【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物技术的基因领域，尤其涉及一种检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法。
技术介绍
1、进入21世纪以来，禽类肉蛋产品的需求在我国肉食产品需求总量中呈刚性增长态势，与此同时，人们对禽产品质量的追求意识亦日益增强。禽沙门氏菌病的危害伴随养鸡业的全周期，对禽类生产造成无法估量的经济损失；尤其是沙门氏菌感染鸡群能通过食物链将病菌传递给人类，严重威胁人类食品安全(foley & lynne，2008；callaway et al，2008；suzuki，1994；gantois et al，2009)，已经引起养禽界、公共卫生界和禽病防治界的高度重视。从长远发展考虑，寻求一种全新的预防与控制策略，采用遗传学方法，培育出抗病新品种(品系)，从遗传素质上永久性地提高鸡群对肠炎沙门氏菌的抵抗能力，培育高效、优质、抗性鸡种是实现养禽业可持续发展的迫切需要。
2、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)，是由单个核苷酸的变异所引起的dna序列的多态性，包括转换、颠换、插入或缺失。snp是疾病易感性、显现性、抵抗力、以及药物反应性等生物性状差异的重要基础，很多疾病与基因突变或基因多态有关。单核苷酸遗传多样性广泛应用于分子遗传标记研究，其特定位点突变可使该基因表达的蛋白结构和功能发生变化，有的甚至直接改变所翻译的氨基酸。
3、经过对现有国内外文献和专利的检索，与炎性因子调控密切相关的nlrp3基因snp的相关研究还没有相关报告。本研究将对nlrp3基因进行
技术实现思路
1、本专利技术提供一种检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法，以解决现有与炎性因子调控密切相关的nlrp3基因snp的相关研究还没有相关报告的技术问题。
2、为实现上述目的，本专利技术提供了以下技术方案：
3、本申请提供的一种检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法，
4、（1）通过特异性引物组对nlrp3基因第3、4外显子的序列进行pcr扩增；
5、（2）确定在鸡nlrp3基因第3、4外显子所示序列的第12、169和306号位点的核苷酸；
6、（3）检测第12、169和306号位点的核苷酸是否存在单核苷酸遗传多样性。
7、进一步的，所述特异性引物组的序列如seq id no .1及 seq id no .2所示。
8、进一步的，所述nlrp3基因第3、4外显子所示序列的第12、169和306号位点的核苷酸分别为a、t、a。
9、进一步的，具体包括下述步骤：
10、步骤一，采集4个品种的鸡的血样用于提取dna；
11、步骤二，取dna溶液，利用微分分光光度计测定浓度和纯度；
12、步骤三，采用特异性引物组对提取的dna进行pcr扩增，再通过电泳检测，判定基因型；
13、步骤四，对扩增产物进行鉴定。
14、进一步的，所述步骤一中，4个品种的鸡分别为大恒s01、大恒s03、aa+以及藏鸡。
15、进一步的，所述步骤三中，进行pcr扩增时：
16、pcr反应体系：dna 1μl；特异性引物组 2μl，且特异性引物组中2条引物等浓度，按照体积比引物fi：引物ri=1:1的比例混合；dntp 1μl；taq缓冲液 5μl；mgcl2 5μl；taq酶0.5μl；水 35.5μl；
17、pcr反应程序：预变性95℃ 3.5min，变性95℃ 35s，退火56℃ 40s，延伸70℃ 40s，修复延伸72℃ 10min，循环数40次。
18、进一步的，所述步骤三中，使用1％琼脂糖电泳进行电泳检测，150v、100ma 20min电泳观察。
19、进一步的，所述步骤四中，扩增序列测序结果显示，nlrp3第3、4外显子第12、169和306号位点，分别有g→a、c→t和g→a的突变，分别有gg、ga和aa，cc、ct和tt，gg、ga和aa基因型。
20、本专利技术实现的有益效果：
21、本专利技术提供的检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法，通过pcr对特定位点进行扩增，使用直接测序法可以检测到特定位点的核苷酸变化，通过统计分析该位点的基因和基因型频率可获得该snps位点遗传多态性，再结合表型性状进行分析，获得性状与基因和基因的关联效应。本研究在鸡中对通过nlrp3获得的与抗肠炎沙门氏菌相关的基因型，可以作为分子遗传标记，进行鸡抗肠炎沙门氏菌进行标记辅助选择研究，对开展抗肠炎沙门氏菌育种具有一定的现实意义。
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1.一种检测鸡NLRP3基因外显子SNP分型的方法，其特征在于，
2.根据权利要求1所述的检测鸡NLRP3基因外显子SNP分型的方法，其特征在于，所述特异性引物组的序列如SEQ ID No .1及 SEQ ID No .2所示。
3.根据权利要求1所述的检测鸡NLRP3基因外显子SNP分型的方法，其特征在于，所述NLRP3基因第3、4外显子所示序列的第12、169和306号位点的核苷酸分别为A、T、A。
4.根据权利要求1所述的检测鸡NLRP3基因外显子SNP分型的方法，其特征在于，具体包括下述步骤：
5.根据权利要求4所述的检测鸡NLRP3基因外显子SNP分型的方法，其特征在于，所述步骤一中，4个品种的鸡分别为大恒S01、大恒S03、AA+以及藏鸡。
6.根据权利要求4所述的检测鸡NLRP3基因外显子SNP分型的方法，其特征在于，所述步骤三中，进行PCR扩增时：
7. 根据权利要求4所述的检测鸡NLRP3基因外显子SNP分型的方法，其特征在于，所述步骤三中，使用1％琼脂糖电泳进行电泳检测，150V、100m
8.根据权利要求4所述的检测鸡NLRP3基因外显子SNP分型的方法，其特征在于，所述步骤四中，扩增序列测序结果显示，NLRP3第3、4外显子第12、169和306号位点，分别有G→A、C→T和G→A的突变，分别有GG、GA和AA，CC、CT和TT，GG、GA和AA基因型。
...【技术特征摘要】
1.一种检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法，其特征在于，
2.根据权利要求1所述的检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述特异性引物组的序列如seq id no .1及 seq id no .2所示。
3.根据权利要求1所述的检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述nlrp3基因第3、4外显子所示序列的第12、169和306号位点的核苷酸分别为a、t、a。
4.根据权利要求1所述的检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法，其特征在于，具体包括下述步骤：
5.根据权利要求4所述的检测鸡nlrp3基因外显子snp分型的方法，其特征在于，所述步骤一中，4...
【专利技术属性】
技术研发人员：李小成，梅秀丽，陈家磊，
申请(专利权)人：四川省畜牧科学研究院，
类型：发明
国别省市：
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