【技术实现步骤摘要】
本公开涉及生物信息，具体涉及生物计算，尤其涉及一种相邻密码子的优化方法、装置和电子设备及存储介质。
技术介绍
1、为了提升信使核糖核酸(messenger rna，mrna)的翻译效率，现有技术可以基于mrna的最小折叠自由能和密码子适应指数，对密码子进行优化，但无法保障mrna的稳定性，导致优化结果存在较多的不确定性。
技术实现思路
1、本公开提供了一种相邻密码子的优化方法、装置、电子设备及存储介质。
2、根据本公开的一方面，提供了一种相邻密码子的优化方法，包括：获取待优化的信使核糖核酸mrna初始序列；对所述mrna初始序列中的密码子k-mer进行j次迭代优化，得到一个或多个mrna目标序列，其中，所述j为大于或者等于1的自然数，所述密码子k-mer为mrna序列中相邻的k个密码子。
3、根据本公开的另一方面，提供了一种相邻密码子的优化装置，包括：获取模块，用于获取待优化的信使核糖核酸mrna初始序列；优化模块，用于对所述mrna初始序列中的密码子k-mer进行j次迭代优化，得到一个或多个mrna目标序列，其中，所述j为大于或者等于1的自然数，所述密码子k-mer为mrna序列中相邻的k个密码子。
4、根据本公开的另一方面，提供了一种电子设备，包括：至少一个处理器；以及与所述至少一个处理器通信连接的存储器；其中，所述存储器存储有可被所述至少一个处理器执行的指令，所述指令被所述至少一个处理器执行，以使所述至少一个处理器能够执行上述一方面实施例所
5、根据本公开另一方面，提供了一种存储有计算机指令的非瞬时计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序/指令，所述计算机指令用于使所述计算机执行上述一方面实施例所述的相邻密码子的优化方法。
6、根据本公开的另一方面，提供了一种计算机程序产品，包括计算机程序/指令，所述计算机程序/指令被处理器执行时实现上述一方面实施例所述的相邻密码子的优化方法。
7、应当理解，本部分所描述的内容并非旨在标识本公开的实施例的关键或重要特征，也不用于限制本公开的范围。本公开的其它特征将通过以下的说明书而变得容易理解。
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1.一种相邻密码子的优化方法，其中，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述对所述mRNA初始序列中的密码子K-mer进行J次迭代优化，得到一个或多个mRNA目标序列，包括：
3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述对所述第二序列集合中mRNA第二序列中的密码子K-mer进行突变操作，包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述对所述突变候选区域中的原始密码子进行突变操作，得到所述mRNA第三序列，包括：
5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述基于所述候选密码子，对所述突变候选区域的原始密码子进行密码子替代，得到所述mRNA第三序列，包括：
6.根据权利要求4所述的方法，其中，所述突变候选区域包括多个原始密码子，所述方法还包括：
7.根据权利要求2-5中任一项所述的方法，其中，所述从所述第三序列集合确定所述第j+1次迭代结束时的第一序列集合，包括：
8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述基于所述第一阈值和所述第二阈值，对所述第三序列集合中的所述第三序列进行过滤，得到所述第j
9.根据权利要求7所述的方法，其中，所述获取所述mRNA的输出序列的约束阈值集，包括：
10.根据权利要求7所述的方法，其中，所述基于所述候选第三序列得到所述第j+1次迭代结束时的第一序列集合，包括：
11.根据权利要求3所述的方法，其中，所述局部评分的确定过程，包括：
12.根据权利要求11所述的方法，其中，所述全局评分的确定过程，包括：
13.根据权利要求2所述的方法，其中，所述目标序列为满足迭代结束条件时迭代得到的序列集合中的序列，所述迭代结束条件，包括：
14.一种相邻密码子的优化装置，其中，所述装置包括：
15.根据权利要求14所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
16.根据权利要求15所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
17.根据权利要求16所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
18.根据权利要求17所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
19.根据权利要求17所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
20.根据权利要求15-18中任一项所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
21.根据权利要求20所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
22.根据权利要求20所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
23.根据权利要求20所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
24.根据权利要求16所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
25.根据权利要求24所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
26.根据权利要求15所述的装置，其中，所述优化模块，还用于：
27.一种电子设备，包括：
28.一种存储有计算机指令的非瞬时计算机可读存储介质，其中，所述计算机指令用于使所述计算机执行根据权利要求1-13中任一项所述的方法。
29.一种计算机程序产品，包括计算机程序/指令，其特征在于，该计算机程序/指令被处理器执行时实现权利要求1-13中任一项所述的方法步骤。
...【技术特征摘要】
1.一种相邻密码子的优化方法，其中，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述对所述mrna初始序列中的密码子k-mer进行j次迭代优化，得到一个或多个mrna目标序列，包括：
3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述对所述第二序列集合中mrna第二序列中的密码子k-mer进行突变操作，包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述对所述突变候选区域中的原始密码子进行突变操作，得到所述mrna第三序列，包括：
5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述基于所述候选密码子，对所述突变候选区域的原始密码子进行密码子替代，得到所述mrna第三序列，包括：
6.根据权利要求4所述的方法，其中，所述突变候选区域包括多个原始密码子，所述方法还包括：
7.根据权利要求2-5中任一项所述的方法，其中，所述从所述第三序列集合确定所述第j+1次迭代结束时的第一序列集合，包括：
8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述基于所述第一阈值和所述第二阈值，对所述第三序列集合中的所述第三序列进行过滤，得到所述第j+1次迭代结束时的第一序列集合，包括：
9.根据权利要求7所述的方法，其中，所述获取所述mrna的输出序列的约束阈值集，包括：
10.根据权利要求7所述的方法，其中，所述基于所述候选第三序列得到所述第j+1次迭代结束时的第一序列集合，包括：
11.根据权利要求3所述的方法，其中，所述局部评分的确定过程，包括：
12.根据权利要求11所述的方法，其中，所述全局评分的确定过程，包括：
13.根...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘阳，郜杰，方晓敏，张肖男，何径舟，
申请(专利权)人：北京百度网讯科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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