【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开总体上涉及筛选治疗剂的方法，并且更具体地涉及使用单细胞和/或细胞核测序鉴定治疗剂的方法。
技术介绍
1、尽管最近取得了进展，但在基因疗法和其它类型的临床干预中仍存在许多挑战，所述挑战包含将体外研究转化为体内疗法，在疾病病因未知或未被充分了解时设计疗法，筛选大量干预和疗法靶标，以及在体内筛选疗法以说明影响疗法设计、安全性和/或功效的细胞内和细胞外因素。由于导致疾病或病状的多种途径和因素，包含细胞和环境因素，和/或涉及知之甚少的机制，用于衰老相关疾病或病状的疗法可能是复杂的。
2、在用于筛选的最常见的单细胞和单细胞核测序方法中，仅捕获细胞或细胞核中总rna的一小部分进行测序。因此，存在任何给定基因随机未被捕获并因此从输出数据中缺失的风险。对细胞核进行测序会加剧风险，因为细胞质中的大多数细胞rna在制备分离的细胞核时被丢弃。捕获治疗部分条形码的随机失败经常导致含有治疗部分的测序的细胞从分析中被丢弃。
技术实现思路
1、需要更高效和有效的方法来筛选和鉴定应对该领域中的一种或多种挑战的新疗法或干预。
2、本公开至少部分基于与在单细胞核测序期间提高治疗部分条形码的捕获率相关的发现。具体地，本公开涉及将治疗部分条形码序列与调控rna分子进出细胞核的流量的短基序组合。通过将条形码保留在细胞核中，减少捕获的随机失败，治疗部分条形码的有效浓度可以更高。
3、因此，在一个实施例中，提供了一种用于鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包含向动物或类器官施用表达盒的文库，
4、在另一个实施例中，提供了一种用于鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包含向动物或类器官施用表达盒的文库，所述表达盒的文库可以包含多个核酸序列，每个所述核酸序列编码与治疗部分条形码可操作地连接的不同治疗部分；编码一个或多个报告基因的多个核酸序列，当在细胞或分离的细胞核中表达时，所述一个或多个报告基因共同指示所述细胞的细胞状态或细胞状态的可能性；以及编码与一个或多个所述治疗部分条形码可操作地连接的非编码核保留rna基序的一个或多个序列；以及鉴定引起所述动物或所述类器官的细胞的细胞状态或细胞状态的可能性变化的候选治疗部分，由此鉴定候选治疗部分。
5、在本文所提供的方法的一些方面，所述方法进一步包含分离包括所述一个或多个报告基因的一个或多个细胞的细胞核。在一些方面，本文所提供的方法进一步包含富集或分选具有细胞状态或细胞状态的可能性变化的细胞的细胞核的群体。在某些方面，本文所提供的方法进一步包含富集或分选具有细胞状态或细胞状态的可能性变化的细胞的细胞核的群体，其中富集或分选包含基于所述一个或多个报告基因的水平富集或分选细胞或分离的细胞核的群体。在一些方面，本文所提供的方法进一步包含富集或分选具有细胞状态或细胞状态的可能性变化的细胞的细胞核的群体，其中富集或分选包含基于所述一个或多个报告基因的水平富集或分选细胞或细胞核的群体，并且其中富集或分选包含进行facs、亲和纯化方法、流式细胞术或微流体分选。
6、在本文所提供的方法的一些方面，鉴定引起所述动物或所述类器官的细胞的细胞状态或细胞状态的可能性变化的候选治疗部分包含基于所述细胞或所述细胞核中的所述治疗部分条形码的存在来鉴定所述候选治疗部分。在一些方面，鉴定包含基于所述细胞或所述细胞核中的所述治疗部分条形码的存在来鉴定所述候选治疗部分，并且其中所述鉴定包含进行单细胞分析、单细胞核分析、rna测序、单细胞rna测序、单细胞核rna测序、基于液滴的单细胞rna测序、基于液滴的单细胞核rna测序、批量分析、对细胞核的群体进行测序或对细胞的群体进行测序以确定所述细胞的群体中存在的所述候选治疗部分的量。在一些方面，鉴定包含单细胞或单细胞核rna测序。在一些方面，鉴定包含基于液滴的单细胞或单细胞核rna测序。
7、在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包含编码lncrna或其片段的序列。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包含编码bmp2-op1应答基因(borg)或其片段的序列。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包含包括agccc(seq id no:1)的五聚体基序的一个或多个拷贝。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包含包括seq id no:1的五聚体基序的两个或更多个拷贝。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包含包括seq id no:1的五聚体基序的三个或更多个拷贝。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包含包括wnnnnsnnagccc(seq id no:2)、annnncnnagccc(seq id no:3)、annnngnnagccc(seq id no:4)、tnnnncnnagccc(seq id no:5)、tnnnngnnagccc(seq id no:6)或tacgtgatagccc(seq id no:7)(其中w是a或t；s是c或g；并且n是a、t、c或g)的核酸序列的一个或多个拷贝。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包含包括seq idno:2、3、4、5、6或7的核酸序列的两个或更多个拷贝。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包含包括seq id no:2、3、4、5、6或7的核酸序列的三个或更多个拷贝。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括jpx、pvt1或nr2f1-as1序列或其片段。
8、在一些方面，编码治疗部分条形码的每个核酸序列与编码聚合酶iii启动子的核酸序列可操作地连接。
9、在其它方面，捕获序列、一个或多个分子富集序列和/或独特基因组鉴定(ugi)在聚合酶iii启动子的控制下与所述治疗部分条形码进一步可操作地连接。一方面，所述捕获序列具有包括seq id no:14-17中任一个的序列；所述一个或多个分子富集序列具有包括seq id no:18-97中任一个的序列；并且所述ugi具有包括seq id no:98的序列。
10、在各个方面，本文所提供的序列是表达盒的序列；同样，本文所公开的表达盒序列的转录物序列(例如，rna转录物或具有所述转录物序列的合成的rna)也被特别考虑。
11、在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括包含seq id no:7的一个或多个核酸序列。在一些方面，编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括包含seq id no:7的一个核酸序列。在一些方面，编码非本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
2.一种用于鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括分离包括所述一个或多个报告基因的一个或多个细胞的细胞核。
4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括富集或分选具有所述细胞状态或所述细胞状态的所述可能性的所述变化的细胞的细胞核的群体。
5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括富集或分选具有所述细胞状态或所述细胞状态的所述可能性的所述变化的细胞的细胞核的群体，其中所述富集或分选包括基于所述一个或多个报告基因的水平富集或分选细胞或细胞核的群体。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括富集或分选具有所述细胞状态或所述细胞状态的所述可能性的所述变化的细胞的细胞核的群体，其中富集或分选包括基于所述一个或多个报告基因的水平富集或分选细胞或细胞核的群体，并且其中富集或分选包括进行FACS、亲和纯化方法、流式细胞术或微流体分选。
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中鉴定包括基于
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中鉴定包括基于所述细胞或所述细胞核中的所述治疗部分条形码的存在来鉴定所述候选治疗部分，并且其中鉴定包括进行单细胞分析、单细胞核分析、RNA测序、单细胞RNA测序、单细胞核RNA测序、基于液滴的单细胞RNA测序、基于液滴的单细胞核RNA测序、批量分析、对细胞核的群体进行测序或对细胞的群体进行测序以确定所述细胞的群体中存在的所述候选治疗部分的量。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中鉴定包括单细胞或单细胞核RNA测序。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中鉴定包括基于液滴的单细胞或基于液滴的单细胞核RNA测序。
11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括编码lncRNA或其片段的序列。
12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括编码BMP2-OP1应答基因(BORG)或其片段的序列。
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:1的五聚体基序的一个或多个拷贝。
14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:1的五聚体基序的两个或更多个拷贝。
15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:1的五聚体基序的三个或更多个拷贝。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:2、3、4、5、6或7的核酸序列的一个或多个拷贝。
17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:2、3、4、5、6或7的核酸序列的两个或更多个拷贝。
18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:2、3、4、5、6或7的核酸序列的三个或更多个拷贝。
19.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括JPX、PVT1或NR2F1-AS1序列或其片段。
20.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:7的一个或多个核酸序列。
21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:7的一个核酸序列。
22.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:7的两个核酸序列。
23.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:7的三个核酸序列。
24.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留RNA基序的一个或多个序列包括包含SEQ ID NO:7的四个核酸序列。
25.根据前...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
2.一种用于鉴定候选治疗部分的方法，所述方法包括：
3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括分离包括所述一个或多个报告基因的一个或多个细胞的细胞核。
4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括富集或分选具有所述细胞状态或所述细胞状态的所述可能性的所述变化的细胞的细胞核的群体。
5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括富集或分选具有所述细胞状态或所述细胞状态的所述可能性的所述变化的细胞的细胞核的群体，其中所述富集或分选包括基于所述一个或多个报告基因的水平富集或分选细胞或细胞核的群体。
6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括富集或分选具有所述细胞状态或所述细胞状态的所述可能性的所述变化的细胞的细胞核的群体，其中富集或分选包括基于所述一个或多个报告基因的水平富集或分选细胞或细胞核的群体，并且其中富集或分选包括进行facs、亲和纯化方法、流式细胞术或微流体分选。
7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中鉴定包括基于所述细胞或所述细胞核中的所述治疗部分条形码的存在来鉴定所述候选治疗部分。
8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中鉴定包括基于所述细胞或所述细胞核中的所述治疗部分条形码的存在来鉴定所述候选治疗部分，并且其中鉴定包括进行单细胞分析、单细胞核分析、rna测序、单细胞rna测序、单细胞核rna测序、基于液滴的单细胞rna测序、基于液滴的单细胞核rna测序、批量分析、对细胞核的群体进行测序或对细胞的群体进行测序以确定所述细胞的群体中存在的所述候选治疗部分的量。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中鉴定包括单细胞或单细胞核rna测序。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中鉴定包括基于液滴的单细胞或基于液滴的单细胞核rna测序。
11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括编码lncrna或其片段的序列。
12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括编码bmp2-op1应答基因(borg)或其片段的序列。
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括包含seq id no:1的五聚体基序的一个或多个拷贝。
14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括包含seq id no:1的五聚体基序的两个或更多个拷贝。
15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括包含seq id no:1的五聚体基序的三个或更多个拷贝。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括包含seq id no:2、3、4、5、6或7的核酸序列的一个或多个拷贝。
17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括包含seq id no:2、3、4、5、6或7的核酸序列的两个或更多个拷贝。
18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括包含seq id no:2、3、4、5、6或7的核酸序列的三个或更多个拷贝。
19.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述编码非编码核保留rna基序的一个或多个序列包括jpx、pvt1或nr2f1-as1序列或其片段。
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【专利技术属性】
技术研发人员：M·B·詹森，D·福恩特斯，
申请(专利权)人：戈迪安生物技术公司，
类型：发明
国别省市：
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