一种基于基因调控网络数据库的信息获取方法、平台及设备技术

本申请涉及生物信息学领域，具体涉及一种基于基因调控网络数据库的信息获取方法、平台及设备，所述信息获取的过程涉及：网站服务器、应用端、基因调控网络数据库，所述网站服务器、所述应用端、所述基因调控网络数据库两两通信连接，所述应用端通过访问所述网站服务器获取目的信息，其中，所述应用端从访问到获得信息的步骤为：进入所述网站服务器并发出查询指令；基于所述网站服务器外部分析指令进行分析得到查询目的；基于所述查询目的调用基因调控网络数据库数据；所述基因调控网络数据库数据通过运算处理得到查询的基因信息。本申请通过胶囊网络对比不同的基因调控网络图挖掘具有特异性组织或细胞的基因调控结果，具有很好临床价值。

【技术实现步骤摘要】

本申请涉及生物信息学领域，具体涉及一种基于基因调控网络数据库的信息获取方法、平台、设备及计算机可读存储介质。

技术介绍

1、基因调控网络(grns)的研究可以帮助揭示细胞中基因调控机制的复杂性，理解生命的奥秘。转录因子tf及其下游靶基因形成的grn在监督细胞分裂、细胞生长和细胞死亡等细胞过程中发挥着重要作用。此外，对grn的研究对许多疾病的发生和治疗具有深远的意义，如癌症、心血管疾病和神经疾病，这些疾病与基因调节失调有关。了解疾病相关基因的调控网络可以为疾病的诊断、治疗和药物开发提供重要线索。例如，通过抑制或激活基因调控网络中的关键节点，可以实现疾病的干预和治疗。单细胞技术的最新进展为深入分析细胞异质性提供了新的方法和视角。单细胞转录组学数据的快速积累和单细胞染色质的可及性使得大规模细胞特异性grn的构建成为可能。作为转录调控的一个重要问题，基于scrna-seq和scatac-seq数据的grn的识别和构建对于更好地理解基因表达的调控模式和促进疾病的临床治疗是迫切需要的。目前，很少有数据库包含单细胞调控网络数据。grndb从大量和部分单细胞转录组数据中记本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于基因调控网络数据库的信息获取方法，其特征在于，所述信息获取的过程涉及：网站服务器、应用端、基因调控网络数据库，所述网站服务器、所述应用端、所述基因调控网络数据库两两通信连接，所述应用端通过访问所述网站服务器获取目的信息，其中，所述应用端从访问到获得信息的步骤为：

2.根据权利要求1所述的基于基因调控网络数据库的信息获取方法，其特征在于，所述查询的方式包括下列的一种或几种：按TF搜索、按目标基因搜索、按组织类型搜索、按细胞类型搜索；其中，所述按TF搜索得到与输入TF关联的基因网络调控数据；所述按目标基因搜索得到特定基因的基因调控网络数据；所述按组织类型搜索、所述按细...

【技术特征摘要】

1.一种基于基因调控网络数据库的信息获取方法，其特征在于，所述信息获取的过程涉及：网站服务器、应用端、基因调控网络数据库，所述网站服务器、所述应用端、所述基因调控网络数据库两两通信连接，所述应用端通过访问所述网站服务器获取目的信息，其中，所述应用端从访问到获得信息的步骤为：

2.根据权利要求1所述的基于基因调控网络数据库的信息获取方法，其特征在于，所述查询的方式包括下列的一种或几种：按tf搜索、按目标基因搜索、按组织类型搜索、按细胞类型搜索；其中，所述按tf搜索得到与输入tf关联的基因网络调控数据；所述按目标基因搜索得到特定基因的基因调控网络数据；所述按组织类型搜索、所述按细胞类型搜索得到查询的组织类型或细胞类型；

3.根据权利要求2所述的基于基因调控网络数据库的信息获取方法，其特征在于，通过所述胶囊网络得到组织或细胞特异的基因调控信息前包括预处理阶段，所述预处理中对所述基因调控网络采用对数比值法构建基因调控网络的差分影像；

4.根据权利要求3所述的基于基因调控网络数据库的信息获取方法，其特征在于，基于所述隶属度引入差异信息熵优化训练样本得到优化后的样本，所述差异信息熵通过计算得到差分影像中每个像元的不确定性；

5.根据权利要求2或3所述的基于基因调控网络数据库的信息获...

【专利技术属性】
技术研发人员：李春权，唐惠芳，王秋毓，宋超，钱凤翠，
申请(专利权)人：南华大学附属第一医院，
类型：发明
国别省市：