凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状相关的SNP分子标记及其应用制造技术

技术编号：40398073 阅读：8 留言：0更新日期：2024-02-20 22:25

本发明专利技术公开了凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状相关SNP分子标记及其应用，在Cpb基因序列编码区共发现3个与凡纳滨对虾亚硝酸氮耐受性状显著相关的SNP分子标记，分别位于SEQ ID NO.1所示序列的694 bp、696 bp、702 bp位点处，3个SNP分子标记位点完全连锁，其基因型分别为AG、CT和CT是凡纳滨对虾亚硝酸氮耐受性状的有利标记，可用于凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状育种的辅助选择。

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【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于水产动物分子标记，具体涉及凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状相关snp分子标记及其应用。

技术介绍

1、凡纳滨对虾(litopenaeus vannamei)也称南美白对虾，因其生长速度快、蛋白质含量高、营养价值丰富、抗逆能力强等优点，成为我国主要的对虾养殖品种之一[1]。在集约化养殖过程中，高放养密度造成残留饵料及粪便的积累，导致环境污染物质的增加，加剧了水体环境恶化，从而影响对虾的健康和产量[2]。而亚硝酸氮是水产养殖系统中常见的环境污染物质之一[3]，大量研究表明，水体中过高的亚硝酸氮浓度会导致对虾生长异常，能量代谢、血氧结合、免疫反应和离子调节等多种生理功能紊乱，对水生动物病原体易感性增强[4-7]；此外，长时间暴露在高浓度的亚硝酸氮中，还会导致对虾肝胰腺和肠道等组织结构严重受损[8-9]，最终造成高死亡率，对养殖生产造成巨大损失。然而在养殖过程中，由于缺乏高效水质调控技术以及生态养殖模式，将养殖水体中的亚硝酸氮浓度维持在较低水平十分困难，因此，培育出凡纳滨对虾耐亚硝酸氮新品种尤为重要。

2、目前凡纳滨对虾选育多采用群体和家系选育方式，然而这种选育方式具有选育周期长、成本高、不稳定等缺点，分子标记辅助育种则可以克服传统育种方式的弊端，能够准确、高效的实现经济性状的快速改良。单核苷酸多态性标记(single nuclearpolymorphism,snp)作为第三代分子标记，是指由于单个碱基的变化所引起dna序列的改变，包括颠换、转换、插入和缺失等形式，多发生在非编码区，少数snp位于编码区[10]，具有位

3、羧肽酶b(carboxypeptidase b-like，cpb)是一种可水解蛋白质或肽的羧基端(c端)末端肽键的蛋白酶[15]，广泛存在于人类、动物和植物体内，参与机体的各种生化反应。然而cpb基因在甲壳动物中发挥的功能研究较少。本专利技术对该基因的编码区序列进行snps筛选，最终检测到3个与凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状显著关联的snp位点，可为选育具有耐亚硝酸氮性状的凡纳滨对虾品种提供技术支撑。

技术实现思路

1、本专利技术的目的在于提供凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状相关的snp分子标记，用于选育耐亚硝酸氮性状的凡纳滨对虾品种。

2、为了实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：

3、本专利技术首先随机挑取亚硝酸氮胁迫96h后死亡和存活的凡纳滨对虾cdna为模板，进行pcr扩增，初步筛选候选基因的snps位点，结果在cpb基因中检测到了snps位点。然后以亚硝酸氮胁迫96h后死亡的和存活个体的凡纳滨对虾基因组dna为模板，通过引物设计、pcr扩增、产物测序来检测凡纳滨对虾cpb基因上snps位点的基因型，利用spss软件进行数据处理，卡方检验分析基因型与亚硝酸氮耐受性状的关联，结果发现3个与凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状显著相关的snp分子标记，包括snp分子标记c.694g＞a、c.696t＞c、c.702t＞c：

4、所述snp分子标记c.694g＞a位于seq id no.1所示序列的694bp位点处，该碱基为g或a，突变类型为g/g纯合型、g/a杂合型和a/a纯合型；

5、所述snp分子标记c.696t＞c位于seq id no.1所示序列的696bp位点处，该碱基为c或t，突变类型为c/c纯合型、c/t杂合型和t/t纯合型；

6、所述snp分子标记c.702t＞c位于seq id no.1所示序列的702bp位点处，该碱基为c或t，突变类型为c/c纯合型、c/t杂合型和t/t纯合型；

7、所述3个snp分子标记位点完全连锁。

8、上述snp分子标记在辅助选育耐亚硝酸氮性状的凡纳滨对虾品种中的应用，具体方法为：扩增含有所述snp位点的片段，通过直接测序法对snp位点的基因型进行分型，snp分子标记c.694g＞a的ga基因型、snp分子标记c.696t＞c ct基因型、snp分子标记c.702t＞c的ct基因型为凡纳滨对虾亚硝酸氮耐受性状的有利标记。

9、进一步地，用于扩增所述3个snp分子标记的引物序列如seq id no.4和seq idno.5所示。

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【技术保护点】

1.SNP标记在凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状选择中的的应用，其特征在于，所述SNP标记为如下组合：

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述SNP分子标记c.694 G＞A的基因型为AG、SNP分子标记c.696 T＞C的基因型为CT、c.702 T＞C的基因型为CT是凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状的有利标记。

3.用于凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状检测的引物，其特征在于，所述引物的序列如SEQID NO.4和5所示。

【技术特征摘要】

1.snp标记在凡纳滨对虾耐亚硝酸氮性状选择中的的应用，其特征在于，所述snp标记为如下组合：

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述snp分子标记c.694 g＞a的基因型为ag、snp分子标记c...

【专利技术属性】
技术研发人员：王焕岭，王艾金，侯立依，肖杰，赵永贞，陈秀荔，刘红，
申请(专利权)人：广西壮族自治区水产科学研究院，
类型：发明
国别省市：

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