【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于噬菌体识别，涉及一种噬菌体识别方法，尤其涉及一种噬菌体类别判别方法及系统。
技术介绍
1、噬菌体(phage)是侵袭细菌的病毒，也是赋予宿主菌生物学性状的遗传物质。噬菌体必须在活菌内寄生，有严格的宿主特异性，其取决于噬菌体吸附器官和受体菌表面受体的分子结构和互补性。噬菌体是病毒中最为普遍和分布最广的群体。通常在一些充满细菌群落的地方，如：泥土、动物的肠道里，都可以找到噬菌体。
2、现有对噬菌体类别的判断通常是人工方式。然而，医生、科研人员容易因为视觉上的错觉存在主观判断；噬菌体菌斑的颜色不均匀，加大影响工作人员的判断误差；噬菌体菌斑的扫描片有很多噪音(如网格线)，影响工作人员对菌斑类型的判断。
3、有鉴于此，如今迫切需要设计一种新的噬菌体类别判别方式，以便克服现有噬菌体类别判别方式存在的上述至少部分缺陷。
技术实现思路
1、本专利技术提供一种噬菌体类别判别方法及系统，可提高噬菌体类别识别的精确度及效率，类型识别均由机器实现，提高识别的智能性。
2、为解决上述技术问题，根据本专利技术的一个方面，采用如下技术方案：
3、一种噬菌体类别判别方法，所述噬菌体类别判别方法包括：
4、步骤s1、图像预处理，对拟合出来的菌斑区域及区域外环生成掩膜；
5、步骤s2、对掩膜内数值除去阈值所规定的最高或最低区域的值；
6、步骤s3、计算掩膜内平均光密度；
7、步骤s5、计算噬菌体菌斑的面积，将
8、作为本专利技术的一种实施方式，步骤s1中，图像预处理步骤包括对图像进行二值化处理、腐蚀处理、膨胀处理及灰度均衡处理。
9、作为本专利技术的一种实施方式，步骤s1中，生成掩膜步骤中，根据菌斑的圆心、长轴、短轴、中心旋转角度，分别在和图片大小一样的数组画出菌斑区域，比菌斑大的同心椭圆减去菌斑区域的外环区域。
10、作为本专利技术的一种实施方式，步骤s3中，计算掩膜内平均光密度步骤包括：若掩膜内的灰度值图像的最高值与最低值超过阈值，则去除一部分最高值和最低值；计算处理后所有点的光密度od；取od平均值为该区域光密度。光密度其中，i0(x,y)为入射光强度，it(x,y)为透射光强度，(x,y)为像素坐标。
11、作为本专利技术的一种实施方式，所述噬菌体类别判别方法进一步包括步骤s4：计算菌斑区域与外环区域的数值差异，判断菌斑是浑浊还是透亮；
12、步骤s4中，判断菌斑是浑浊还是透亮步骤包括：根据标注的数据获取透亮和浑浊外环减菌斑区域差值的分类的最合适的值。
13、在菌斑中心点画三个同心椭圆，对三个区域计算光密度值；根据三个区域计算光密度的差值和设定阈值，判断菌斑是透亮还是浑浊；对于透亮的菌斑，判断其是否有晕环。
14、作为本专利技术的一种实施方式，步骤s5中，以菌斑的直径和网格宽度比较判断出菌斑大小；根据设定经验值占直径占网格边长1/2以下为小，再结合步骤s4判断菌斑的透亮与浑浊；输出菌斑类型为大且透亮lc、大而浑浊lo、小且透亮sc或小而浑浊so。
15、根据本专利技术的另一个方面，采用如下技术方案：一种噬菌体类别判别系统，所述噬菌体类别判别系统包括：
16、掩膜生成模块，用以对拟合出来的菌斑区域及区域外环生成掩膜；
17、掩膜筛选模块，用以对掩膜内数值除去阈值所规定的最高或最低区域的值；
18、光密度计算模块，用以计算掩膜内平均光密度；
19、区域数值差异计算模块，用以计算菌斑区域与外环区域的数值差异
20、菌斑浊亮判断模块，用以判断菌斑是浑浊还是透亮；
21、菌斑面积计算模块，用以计算噬菌体菌斑的面积，
22、类型获取模块，用以将噬菌体菌斑和网格做对比，获取噬菌体菌斑的类型，从而获取噬菌体类别。
23、作为本专利技术的一种实施方式，所述噬菌体类别判别系统还包括图像预处理模块，用以对图像进行预处理；所述图像预处理模块包括图像二值化处理单元、图像腐蚀处理单元、图像膨胀处理单元及灰度均衡处理单元。
24、作为本专利技术的一种实施方式，所述掩膜生成模块用以根据菌斑的圆心、长轴、短轴、中心旋转角度，分别在和图片大小一样的数组画出菌斑区域，比菌斑大的同心椭圆减去菌斑区域的外环区域。
25、作为本专利技术的一种实施方式，所述光密度计算模块计算掩膜内平均光密度过程中，若掩膜内的灰度值图像的最高值与最低值超过阈值，则去除一部分最高值和最低值；计算处理后所有点的光密度od；取od平均值为该区域光密度。光密度其中，i0(x,y)为入射光强度，it(x,y)为透射光强度，(x,y)为像素坐标。
26、作为本专利技术的一种实施方式，所述菌斑浊亮判断模块用以根据标注的数据获取透亮和浑浊外环减菌斑区域差值的分类的最合适的值。在菌斑中心点画三个同心椭圆，对三个区域计算光密度值；根据三个区域计算光密度的差值和设定阈值，判断菌斑是透亮还是浑浊；对于透亮的菌斑，判断其是否有晕环。
27、作为本专利技术的一种实施方式，所述类型获取模块以菌斑的直径和网格宽度比较判断出菌斑大小；若菌斑直径的经验值占网格边长1/2以下，则认为菌斑大小为小，否则认为菌斑大小为大；再结合菌斑浊亮判断模块判断的菌斑透亮与浑浊；输出菌斑类型为大且透亮lc、大而浑浊lo、小且透亮sc或小而浑浊so。
28、本专利技术的有益效果在于：本专利技术提出的噬菌体类别判别方法，可提高噬菌体类别识别的精确度及效率，类型识别均由机器实现，提高识别的智能性。
29、在本专利技术的一种使用场景中，本专利技术用于判断噬菌体类型(lc\sc\o)，先对噬菌体菌斑的图片的预处理，然后对每个噬菌体菌斑来计算光密度，计算噬菌体菌斑的面积，和盘格面积进行比较，从而来判断噬菌体菌斑的类型。
30、通过获取噬菌体浑浊或透亮，可获取噬菌体的特性；噬菌体透亮代表噬菌体裂解性能优良(可推荐用于噬菌体治疗)，噬菌体浑浊代表噬菌体难以完全裂解(不推荐用于治疗)。
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1.一种噬菌体类别判别方法，其特征在于，所述噬菌体类别判别方法包括：
2.根据权利要求1所述的噬菌体类别判别方法，其特征在于：
3.根据权利要求1所述的噬菌体类别判别方法，其特征在于：
4.根据权利要求1所述的噬菌体类别判别方法，其特征在于：
5.根据权利要求1所述的噬菌体类别判别方法，其特征在于：
6.一种噬菌体类别判别系统，其特征在于，所述噬菌体类别判别系统包括：
7.根据权利要求6所述的噬菌体类别判别系统，其特征在于：
8.根据权利要求6所述的噬菌体类别判别系统，其特征在于：
9.根据权利要求6所述的噬菌体类别判别系统，其特征在于：
10.根据权利要求6所述的噬菌体类别判别系统，其特征在于：
【技术特征摘要】
1.一种噬菌体类别判别方法，其特征在于，所述噬菌体类别判别方法包括：
2.根据权利要求1所述的噬菌体类别判别方法，其特征在于：
3.根据权利要求1所述的噬菌体类别判别方法，其特征在于：
4.根据权利要求1所述的噬菌体类别判别方法，其特征在于：
5.根据权利要求1所述的噬菌体类别判别方法，其特征在于：
...【专利技术属性】
技术研发人员：梅园，
申请(专利权)人：上海申挚医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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