一种文库扩增单克隆纯度表征方法技术

技术编号:40547820 阅读:32 留言:0更新日期:2024-03-05 19:05
本公开实施例公开了一种文库扩增单克隆纯度表征方法。该方法包括:设计多种标签序列均不同的文库;设计多种测序引物,测序引物与文库一一匹配对应,测序引物的3’端序列与文库的标签序列对应,各测序引物与文库杂交后的延伸序列均相同;将文库进行混合,在芯片表面的反应点中生成扩增产物,不同文库的用量之比的最大值小于5;对扩增产物进行处理,生成单链核酸;一种测序引物与单链核酸进行杂交,提供测序反应条件完成N个循环的延伸反应,每个循环延伸的碱基个数为M,收集测序信号;重复直至完成所有测序引物的杂交及测序信号的收集;根据测序信号的强度数据,确定文库扩增后的单克隆纯度。通过以上方法能够对文库扩增后的单克隆纯度进行表征。

【技术实现步骤摘要】

本公开涉及基因测序,尤其涉及一种文库扩增单克隆纯度表征方法


技术介绍

1、现阶段高通量测序技术发展迅速,已成为目前生命研究的常用的分析方法,它具有通量高、检测速度快、灵活多用、成本低的特点,这种技术需要dna文库中的单个分子在带有微反应室(如微坑)的芯片中进行扩增放大信号,从而实现同时检测几十万到几百万的dna分子的目的。

2、在扩增前,需要将dna文库均匀的杂交到带有微坑的芯片表面,而dna文库中的dna分子进入到微坑的数量符合泊松分布,即一定浓度的dna文库随机杂交到芯片的微坑中,使泊松分布的λ为1时(即达到最高单克隆率),36%的微坑中有1个dna分子,36%的微坑中没有dna分子,28%的微坑中有2个及2个以上的dna分子。

3、在后续的扩增过程中,微坑中的多个分子会同时扩增,产生包含多种dna文库模板的多克隆,会严重影响测序准确度。单克隆纯度低于某一阈值时,将直接影响后续测序信号的分辨,甚至无法达到测序的目的,对测序通量影响很大,因此,亟需要开发一种方法来表征文库扩增后的单克隆纯度。


技术实现本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤S1中,所述文库的数量至少为4种,步骤S2中,所述测序引物的数量至少为4种。

3.根据权利要求1所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤S3中,将所述多种文库按相同比例进行混合。

4.根据权利要求1所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤S5中的测序反应为3'端开放的测序反应。

5.根据权利要求4所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤S5中,每个循环延伸的碱基个数为M,M≥3。

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【技术特征摘要】

1.一种文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,包括:

2.根据权利要求1所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤s1中,所述文库的数量至少为4种,步骤s2中,所述测序引物的数量至少为4种。

3.根据权利要求1所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤s3中,将所述多种文库按相同比例进行混合。

4.根据权利要求1所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤s5中的测序反应为3'端开放的测序反应。

5.根据权利要求4所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤s5中,每个循环延伸的碱基个数为m,m≥3。

6.根据权利要求1所述的文库扩增单克隆纯度表征方法,其特征在于,步骤s5中,...

【专利技术属性】
技术研发人员:沈晨乔朔陈子天康力李昂
申请(专利权)人:赛纳生物科技北京有限公司
类型:发明
国别省市:

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