【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及一种评估抗体与多肽芯片结合特征的方法。
技术介绍
1、抗体分子是通过与抗原相结合来发挥生物学功能的。通常认为抗体与特定抗原的结合是高度特异性的。然而存在以下机制导致抗体的结合具有广谱性或特异性降低：1)抗原蛋白发生突变产生相似序列。例如抗体s309能结合到相似的病毒sars-cov-1和sars-cov-2的spike蛋白(pinto,d.,et al.,cross-neutralization of sars-cov-2by a humanmonoclonal sars-cov antibody.nature,2020.583(7815):p.290-295.)，且能结合到sars-cov-2的多种突变株上(vanblargan,l.a.,et al.,an infectious sars-cov-2b.1.1.529omicron virus escapes neutralization by therapeutic monoclonalantibodies.nature medicine,2022.28(3):p.490-495.)。这种能够包容更多突变的广谱性结合是抗体药筛选的重要考量(min,l.and q.sun,antibodies and vaccines targetrbd of sars-cov-2.frontiers in molecular biosciences,2021.8.)。2)分子模拟(molecular mimicry)。即另一种蛋白上的局部序列(线性或空间)能够模
2、在现有技术中，能够精细地研究抗体结合特性，鉴定抗体表位的技术有展示系统和短肽芯片。展示系统中，展示载体可以是细菌载体，如staphylococcal display vector(pscem1)或噬菌体如phorf等。ph.d-12噬菌体展示系统将编码12个氨基酸随机肽的dna序列整合到m13噬菌体的衣壳蛋白上，该文库理论上有约109个转化序列。virscan则将编码56个氨基酸的dna序列整合到t7细菌噬菌体展示系统，这两种思路均被用于尝试鉴定线性和空间表位。在cd20抗体rituximab的噬菌体展示研究发现7条序列，能展示这些序列的噬菌体能够与该抗体结合。这7条序列中的5条具有类似的序列构成，均包含有wp.wle(li,m.,etal.,mimotope vaccination for epitope-specific induction of anti-cd20antibodies.cellular immunology,2006.239(2):p.136-143.)。但更多噬菌体展示研究获得少许12mer短肽并没有类似的特征或肽数量更少，且考虑到实际库容与理论库容的差异未知(qi,h.,et al.,antibody binding epitope mapping(abmap)of hundredantibodies in a single run.mol cell proteomics,2021.20:p.100059.)，该技术并不适合用来评估抗体的结合特性。短肽芯片与抗体的结合体现出强而稳定的序列一致性(richer,j.,s.a.johnston and p.stafford,epitope identification from fixed-complexity random-sequence peptide microarrays.molecular&cellular proteomics,2015.14(1):p.136-147.)。从线性表位抗体的研究来看，具有最强信号的短肽多富含与表位一致的氨基酸。为了体现这种一致性，常采用的方式是生成motif，作为对强信号短肽的序列一致性展示。该motif代表所有可能与抗体结合的序列所应该具备的特征。但仍然有多个问题尚未解决：1)空间表位的抗体能否与短肽芯片结合，并获得其结合特征？2)最少需要多少氨基酸就可以发生结合？3)motif中各个位置的各种氨基酸可以随机组合即可与抗体相结合吗？
3、多肽芯片是研究抗体结合特性的合适方式，为了解决上述问题，本公开用包含3百万条短肽的芯片与17个商业抗体结合，这些抗体已知具有线性和/或空间表位，且有已发表的抗原-抗体复合物的解析结构。首先尝试评估抗体与多肽芯片的结合效果，考虑到芯片上多肽数量的限制和多肽长度的限制，需要先行评估多肽芯片是否能够与抗体有效结合；然后从能与抗体结合的多肽的氨基酸构成来推测主要参与结合的氨基酸子序列，包括子序列的长度、氨基酸构成和相对的结合强度。用氨基酸子序列构成的抗体结合谱来替代以motif来表述的抗体结合特征。这些信息将有助于线性和空间表位的鉴定和分类，也会有助于分析抗体结合的广谱性和抗体脱靶结合的风险评估，同时可能应用于指导空间表位线性模拟肽的设计、筛选和修饰。
技术实现思路
1、为了克服现有技术的缺陷，本公开提供了基于多肽芯片生成关键氨基酸标识序列从而评估抗体与多肽芯片结合特征的方法，旨在用于评估抗原-抗体的结合特性，为进一步研究线性和空间表位的鉴定和分类、分析抗体结合的广谱性和抗体脱靶结合的风险评估，以及应用于指导空间表位线性模拟肽的设计、筛选和修饰提供可能性。
2、一方面，本公开提供了一种评估抗体与多肽芯片结合特征的方法，包括：
3、确定多肽芯片中与待测抗体结合产生信号的关键氨基酸标识序列集合；
4、基于关键氨基酸标识序列集合，确定描述抗体与多肽芯片结合特征的指标；
5、基于指标对抗体与多肽芯片的结合特征进行评估。
6、其中，确定多肽芯片中与待测抗体结合产生信号的关键氨基酸标识序列集合，包括：
7、获取多肽芯片中与待测抗体结合产生信号的氨基酸标识序列集合；
8、基于氨基酸标识序列集合生成关键氨基酸标识序列集合。
9、其中，基于氨基酸标识序列集合生成关键氨基酸标识序列集合，包括：
10、根据氨基酸标识序列集合生成氨基酸标识子序列集合；
11、筛选氨基酸标识子序列集合并获得结合氨基酸标识序列集合；以及
12、筛选结合氨基酸标识序列集合并获得关键氨基酸标识序列集合。
13、其中，确定描本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.评估抗体与多肽芯片结合特征的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述确定多肽芯片中与待测抗体结合产生信号的关键氨基酸标识序列集合，包括：
3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述获取多肽芯片中与待测抗体结合产生信号的氨基酸标识序列集合，包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述基于所述氨基酸标识序列集合生成关键氨基酸标识序列集合，包括：
5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述根据所述氨基酸标识序列集合生成氨基酸标识子序列集合，包括：
6.根据权利要求5所述的方法，其中，所述筛选所述氨基酸标识子序列集合并获得结合氨基酸标识序列集合，包括：
7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述筛选所述结合氨基酸标识序列集合并获得关键氨基酸标识序列集合，包括：
8.根据权利要求1-7所述的方法，所述确定描述抗体与多肽芯片结合特征的指标，包括：
9.根据权利要求8所述的方法，其中，所述基于所述指标对抗体与多肽芯片的结合特征进行评估，包括：
10.根据权利要求9所述的方
11.根据权利要求10所述的方法，响应于所述待测抗体与所述多肽芯片结合后对应的线性结合度指标小于预设值，确定所述待测抗体与所述多肽芯片结合后对应的线性区数量指标是否大于预设值；
12.根据权利要求9所述的方法，响应于所述待测抗体与所述多肽芯片的结合好，确定所述待测抗体与所述多肽芯片结合后对应的线性结合度指标是否等于预设值；
13.根据权利要求11或12任一项所述的方法，确定所述待测抗体与所述多肽芯片结合后对应的抗原-抗体结合的线性度指标是否等于预设值；
...【技术特征摘要】
1.评估抗体与多肽芯片结合特征的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述确定多肽芯片中与待测抗体结合产生信号的关键氨基酸标识序列集合，包括：
3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述获取多肽芯片中与待测抗体结合产生信号的氨基酸标识序列集合，包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述基于所述氨基酸标识序列集合生成关键氨基酸标识序列集合，包括：
5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述根据所述氨基酸标识序列集合生成氨基酸标识子序列集合，包括：
6.根据权利要求5所述的方法，其中，所述筛选所述氨基酸标识子序列集合并获得结合氨基酸标识序列集合，包括：
7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述筛选所述结合氨基酸标识序列集合并获得关键氨基酸标识序列集合，包括：
8.根据权利要求1-7所述的方法，所述确定...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘兵行，燕鸣琛，李丹妮，纪兴文，熊邦柱，解春兰，
申请(专利权)人：珠海碳云智能科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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