【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、靶富集(te)技术广泛应用于基因组研究，包括人类疾病研究和临床应用。与全基因组分析诸如全基因组测序相比，这些技术提供了集中的并且具有成本效益的解决方案。通过将分析仅集中在基因组中感兴趣的区上，人们可以识别疾病或表型相关的遗传变异和其他相关的基因组特征，并为此类特征设计成本有效的临床诊断测定。
2、一开始，靶富集利用单链dna(ssdna)探针和探针池来捕获高复杂性样品诸如基因组样品中的感兴趣区。最近，双链dna(dsdna)探针在te工作流程中变得流行。dsdna探针因其捕获目标区的正(+)和负(-)链的能力而受到青睐，通过最小化dna链捕获偏差由此来提高数据质量。遗憾的是，这些探针的双链性质导致自退火、交叉退火和其他伪象，从而导致测定性能下降，并最终导致测定灵敏度丧失。
3、鉴于靶富集对于将成本有效的基因组分析引入临床至关重要，因此需要提高靶富集测定中探针的性能。
技术实现思路
1、在一个实施例中，本专利技术是一种用于核酸杂交的组合物，其包含：两种或更多种探针寡核苷酸，各探针寡核苷酸包含靶结合区以及第一引物结合区和第二引物结合区；以及能够与引物结合区中的至少一者杂交的一种或多种增强子寡核苷酸。在一些实施例中，两种或更多种探针寡核苷酸包含能够在杂交条件下与多种核酸靶标特异性杂交的多种探针寡核苷酸。在一些实施例中，杂交条件是严格的杂交条件。在一些实施例中，探针寡核苷酸是双链的。在一个实施例中，探针寡核苷酸是单链的。在一些实施例中，所有探针寡核苷
2、在一个实施例中，本专利技术是一种用于核酸靶富集的组合物，其包含：两种或更多种探针寡核苷酸，各探针寡核苷酸包含靶结合区以及第一引物结合区和第二引物结合区；以及能够与引物结合区中的至少一者杂交的一种或多种增强子寡核苷酸。在一些实施例中，两种或更多种探针寡核苷酸包含能够在杂交条件下与存在于与非靶核酸的混合物中的多种核酸靶特异性杂交的多种探针寡核苷酸。在一些实施例中，所述组合物进一步包含靶核酸与非靶核酸的混合物。在一些实施例中，
3、在一个实施例中，本专利技术是一种富集靶核酸的方法，该方法包括：使靶核酸与非靶核酸的混合物与组合物接触，该组合物包含：两种或更多种探针寡核苷酸，各探针寡核苷酸包含靶结合区以及第一引物结合区和第二引物结合区，以及与引物结合区中的至少一者杂交的一种或多种增强子寡核苷酸；在杂交条件下孵育该混合物；以及将探针结合的靶核酸与未结合的核酸分离。在一些实施例中，靶核酸、非靶核酸、两种或更多种探针寡核苷酸和一种或多种增强子寡核苷酸中的每一种都是单链的。在一些实施例中，该方法在杂交之前进一步压缩，在实现核酸变性的条件下孵育混合物。
4、在一些实施例中，靶核酸和非靶核酸的混合物构成生物体的基因组dna。在一些实施例中，靶核酸和非靶核酸的混合物构成由生物体的基因组dna形成的文库。在一些实施例中，文库包含从生物体分离的核酸，各核酸与至少一个衔接子核酸缀合，例如，两个衔接子核酸。在一些实施例中，衔接子核酸包括核酸条形码和通用引物结合位点。
5、在一些实施例中，该方法进一步包括从混合物中去除任何单链核酸，例如，通过经由探针寡核苷酸中存在的捕获部分捕获杂交的核酸。
6、在一个实施例中，本专利技术是一种对核酸进行测序的方法，包括：使靶核酸和非靶核酸的混合物与组合物接触，该组合物包含两种或更多种探针寡核苷酸，各探针寡核苷酸包含靶结合区以及第一引物结合区和第二引物结合区，以及与引物结合区中的至少一者杂交的一种或多种增强子寡核苷酸；在杂交条件下孵育混合物；捕获在探针与靶核酸之间形成的杂交体以获得富集的核酸；以及对富集的核酸进行测序。在一些实施例中，靶核酸、非靶核酸、两种或更多种探针寡核苷酸和一种或多种增强子寡核苷酸中的每一种都是单链的。在一些实施例中，需要在杂交之前进行变性。在一些实施例中，该方法进一步包括例如用与富集的核酸中的通用引物结合位点结合的通用引物扩增富集的核酸。在一些实施例中，本专利技术是通过本文所述的方法形成的富集的核酸文库。
7、在一个实施例中，本专利技术是一种反应混合物，其包含：包括靶核酸和非靶核酸的多种核酸；两种或更多种探针寡核苷酸，各探针寡核苷酸包含靶结合区以及第一引物结合区和第二引物结合区；能够与引物结合区中的至少一者杂交的一种或多种增强子寡核苷酸。在一些实施例中，两种或更多种探针寡核苷酸包含能够在杂交条件下与存在于与非靶核酸的混合物中的多种核酸靶特异性杂交的多种探针寡核苷酸。在一些实施例中，包括靶核酸和非靶核酸的多种核酸构成由生物体的基因组dna形成的文库，该文库包含从生物体分离的核酸，各核酸与至少一个衔接子核酸缀合。
8、在一个实施例中，本专利技术是一种评定患者中的疾病或病症的方法，该方法包括：提供来自患者的含有核酸的样品，通过本文描述的方法富集样品中的靶核酸，在富集的靶核酸中确定已知为疾病或病症的生物标志物的一个或多个遗传基因座的突变状态，由此检测患者中的疾病或病症。
9、在一个实施例中，本专利技术是一种选择治疗患者中疾病或病症的方法，该方法包括：提供来自患有疾病或病症的患者的含有核酸的样品，通过本文所述的方法富集样品中的靶核酸，在富集的靶核酸中确定已知为疾病或病症的生物标志物的一个或多个遗传基因座的突变状态，并选择适合于在富集的核酸中检测到的突变的治疗。
10、在一个实施例中，本专利技术是一种针对患者中癌性肿瘤的存在情况进行诊断或筛查的方法，该方法包括：提供来自患者的含有核酸的样品，通过本文所述的方法富集样品中的靶核酸，在富集的核酸中确定已知指示癌性肿瘤的存在情况的一个或多个遗传基因座的突变状态，由此检测患者中癌性肿瘤的存在情况。
11、在一个实施例中，本专利技术是一种基于肿瘤的突变状态选择靶向患者中的癌性肿瘤的治疗的方法，该方法包括：提供来自患者的含有核酸的样品，通过本文所述的方法富集样品中的靶核酸，在富集的核酸中确定已知突变的癌性肿瘤的一个或多个遗传基因座的突变状态，并选择靶向所发现的突变状态的治疗。
12、在一个实施例中，本专利技术是一种监测肿瘤生长或缩小的方法，该方法包括：周期性地从患者进行循环游离dna(cfdna)采样，通过本文所述的方法富集cfdna中的一个或多个靶序列，检测含有已知在癌性肿瘤中突变的靶序列中的一个或多个突变的突变cfdna的量的变化，其中此类突变cf本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于核酸杂交的组合物，所述组合物包含：
2.根据权利要求1所述的组合物，其中所有所述探针寡核苷酸具有相同的第一引物结合区和相同的第二引物结合区。
3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述增强子寡核苷酸包含能够与所述第一引物结合区和所述第二引物结合区杂交的寡核苷酸的混合物。
4.一种用于核酸靶富集的组合物，所述组合物包含：
5.根据权利要求4所述的组合物，其中所有所述探针寡核苷酸具有相同的第一引物结合区和相同的第二引物结合区。
6.根据权利要求4所述的组合物，其中所述增强子寡核苷酸包含能够与所述第一引物结合区和所述第二引物结合区杂交的寡核苷酸的混合物。
7.一种富集靶核酸的方法，所述方法包括：
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述靶核酸和非靶核酸的混合物构成由生物体的基因组DNA形成的文库，
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述文库中的各核酸与两个衔接子核酸缀合。
10.一种对核酸进行测序的方法，所述方法包括：
11.一种反应混合物，其包含：
<...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于核酸杂交的组合物，所述组合物包含：
2.根据权利要求1所述的组合物，其中所有所述探针寡核苷酸具有相同的第一引物结合区和相同的第二引物结合区。
3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述增强子寡核苷酸包含能够与所述第一引物结合区和所述第二引物结合区杂交的寡核苷酸的混合物。
4.一种用于核酸靶富集的组合物，所述组合物包含：
5.根据权利要求4所述的组合物，其中所有所述探针寡核苷酸具有相同的第一引物结合区和相同的第二引物结合区。
6.根据权利要求4所述的组合物，其中所述增强子寡核苷酸包含能够与所述第一引物结合区和所述第二引物结合区杂交的寡核苷酸的混合物。
7.一种富集靶核酸的方法，所述方法包括：
8.根据权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈锐，T·盖图什，D·沙伦，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：
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