一种甲基化信号的探针及其应用制造技术

本发明专利技术涉及基因检测技术领域，提供了一种甲基化信号的探针及其应用，特别是一种用于DNA甲基化检测的探针设计和制备方法及其应用。根据本发明专利技术所述方法设计和制备的探针可以用于对低含量的基因样品进行特异性富集甲基化信号，特别是可以特异性地富集低丰度的甲基化单倍型区域，从而1)可以提升对低丰度的甲基化单倍型区域的捕获的敏感性，2)得以使用更少的测序数据量，获得相同量的有效信息。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因检测，尤其涉及高通量基因组甲基化dna检测领域，特别是通过对受试者循环肿瘤ctdna的检测，可以用于疾病，特别是癌症的诊断。具体地，本专利技术提供了一种利用探针特异性富集癌症甲基化信号的探针设计和制备方法和诊断技术，是一种能够有效提高信噪比的诊断技术。

技术介绍

1、dna甲基化是一种在原核和真核生物基因组中常见的表观遗传修饰。这种dna修饰方式可以在不改变基因序列的情况下调节基因的表达，从而影响基因的功能、转座子沉默、染色质相互作用、细胞分化以及生长发育。

2、特别是，异常的dna甲基化与许多疾病过程有关，包含癌症。dna甲基化在许多肿瘤发生、发展的各个阶段均有其特异性的改变模式。dna甲基化正逐渐成为哺乳动物发育和癌症等多种疾病的表观遗传学标记。而基因甲基化分析作为非形态学的分子检测方法，既能避免细胞检查的局限性，又可保证诊断的准确性，越来越被认为是用于检测、诊断和/或监测癌症的有价值的诊断工具。但是使用甲基化测序(例如，全基因组亚硫酸氢盐测序(wgbs))的dna甲基化分析在应用于较大基因组物种的dna检测时，存在费用高本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种制备用于富集甲基化单倍型的探针的方法，包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述探针长度为20-100nt；

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述甲基化单倍型序列特征包括以下中的一种或多种：甲基化单倍型所处标靶DNA区间的坐标，标靶DNA区间中甲基化单倍型的区间长度、甲基化单倍型的CpG位点分布和CpG位点的数量，以及甲基化模式。

4.根据权利要求1所述的方法，进一步包括计算所述探针的吉布斯自由能变(DeltaG)值，并根据吉布斯自由能变(DeltaG)值选择探针，优选地所选择的探针具有吉布斯自由能变(DeltaG)值在-10kcal/m...

【技术特征摘要】

1.一种制备用于富集甲基化单倍型的探针的方法，包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述探针长度为20-100nt；

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述甲基化单倍型序列特征包括以下中的一种或多种：甲基化单倍型所处标靶dna区间的坐标，标靶dna区间中甲基化单倍型的区间长度、甲基化单倍型的cpg位点分布和cpg位点的数量，以及甲基化模式。

4.根据权利要求1所述的方法，进一步包括计算所述探针的吉布斯自由能变(deltag)值，并根据吉布斯自由能变(deltag)值选择探针，优选地所选择的探针具有吉布斯自由能变(deltag)值在-10kcal/mol至-35kcal/mol范围内，更优选地吉布斯自由能变(deltag)值在-15kcal/mol至-25kcal/mol范围内。

5.根据权利要求4所述的方法，其中计算所述探针的吉布斯自由能变(deltag)值的设计温度是从20-70℃和盐浓度是0.05-1m。

6.根据权利要求1所述的方法，进一步包括对所述探针进行理化性质计算，所述理化性质包括gc含量、融解温度、二级结构形成风险，从而选出gc含量为5％-95％，更优选10％-90％，熔解温度高于设计温度，二级结构的熔解温度低于45摄氏度的探针；

7.根据权利要求1所述的方法，进一步包括对所述探针进行脱靶检测，去除存在脱靶风险的探针。

8.根据权利要求7所述的方法，其中采用blast算法进行脱靶检测，

9.根据权利要求1所述的方法，进一步包括对所述探针进行探针相互作用检测，去除存在相互作用风险并且容易形成探针二聚体的探针。

10.根据权利要求9所述的方法，所述探针相互作用检测包括计算序列相互作用后的能量和熔解温度来判定相互作用风险，其中优选地使用primer3-py来计算序列相互作用后的能量和熔解温度。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述探针用于特异性富集...

【专利技术属性】
技术研发人员：李杨俊逸，谢冠旖，杨凌健，孙雪光，吴晓晖，
申请(专利权)人：上海微荷医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：