【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于肠道菌群生物标志物筛选，特别涉及一种挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法。
技术介绍
1、自闭症谱系障碍(asd)是一种严重的广泛性发育障碍，其特征是社交和沟通困难、重复行为和兴趣受限等心理发育障碍，严重影响患儿的社会功能和生活质量。2023年3月24日美国疾控中心发布消息，公布了最新自闭症患病率的筛查数据。每36名8岁儿童中就有1名患有自闭症症谱系障碍(asd)，据中国残疾人普查报告数据显示，目前我国孤独症患者已超1300万人，以每年近20万的速度增长，自闭症发病率已占各类精神残疾首位。
2、目前已经通过动物和临床实验证实，自闭症谱系障碍(asd)与肠道菌群的紊乱密切相关，并且通过干预肠道菌群可能会影响asd症状的改变。如专利申请202010183758.9所公开的与自闭症相关的肠道菌群生物标志物及其应用。该申请发现肠道菌群可以辅助肠道毒物的降解，减少线粒体因毒物积累带来的损伤以及由此诱发的asd的发生。本专利技术提供的与asd相关的肠道菌群生物标志物包括5条代谢通路，涉及31种酶类，利用该生物标志物进行asd...
【技术保护点】
1.一种挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于包含以下步骤：
2.如权利要求1所述的挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于所述步骤1中，所述步骤1为收集临床自闭症患者和健康人群的肠道菌群数据，建立对应的数据库；数据库包括测序下机数据、测序引物、测序区域、建库方式、测序平台、样本临床数据。
3.如权利要求1所述的挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于所述步骤2中，16S测序分析中的数据首先要进行预处理，所述预处理是根据不同研究的建库和测序方法对数据进行预处理，这其中包含测序区域、测序平台、引物、单端或双端测序等参数；同时，...
【技术特征摘要】
1.一种挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于包含以下步骤：
2.如权利要求1所述的挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于所述步骤1中，所述步骤1为收集临床自闭症患者和健康人群的肠道菌群数据，建立对应的数据库；数据库包括测序下机数据、测序引物、测序区域、建库方式、测序平台、样本临床数据。
3.如权利要求1所述的挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于所述步骤2中，16s测序分析中的数据首先要进行预处理，所述预处理是根据不同研究的建库和测序方法对数据进行预处理，这其中包含测序区域、测序平台、引物、单端或双端测序等参数；同时，在该步骤中事先对收集的文献数据进行分类，基于相同的参数进行16s分析，得到对应的zotus表及其对应的注释结果。
4.如权利要求1所述的挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于所述步骤3中，选择机器学习分类器对所有菌属特征进行建模，用roc曲线来评估分类器的性能，使用的分类器包括：knn,naive bayes,decision tree,rf,svm,logistic regression,gradient boosting,adaboost,lightgbm,catboost和xgboost。
5.如权利要求4所述的挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于所述步骤3中，对比不同分类器的性能，选择十折交叉验证auc最高的分类器用于后续特征选择。
6.如权利要求1所述的挖掘自闭症肠道菌群生物标志物的方法，其特征在于所述步骤4中，使用特征选择程序挑选自闭症患者与健康人群之间的菌属特征，采用的特征选择包括：荟萃分析差异菌属，powershap，borutashap，borutashap-gini，shapicant，forwardfeature selection，c...
【专利技术属性】
技术研发人员：曹曼，张帮周，许佳颖，兰彬源，罗联根，肖传兴，何剑全，
申请(专利权)人：上海承葛生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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