【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及一种沙子岭猪snp分子标记及其制备的芯片和应用。
技术介绍
1、沙子岭猪是我国华中两头乌猪的主要类群，已被列入国家畜禽遗传资源保护品种名录，其具有杂交效果好、耐粗饲、适应性广、抗病力强等优良遗传特性。此外，沙子岭猪极具医学开发价值，在众多地方猪种中最适合作为猪人异种移植供体，是珍贵的遗传资源。作为地方猪种，沙子岭猪缺乏系统和完善的分子检测手段，主要以常规选育和保种为主。因此，开发一款沙子岭猪的液相芯片产品十分符合现阶段沙子岭猪产业发展的需求。
技术实现思路
1、本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种沙子岭猪snp分子标记。
2、本专利技术还提出一种用于检测上述沙子岭猪snp分子标记的snp芯片。
3、本专利技术还提出一种用于检测上述上述沙子岭猪snp分子标记的试剂盒。
4、本专利技术还提出一种上述沙子岭猪snp分子标记、snp芯片或试剂盒的应用。
5、本专利技术还提出一种沙子岭猪的育种方法。
6、根据本专利技术的一个方面，提出了一种沙子岭猪snp分子标记，包括410个snp分子标记中的至少一种，所述410个snp分子标记的物理位置是基于猪的参考基因组sscrofa11.1进行序列比对确定的，位点信息具体如下：
7、
8、
9、
10、
11、在本专利技术的一些实施方式中，所述snp位点的位置信息
12、在本专利技术的第二方面，提出了一种沙子岭猪snp芯片，所述沙子岭猪snp芯片包括用于检测上述的沙子岭猪snp分子标记的引物组和/或探针。
13、在本专利技术的第三方面，提出了一种试剂盒，所述试剂盒包含用于检测上述的沙子岭猪snp分子标记的引物组和/或探针。
14、在本专利技术的第四方面，提出了上述沙子岭猪snp分子标记、沙子岭猪snp芯片和试剂盒中的至少一种的应用。
15、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用具体可以通过以下方法实现：
16、s1、采用上述沙子岭猪snp分子标记、沙子岭猪液相芯片和试剂盒中的至少一种对待测试的样本进行基因型分型，获得基因型分型结果；
17、s2、对步骤s1获得的基因型分型结果进行分析。
18、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在沙子岭猪的基因分型中的应用。
19、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在沙子岭猪的全基因组关联分析中的应用。
20、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为沙子岭猪的聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。
21、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在沙子岭猪的遗传多样性鉴定中的应用。
22、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在沙子岭猪的育种或辅助育种中的应用。
23、在本专利技术的一些实施方式中，所述育种或辅助育种包括辅助的主效基因选择、分子辅助育种、全基因组选择育种、沙子岭猪品种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、物种进化分析和种质资源鉴定中的至少一种。
24、在本专利技术的第五方面，提出了一种沙子岭猪的育种方法，包括如下步骤：利用上述沙子岭猪snp分子标记、沙子岭猪液相芯片和试剂盒中的至少一种对待测猪的dna进行检测，选择沙子岭猪进行后续育种。
25、在本专利技术的一些实施方式中，所述检测基于液相探针捕获测序分型技术进行。
26、本专利技术至少具有以下有益效果：
27、本专利技术的snp分子标记可用于特异性鉴定沙子岭猪，可以实现沙子岭猪的品种鉴定、种质资源和亲缘关系鉴定和分析、种猪资源的保护和开发等，在沙子岭猪育种的多个领域具有较高的应用价值。
28、本专利技术的沙子岭猪液相芯片可用于沙子岭猪低成本、大规模的基因分型，适合沙子岭猪的品种研究，有利于沙子岭猪种质资源的开发与研究。基于液相芯片原理，位点灵活，后期可随时增加新的功能标记位点。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种沙子岭猪SNP分子标记，其特征在于，包括410个SNP分子标记中的至少一种，所述410个SNP分子标记的物理位置是基于猪的参考基因组Sscrofa11.1进行序列比对确定的，位点信息具体如下：
2.一种沙子岭猪SNP芯片，其特征在于，所述SNP芯片包括用于检测权利要求1所述的沙子岭猪SNP分子标记的引物组和/或探针。
3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含用于检测权利要求1所述的沙子岭猪SNP分子标记的引物组和/或探针。
4.权利要求1所述的沙子岭猪SNP分子标记、权利要求2所述的沙子岭猪SNP芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在沙子岭猪基因分型中的应用。
5.权利要求1所述的沙子岭猪SNP分子标记、权利要求2所述沙子岭猪SNP芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在沙子岭猪的全基因组关联分析中的应用。
6.权利要求1所述的沙子岭猪SNP分子标记、权利要求2所述沙子岭猪SNP芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在沙子岭猪的聚类分析及亲缘关系鉴定中的应用。
7.权利要求1所述的沙子岭猪S
8.权利要求1所述的沙子岭猪SNP分子标记、权利要求2所述沙子岭猪液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在沙子岭猪育种或辅助育种中的应用。
9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述育种或辅助育种包括辅助的主效基因选择、分子辅助育种、全基因组选择育种、沙子岭猪品种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、物种进化分析和种质资源鉴定中的至少一种。
10.一种沙子岭猪的育种方法，其特征在于，包括如下步骤：利用权利要求1所述的沙子岭猪SNP分子标记、权利要求2所述沙子岭猪液相芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种对待测猪的DNA进行检测，选择沙子岭猪进行后续育种。
...【技术特征摘要】
1.一种沙子岭猪snp分子标记，其特征在于，包括410个snp分子标记中的至少一种，所述410个snp分子标记的物理位置是基于猪的参考基因组sscrofa11.1进行序列比对确定的，位点信息具体如下：
2.一种沙子岭猪snp芯片，其特征在于，所述snp芯片包括用于检测权利要求1所述的沙子岭猪snp分子标记的引物组和/或探针。
3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含用于检测权利要求1所述的沙子岭猪snp分子标记的引物组和/或探针。
4.权利要求1所述的沙子岭猪snp分子标记、权利要求2所述的沙子岭猪snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在沙子岭猪基因分型中的应用。
5.权利要求1所述的沙子岭猪snp分子标记、权利要求2所述沙子岭猪snp芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在沙子岭猪的全基因组关联分析中的应用。
6.权利要求1所述的沙子岭猪snp分子标记、权利要求2所述沙子岭...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈晨，李华丽，朱吉，吴买生，李玉莲，崔清明，胡雄贵，邓缘，刘莹莹，左剑波，任慧波，喻国均，曹丽华，杨雄，彭英林，蒋友如，
申请(专利权)人：湖南省畜牧兽医研究所湖南省家畜育种工作站，
类型：发明
国别省市：
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