【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及诊断方法及试剂盒的。具体地，本专利技术的主题涉及用于确定受试者是否感染复制性呼吸道病毒的方法和试剂盒。
技术介绍
0、现有技术
1、如今有许多技术可用于检测受试者中病毒的dna或rna。对于致病性sars-cov-2病毒来说尤其如此，其中存在多种pcr测试，主要对相关受试者的鼻咽或唾液样品进行检测。特别值得一提的是qrt-pcr测试，特别是来自生物梅里埃(biomérieux)的sars-cov-2respi测试、来自生物梅里埃的covid-19测试、来自bio-rad的sars-cov-2ddpcr测试、来自abbott的实时(realtime)sars-cov-2测试、来自altona-diagnostics的rsv rt-pcr测试、来自abbott的alinity m resp-4-plex assay测试以及来自roche diagnostics的sars-cov-2测试。
2、然而，在常规临床实践以及缺乏临床表现的情况下，pcr结果常常难以解释(han,m.s.等人,2021)。特别地，pcr测试可能仅检测病毒的dna或rna基因组的片段，并因此可以检测不具有活性(即不具有在受试者体内复制的能力)的病毒的存在。可能与许多病毒或细菌感染相关的症状的存在，特别是那些可能被描述为轻度(或弱)的症状，也不是存在复制性呼吸道病毒的体征。此外，在秋冬季节月份，在许多呼吸道病毒正在传播时，有时很难将疑似感染的症状例如发烧等与直接造成感染的复制性呼吸道病毒的存在关联起来。因此，人们对确定一种手段
3、尽管呼吸道病毒感染(尤其是sars-cov-2)最初经由上呼吸道发生，但在呼吸道病毒感染期间，鼻粘膜中i型和iii型干扰素(ifn-i和iii)介导的免疫仍然很少被表征。
4、最近，monel b.等人,2021研究了鼻咽样品中各种干扰素和白细胞介素的产生，并研究了它们的产生与复制性sars-cov-2病毒感染之间的相关性。其他作者还研究了在sars-cov-2pcr测试呈阳性的患者中干扰素刺激基因(称为isg)的表达水平，证实了干扰素在抗sars-cov-2粘膜免疫应答中的作用(mick,e.等人,2020；以及ng,d.l.等人,2021)。然而，在与isg表达水平相关的研究中，完全没有研究pcr测试阳性对应的病毒的复制或非复制性质；也没有任何内容提及研究干扰素刺激基因(称为isg)的表达水平以评估传染性的可能性。
5、gupta r.k.等人,2021的文章涉及评价病毒感染转录组特征的诊断准确性，以预测sars-cov-2鼻咽pcr测试的阳性结果。根据结果，反映干扰素-1信号传导通路的几个特征使得能够区分sars-cov-2的阴性对照测试和阳性pcr测试。然而，此处同样没有评估在阳性pcr测试中病毒的复制性质，因此无法识别病毒的传染性质。
6、专利申请wo 2019/236768还提出了一种基于受试者的一种或多种基因(宿主基因)的表达水平来检测受试者的呼吸道感染的方法。给出了很长的宿主基因列表，包括一些isg，例如ifit1、ifit2、ifit3和rsad2，然而这些并没有被认为是特别有利于选择的。此外，所述专利申请中根本没有解决了解受试者是否感染复制性呼吸道病毒的问题。
技术实现思路
1、在本文中，本专利技术涉及体外或离体测定受试者存在复制性呼吸道病毒感染的方法，包括步骤i)测定来自所述受试者口或鼻的测试样品中选自干扰素刺激基因(称为isg)(为了简单起见，下文称为isg标记基因，或者更简单地称为标记基因或isg)的至少一种标记基因的转录物水平。
2、有利地，在步骤i)中，测定选自以下的一种或多种标记基因的转录物水平：ifi27、ifi44l、ifit1、rsad2、isg15和siglec1。可以测定所有这些标记基因的转录物水平。具体地，测定选自以下的一种或多种标记基因的转录物水平：ifi27、ifi44l、ifit1和rsad2。有利地，测定所有标记基因ifi27、ifi44l、ifit1和rsad2的转录物水平。在测定几种标记基因的转录物水平的情况下，可以独立地测定每种标记基因的转录物水平，或者可以同时测定所使用的所有标记基因的不同转录物，其水平是全局确定的。当独立地测定几种标记基因的转录物水平时，可以计算代表所有这些标记基因的转录物水平的数据(特别是实施例中使用的分数)。
3、有利地，测试样品是口咽或鼻咽样品或唾液样品。
4、在本专利技术的上下文中，同样有利的是，步骤i)在于测定所述标记基因的mrna水平。
5、可以对来自表现出感染症状的受试者的样品，或者对来自无症状受试者的样品进行根据本专利技术的方法，无论其实施方式如何。根据本专利技术的方法在无症状受试者或表现出可被描述为轻度的症状的受试者的情况下是特别有利的，所述症状例如疲劳、隐痛和疼痛、肌肉疼痛、发烧、呼吸道症状，特别是无肺病情况下的咳嗽、头痛、喉咙痛、不适、恶心、呕吐、腹泻、嗅觉丧失或味觉缺失。
6、在本专利技术的上下文中，可以在任何时间获得或采集测试样品。对于有症状的受试者，可以在症状出现之前或之后获得或采集测试样品。测试样品可以来自任何类型的受试者，来自已经被诊断为或尚未被诊断为感染呼吸道病毒的受试者，来自正在等待呼吸道病毒的筛查或诊断结果(尤其是通过检测所述病毒的dna或rna)的受试者，等等。
7、根据某些实施方式，可以对来自不具有针对干扰素α的中和性自身抗体和/或针对干扰素ω的中和性自身抗体的受试者的样品进行根据本专利技术的方法，无论其实施方式变型如何。
8、具体地，根据本专利技术的方法可以包括以下步骤：
9、i)测定受试者的所述测试样品的选自isg的至少一种标记基因的转录物水平，
10、ii)对获得的所述至少一种标记基因的转录物水平和参考水平进行比较。
11、根据本专利技术的方法包括步骤iii)，其是得出所述受试者是否感染复制性呼吸道病毒的结论的步骤。使用至少一个阈值得出这样的结论。术语“阈值”是指与得出关于受试者存在或不存在复制性呼吸道病毒感染的结论相关的预定值。在阈值和针对所述受试者的测试样品测定的至少一种isg标记基因的转录物水平之间进行比较，或者与从针对所述受试者的测试样品测定的至少一种isg标记基因的转录物水平获得的数据(尤其是分数)进行比较。所述数据(或分数)尤其可以从针对所述受试者的测试样品测定的几种isg标记基因的转录物水平获得。取决于比较结果，尤其是如果针对所述受试者的测试样品测定的至少一种isg标记基因的转录物水平或者从针对所述受试者的测试样品测定的至少一种isg标记基因的转录物水平获得的数据或分数与阈值不同，明显大于阈本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种体外或离体确定受试者存在复制性呼吸道病毒感染的方法，其包括步骤i)：测定来自所述受试者的口或鼻的测试样品中选自干扰素刺激基因(称为ISG)的至少一种标记基因的转录物水平。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤i)中，测定选自IFI44L、IFIT1、IFI27、RSAD2、ISG15和SIGLEC1的一种或多种标记基因的转录物水平。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤i)中，测定选自IFI44L、IFIT1、IFI27和RSAD2的一种或多种标记基因的转录物水平。
4.根据权利要求1至3所述的方法，其特征在于，所述测试样品为口咽或鼻咽样品或唾液样品。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其特征在于，步骤i)包括测定所述标记基因的mRNA水平。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述测试样品来自显示出感染症状的受试者。
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述测试样品来自不具有针对干扰素α的中和性自身抗体和/或针对干扰素ω的中和性自身抗体
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法还包括步骤iii)：使用至少一个阈值来得出所述受试者是否感染了复制性呼吸道病毒的结论。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
11.根据权利要求10所述的方法，其特征在于，所述标记基因为IFIT1或IFI44L。
12.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
13.根据权利要求10至12中任一项所述的方法，其特征在于，所述差异对应于测定的测试样品中所述标记基因的转录物水平高于所述参考水平。
14.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，通过杂交、扩增或测序，特别是通过RT-qPCR来测定所述标记基因的转录物水平。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所获得的标记基因的转录物水平是相对于一种或多种管家基因的转录物水平归一化的值，所述管家基因尤其是选自DECR1、HPRT1和PPIB。
17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，在步骤i)之前或与步骤i)同时，通过检测呼吸道病毒的DNA或RNA，特别是通过PCR或RT-PCR进行检测，对测试样品进行诊断测试，所述呼吸道病毒尤其是选自SARS-CoV-2病毒和流感病毒。
18.根据权利要求17所述的方法，其特征在于，通过检测选自SARS-CoV-2病毒和流感病毒的呼吸道病毒的DNA或RNA，尤其是通过PCR或RT-PCR进行检测，对测试样品进行诊断测试，所述诊断测试优选在步骤i)之前进行并且给出阳性结果。
19.一种用于在体外或离体测定受试者存在复制性呼吸道病毒感染的试剂盒，其包含：
20.根据权利要求19所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包含存储在计算机可读介质上的所述标记基因的至少一个参考水平，所述参考水平优选为未感染呼吸道病毒的受试者中或此类受试者群体中所述标记基因的转录物水平。
21.根据权利要求19或20所述的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包含用于检测呼吸道病毒的至少一种材料。
22.一种用于在体外或离体测定受试者存在复制性呼吸道病毒感染的试剂盒，其包含：
23.根据权利要求22所述的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包含存储在计算机可读介质上的至少一个阈值。
24.根据权利要求23所述的检测试剂盒，其特征在于，所述阈值对应于没有感染复制性呼吸道病毒并且优选地不具有针对干扰素α的中和性自身抗体和/或不具有针对干扰素ω的中和性自身抗体的受试者中或者在没有感染复制性呼吸道病毒并且优选地不具有针对干扰素α的中和性自身抗体和/或不具有针对干扰素ω的中和性自身抗体的受试者群体中所述标记基因的转录物水平。
25.根据权利要求23所述的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包含存储在计算机可读介质上的所述标记基因的至少一个参考水平，所述参考水平优选为在未感染呼吸道病毒的受试者中或在此类受试者群体中所述标记基因的转录物水平。
26.根据权利要求19至25中任一项所述的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包含能够确保不存在污染的阴性对照样品，和...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种体外或离体确定受试者存在复制性呼吸道病毒感染的方法，其包括步骤i)：测定来自所述受试者的口或鼻的测试样品中选自干扰素刺激基因(称为isg)的至少一种标记基因的转录物水平。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤i)中，测定选自ifi44l、ifit1、ifi27、rsad2、isg15和siglec1的一种或多种标记基因的转录物水平。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤i)中，测定选自ifi44l、ifit1、ifi27和rsad2的一种或多种标记基因的转录物水平。
4.根据权利要求1至3所述的方法，其特征在于，所述测试样品为口咽或鼻咽样品或唾液样品。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其特征在于，步骤i)包括测定所述标记基因的mrna水平。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述测试样品来自显示出感染症状的受试者。
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述测试样品来自不具有针对干扰素α的中和性自身抗体和/或针对干扰素ω的中和性自身抗体的受试者。
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法还包括步骤iii)：使用至少一个阈值来得出所述受试者是否感染了复制性呼吸道病毒的结论。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
11.根据权利要求10所述的方法，其特征在于，所述标记基因为ifit1或ifi44l。
12.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
13.根据权利要求10至12中任一项所述的方法，其特征在于，所述差异对应于测定的测试样品中所述标记基因的转录物水平高于所述参考水平。
14.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，通过杂交、扩增或测序，特别是通过rt-qpcr来测定所述标记基因的转录物水平。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其特征在于，所获得的标记基因的转录物水平是相对于一种或多种管家基因的转录物水平归一化的值，所述管家基...
【专利技术属性】
技术研发人员：S·亚圣特，K·布伦格尔佩谢，M·莫默尔特，
申请(专利权)人：生物梅里埃公司，
类型：发明
国别省市：
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