【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开提供了可用于癌症治疗的由可转座元件(te)-外显子融合转录物编码的新抗原肽、核酸、疫苗、抗体和免疫细胞。
技术介绍
1、利用免疫系统产生针对肿瘤的有效应答是癌症免疫治疗的核心目的。一部分有效免疫应答涉及对肿瘤抗原具有特异性的t淋巴细胞。t细胞激活需要其与抗原呈递细胞(apc)，通常是树突状细胞(dc)相互作用，以表达在主要组织相容性分子(mhc)和共刺激信号情况下呈递的tcr同源肽。随后，激活的t细胞可以识别所有细胞类型(甚至是恶性细胞)呈递的肽-mhc复合物。赘生物通常包含与肿瘤细胞反应的浸润性t淋巴细胞。
2、然而，针对肿瘤的免疫应答的效率受到肿瘤开发的各种免疫抑制策略的严重影响；例如，肿瘤细胞表达向浸润性t细胞提供抑制信号的受体，或它们分泌抑制性细胞因子。检查点阻断疗法的发展提供了绕过其中一些机制的手段，导致更有效地杀死癌细胞。该方法取得的有希望的结果为基于t细胞的免疫治疗的发展开辟了新的途径。然而，检查点抑制剂仅在少数患者中有效，且仅在有限类型的癌症中有效。
3、免疫治疗的主要目标是提高响应患者的比例，并扩大癌症适应症。疫苗接种、施用抗肿瘤抗体或施用针对肿瘤抗原的免疫细胞均已被用于提高抗肿瘤免疫应答，并且可以单独施用、与其他治疗(例如化学疗法或放射疗法)一起施用，或作为检查点阻断剂的联合治疗。选择能够触发抗肿瘤免疫而不靶向健康组织的抗原是长期的挑战。
4、对肿瘤新抗原的研究主要集中于出现在癌细胞中的突变序列。这些抗原对每个患者而言都是独特的。然而，肿瘤抗原(优先在肿瘤细胞中表达的
5、关于肿瘤中可转座元件(te)的一些现有报道包括(helman，e.et al.(2014).genome res.)(schiavetti，f.et al.(2002).cancer res.，takahashi，y.et al.(2008).j.clin.invest.).(chiappinelli，k.b.et al.(2015).cell，roulois，d.et al.(2015).cell)。然而，te与肿瘤细胞呈递的抗原情形之间的关系尚未得到深入研究。
6、新的肿瘤新抗原将受到关注，并可能改进或降低癌症治疗的成本，尤其是在疫苗和过继细胞治疗的情况下。
技术实现思路
0、专利技术概述
1、本专利技术人现已发现，外显子和te之间的非经典选择性剪接事件，在本文中也被称为jet(te和外显子之间的连接)，可能是肿瘤抗原，尤其是肿瘤特异性抗原的来源。因此，本公开提供了肿瘤新抗原肽序列和编码这种肽序列的核苷酸序列；能够引起特异性t细胞应答的疫苗或免疫原性组合物，其包含一种或多种所述新抗原肽，或包含编码一种或多种所述新抗原肽的核酸；特异性结合这种新抗原肽的抗体或其抗原结合片段、t细胞受体(tcr)或嵌合抗原受体(car)；产生这种抗体、tcr或car的方法；编码这种新抗原肽、抗体、car或tcr的多核苷酸，其任选地与异源调控序列连接；特异性结合这种新抗原肽的免疫细胞；以及已经用一种或多种新抗原肽脉冲的树突状细胞或抗原呈递细胞；以及使用这种产品的方法。本公开提供了包含至少8个氨基酸的肿瘤新抗原肽，任选地，其中所述新抗原肽由包含可转座元件(te)序列和外显子序列的融合转录物序列的开放阅读框(orf)的一部分编码。尽管在一些实施方案中，肿瘤新抗原肽的长度至少为8个氨基酸，和/或长度最多为约25个氨基酸，但特异性结合新抗原肽的抗体、tcr或car可结合至少4个、至少5个、至少6个或至少7个氨基酸的肽序列。
2、根据本公开，“新抗原肽特征”包括来源于融合转录物(剪接变体)的新抗原肽，其中：
3、-te序列可位于融合转录物序列的5’端，并且外显子序列可位于融合转录物序列的3’端，并且编码新抗原肽的所述融合转录物序列的orf的一部分可与连接重叠；
4、-te序列可位于融合转录序列的5’端，并且外显子序列可位于融合转录物序列的3’端，并且编码所述肿瘤新抗原肽的orf的一部分可位于连接的下游，使得开放阅读框是非经典的；
5、-te序列可位于融合转录物序列的3’端，并且外显子序列可位于融合转录物序列的5’端，并且编码肿瘤新抗原肽的所述融合转录物序列的orf的一部分可与连接重叠；或
6、-te序列位于融合转录物序列的3’端，并且外显子序列位于融合转录物序列的5’端，编码肿瘤新抗原肽的orf的一部分位于外显子序列和te序列之间连接的下游，任选地，其中由纯te序列编码的肽序列是非经典的。
7、te序列可选自te i类：内源性逆转录病毒(erv)、长分散核元件(line)和短分散核元件(sine)以及malr序列或ii类dna转座子。
8、本公开特别提供了一种分离的肿瘤新抗原肽，其包含seq id no：1-38907和38916-41099的至少8个氨基酸，并且任选地包含可转座元件(te)序列和外显子序列，其中
9、所述orf与te和外显子序列之间的连接重叠，是纯te和/或非经典的。
10、更具体地，本公开提供了根据权利要求1的分离的肿瘤新抗原肽，其中所述肽来自seq id no：1-38907和38916-41099中的任何一个(包括其片段)，并且所述肽包含te衍生的氨基酸序列的至少一部分，或者来自seq id no：1-38907和38916-41099中的任何一个。在一些实施方案中，新抗原肽与te衍生的氨基酸序列和外显子衍生的氨基酸序列之间的断点重叠。在其他实施方案中，新抗原肽源自纯te序列。在其他实施方案中，新抗原肽由te衍生的氨基酸序列和外显子衍生的氨基酸序列之间的连接的下游的非经典orf编码。
11、在一个实施方案中，肿瘤新抗原肽的长度为8或9个氨基酸，特别是8至11个氨基酸，并结合至少一种mhc i类分子。
12、在另一个实施方案中，肿瘤新抗原肽的长度为13至25个氨基酸，并结合所述受试者的至少一种mhc ii类分子。
13、所述新抗原肽通常在肿瘤样品中以与正常样品的相比更高水平或更高频率表达，任选地，所述新抗原肽在正常组织样品(即正常健康细胞)中不表达，或在正常健康样品中不可检测地表达。
14、在一些实施方案中，所述新抗原肽在来自患有癌症的受试者群体，并且尤其来自患有癌症的受试者群体，尤其在来自患有肺癌，更具体地非小细胞肺癌(nsclc)，甚至更具体地来自肺腺癌(luad)的至少1％、5％、10％、15％、20％、25％或甚至至少30％的受试者中表达。
15、通常，新抗原肽以小于约10-4、10-5、10-6、10-7、10-8或10-9m的结合亲和力kd结合mhci类或ii类(较低的数字表示较高的结合亲和力)。
16、通常，新抗原肽以netmhcpan 4.0预测本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种分离的肿瘤新抗原肽，其包含SEQ ID NO：1-38907和38916-41099中任何一个的至少4、5、6、7或8个氨基酸。
2.根据权利要求1所述的分离的肿瘤新抗原肽，其中(a)所述肽来自SEQ ID NO：1-38907和38916-41099中任何一个或其片段，并且包含来自SEQ ID NO：1-38907和38916-41099中任何一个的TE衍生的氨基酸序列的至少一部分，任选地(i)与TE衍生的氨基酸序列和外显子衍生的氨基酸序列之间的断点重叠的片段，或任选地(ii)纯TE序列；或(b)所述肽来自SEQ ID NO：1-10170；38760-38907；38916-39683；39924-39965；40128-40193；40365-40391；和40510-40728中的任何一个或其片段，并且由TE衍生的氨基酸序列和外显子衍生的氨基酸序列之间的连接下游的非经典ORF编码。
3.根据权利要求1或2中任一项所述的分离的肿瘤新抗原肽，其中所述新抗原肽
4.一种自体树突状细胞或抗原呈递细胞群体，其已用权利要求1-3中任一项所定
5.一种能够引起特异性T细胞应答的疫苗或免疫原性组合物，其包含
6.一种抗体或其抗原结合片段、T细胞受体(TCR)或嵌合抗原受体(CAR)，其特异性结合权利要求1-3中任一项所定义的新抗原肽，任选地与MHC分子结合，其中Kd亲和力为约10-6M或更低，任选地其中所述抗体为TCR样抗体或所述CAR为基于TCR样抗体的CAR。
7.一种生产特异性结合权利要求1-3中任一项所定义的新抗原肽的抗体、TCR或CAR的方法，其包括选择与权利要求1-3中任一项的肿瘤新抗原肽结合的抗体、TCR或CAR的步骤，所述抗体、TCR或CAR任选地与MHC或HLA分子结合，或任选地在细胞表面表达，其中Kd亲和力为约10-6M或更低。
8.一种抗体、TCR或CAR，其通过权利要求7所述的方法产生。
9.根据权利要求8所述的T细胞受体，其中所述T细胞受体是可溶的或是融合至靶向T细胞抗原的抗体片段的TCR样抗体，任选地，其中所述靶向抗原是CD3或CD16。
10.根据权利要求6、8或9中任一项所述的抗体、TCR或CAR，其中所述抗体是进一步靶向至少一种免疫细胞抗原的多特异性抗体，任选地，其中所述免疫细胞是T细胞、NK细胞或树突状细胞，任选地，其中所述靶向抗原是CD3、CD16、CD30或TCR，任选地，其中所述免疫细胞是Suv39h1基因缺陷的。
11.一种多核苷酸，其编码权利要求1-3中所定义的新抗原肽或权利要求6、8-10中任一项所定义的抗体、CAR或TCR，任选地与异源调控序列连接。
12.一种载体，其包含权利要求11所述的多核苷酸。
13.一种免疫细胞，其特异性结合权利要求1-3中任一项所定义的一种或多种新抗原肽，任选地其中所述免疫细胞是Suv39h1基因缺陷的。
14.根据权利要求13所述的免疫细胞，其为选自以下的同种异体或自体细胞：T细胞、天然杀伤T细胞、CD4+/CD8+ T细胞、TIL/肿瘤衍生的CD8 T细胞、中央记忆CD8+ T细胞、Treg、MAIT、YδT细胞、人胚胎干细胞和可分化出淋巴细胞的多能性干细胞。
15.根据权利要求17所述的T细胞，其包含
16.权利要求1-3中所定义的新抗原肽、权利要求4中所述的树突状细胞群体、权利要求5中所述的疫苗或免疫原性组合物、权利要求11中所定义的多核苷酸或权利要求12中所述的载体，用于抑制癌细胞增殖，或用于受试者的癌症疫苗治疗，或用于治疗受试者的癌症的用途。
17.如权利要求6-12中任一项所定义的抗体或其抗原结合片段、抗体、TCR、CAR、多核苷酸或载体，用于抑制癌细胞增殖，或用于治疗有需要的受试者的癌症的用途。
18.权利要求13-15中任一项所定义的免疫细胞，用于癌症的细胞治疗的用途。
19.根据权利要求16用于用途的所述新抗原肽、树突状细胞群体、疫苗或免疫原性组合物、多核苷酸或载体、根据权利要求17用于用途的所述抗体或其抗原结合片段、多特异性抗体、TCR、CAR、多核苷酸或载体、或根据权利要求18用于用途的所述免疫细胞群体，其与至少一种其他治疗剂组合施用。
20.根据权利要求16用于用途的所述新抗原肽、树突状细胞群体、疫苗或免疫原性组合物、多核苷酸或载体、根据权利要求17用于用途的所述抗体或其抗原结合片段、多特异性抗体、TCR、CA...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种分离的肿瘤新抗原肽，其包含seq id no：1-38907和38916-41099中任何一个的至少4、5、6、7或8个氨基酸。
2.根据权利要求1所述的分离的肿瘤新抗原肽，其中(a)所述肽来自seq id no：1-38907和38916-41099中任何一个或其片段，并且包含来自seq id no：1-38907和38916-41099中任何一个的te衍生的氨基酸序列的至少一部分，任选地(i)与te衍生的氨基酸序列和外显子衍生的氨基酸序列之间的断点重叠的片段，或任选地(ii)纯te序列；或(b)所述肽来自seq id no：1-10170；38760-38907；38916-39683；39924-39965；40128-40193；40365-40391；和40510-40728中的任何一个或其片段，并且由te衍生的氨基酸序列和外显子衍生的氨基酸序列之间的连接下游的非经典orf编码。
3.根据权利要求1或2中任一项所述的分离的肿瘤新抗原肽，其中所述新抗原肽
4.一种自体树突状细胞或抗原呈递细胞群体，其已用权利要求1-3中任一项所定义的一种或多种肽脉冲或用编码权利要求1-3中任一项所定义的一种或多种肽的多核苷酸转染。
5.一种能够引起特异性t细胞应答的疫苗或免疫原性组合物，其包含
6.一种抗体或其抗原结合片段、t细胞受体(tcr)或嵌合抗原受体(car)，其特异性结合权利要求1-3中任一项所定义的新抗原肽，任选地与mhc分子结合，其中kd亲和力为约10-6m或更低，任选地其中所述抗体为tcr样抗体或所述car为基于tcr样抗体的car。
7.一种生产特异性结合权利要求1-3中任一项所定义的新抗原肽的抗体、tcr或car的方法，其包括选择与权利要求1-3中任一项的肿瘤新抗原肽结合的抗体、tcr或car的步骤，所述抗体、tcr或car任选地与mhc或hla分子结合，或任选地在细胞表面表达，其中kd亲和力为约10-6m或更低。
8.一种抗体、tcr或car，其通过权利要求7所述的方法产生。
9.根据权利要求8所述的t细胞受体，其中所述t细胞受体是可溶的或是融合至靶向t细胞抗原的抗体片段的tcr样抗体，任选地，其中所述靶向抗原是cd3或cd16。
10.根据权利要求6、8或9中任一项所...
【专利技术属性】
技术研发人员：S·阿米格瑞纳，M·比尔巴格，A·乌伊，J·瓦特法尔，MH·斯特恩，B·萨达卡，A·梅洛蒂·伊波利托，Y·阿里巴斯·德桑多瓦尔，C·古多，
申请(专利权)人：记忆疗法公司，
类型：发明
国别省市：
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