基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法及系统技术方案

本发明专利技术公开了基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法及系统，方法包括：S1，输入DNA序列，转换为等长度的DNA数值序列u；S2，设计B‑样条小波变换函数，对DNA数值序列u进行小波变换，获得小波系数U(a<subgt;j</subgt;,b)；S3，利用陷滤波器和B‑样条小波变换函数计算尺度a<subgt;j</subgt;上的噪声能量；S4，初始化修正空间屏蔽滤波器；S5，小波系数U(a<subgt;j</subgt;,b)进入MSSNF滤波器进行迭代计算后，获得滤波后小波系数迭代计算以c·PU<supgt;(n)</supgt;(a<subgt;j</subgt;)为终止阈值；S6，利用滤波后小波系数计算DNA序列的TBP频谱，检测外显子。本发明专利技术利用外显子和内含子多尺度变换系数在相邻尺度间存在的不同相关性，通过对比多尺度变换系数和相关系数，屏蔽背景噪声强化感兴趣信号，对短长度外显子检测方法进行了优化和提升。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因组学领域，尤其涉及基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法及系统。

技术介绍

1、检测基因组序列中的外显子区域是解决真核生物基因组注释问题的关键步骤。对真核生物外显子的准确检测是基因组学研究领域中的一个重要应用课题。它的重要性来自于一个事实，如果编码蛋白质的外显子的位置和长度不能在基因组序列中进行准确的检测，则不可能对相应的蛋白质进行分析和研究。真核生物包含长度为几个到几千个不等碱基对的外显子(exon)，而且较大比例外显子的长度都很短且小于200碱基对(bp)。鉴于短长度外显子缺乏明显的特征，因此准确检测短长度外显子一项具有挑战性的研究性课题。此外，短长度外显子具有重要的医学意义。例如，人类cd44基因包含了20个70-210bp长度不等的短长度外显子，其中的很多短长度外显子在肿瘤侵袭和转移等各个环节发挥重要作用；基因brca1中的一些短长度外显子(如exon 11)已被证实与卵巢癌和乳腺癌的发病机制密切相关。鉴于以上原因，准确检测短长度外显子具有非常重要的生物学和医学意义。

2、在过去的二十年间，dna谱分析已经成为一本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1的基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，所述S2包括：

3.根据权利要求2的基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，B-样条函数的采样点数L为2400。

4.根据权利要求1的基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，所述S3的陷滤波器为：

5.根据权利要求1的基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，所述S4的初始化为：令UU(aj,b)＝U(aj,b)，所述UU(aj,b)用于提取滤...

【技术特征摘要】

1.基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，包括：

2.根据权利要求1的基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，所述s2包括：

3.根据权利要求2的基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，b-样条函数的采样点数l为2400。

4.根据权利要求1的基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，所述s3的陷滤波器为：

5.根据权利要求1的基于修正空间屏蔽滤波器的短长度外显子检测方法，其特征在于，所述s4的初始化为：令uu(aj,b)＝u(aj,b)，所述uu(aj,b)用于提取滤波后小波系数；...

【专利技术属性】
技术研发人员：张晓磊，吴仁华，陈蓓蓓，胡佳琳，王玉航，
申请(专利权)人：汕头大学医学院第二附属医院，
类型：发明
国别省市：