子具有良好的对接效果，其作用位点中心坐标为(13.817，-8.312，11.485)，即为对接活性位点的中心坐标。

4.根据权利要求1所述的突变蛋白多层次虚拟筛选方法，其特征在于，在s2步骤中，虚拟筛选的对接结合位点选自β-catenin蛋白与抑制剂rs6452结合得中心位点，使用sailvina软件将其复合物得共结晶配体位点确定为中心坐标，设置对接球体半径与对接次数，分别将三种突变蛋白筛选得到的对接结合能评分进行排序。

5.根据权利要求1所述的突变蛋白多层次虚拟筛选方法，其特征在于，在s3步骤中，自建虚拟筛选库具体为：根据s2中排名前1％的化合物中确定黄酮类化合物作为二次筛选化合物，搜集该种类的同类化合物建立二次虚拟筛选库。

6.根据权利要求1所述的突变蛋白多层次虚拟筛选方法，其特征在于，...

【专利技术属性】
技术研发人员：何牮，刘梓学，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院，
类型：发明
国别省市：