基因组DNA修饰的测序方法技术

本发明专利技术涉及一种适用于DNA修饰的单细胞全基因组测序方法，该方法在保持细胞膜/细胞核膜完整性的基础上，利用靶向DNA修饰位点的转座体复合物对DNA进行片段化，并且在细胞内构建基因组DNA修饰的测序文库，本发明专利技术的方法可以直接对接到目前现有的商业化单细胞测序平台或空间组学测序平台，实现高通量、低成本的基因组DNA修饰谱检测；此外，采用本发明专利技术的方法还可以区分不同修饰，并且可以同时检测出不同类型的DNA修饰。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种基因组dna修饰的测序方法，属于分子生物学和基因组学。

技术介绍

1、表观遗传学是研究不涉及dna序列改变的基因表达和调控的可遗传修饰。具体来说，基因表达的表观遗传学调控，就是通过各种表观遗传的修饰方式来对基因进行调控。目前，已知的表观遗传现象有：dna甲基化(dna methylation)，基因组印记(genomicimpriting)，母体效应(maternal effects),基因沉默(gene silencing)和rna编辑(rnaediting)等。

2、dna修饰是表观遗传学的重要组成部分，其在基因表达、细胞分化、组织/胚胎发育、遗传印记和癌症等疾病的发展过程中起着重要的调控作用。常见的dna修饰包括5-甲基胞嘧啶修饰(5mc)、5-羟甲基胞嘧啶修饰(5hmc)、5-醛基胞嘧啶修饰(5-formylcytosine)、5-甲酰基胞嘧啶修饰(5cac)、n6-甲基腺嘌呤(6ma)和7-甲基鸟嘌呤等。经研究表明，这些dna修饰与包括基因组印迹，x染色体失活，转座因子招募，衰老和致癌作用在内的诸多生物学现象都有密切本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基因组DNA修饰的测序文库的构建方法，其特征在于：所述构建方法包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于：

3.如权利要求2所述的构建方法，其特征在于：所述靶向目标DNA修饰位点的结合多肽选自甲基-DNA结合蛋白(MBD)家族的多肽，或其结合域多肽片段，或者它们的变体。

4.如权利要求2所述的构建方法，其特征在于：所述一抗和/或二抗为应用于Chip-seq的抗体；优选的，所述一抗选自抗甲基化碱基、羟甲基化碱基、醛基化碱基、甲酰基化碱基、乙酰化碱基、糖基化碱基、生物素修饰碱基、地高辛修饰碱基的抗体或者其片段；优选的，所述一抗选自抗...

【技术特征摘要】

1.一种基因组dna修饰的测序文库的构建方法，其特征在于：所述构建方法包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于：

3.如权利要求2所述的构建方法，其特征在于：所述靶向目标dna修饰位点的结合多肽选自甲基-dna结合蛋白(mbd)家族的多肽，或其结合域多肽片段，或者它们的变体。

4.如权利要求2所述的构建方法，其特征在于：所述一抗和/或二抗为应用于chip-seq的抗体；优选的，所述一抗选自抗甲基化碱基、羟甲基化碱基、醛基化碱基、甲酰基化碱基、乙酰化碱基、糖基化碱基、生物素修饰碱基、地高辛修饰碱基的抗体或者其片段；优选的，所述一抗选自抗5-甲基胞嘧啶、5-羟甲基胞嘧啶、5-醛基胞嘧啶、5-甲酰基胞嘧啶、n6-甲基腺嘌呤或7-甲基鸟嘌呤的抗体或其片段。

5.如权利要求1至4中任意一项所述的构建方法，其特征在于：所述转座子接头序列包含用于固定和/或测序的接头序列，更优选的，所述第一转座子接头序列包含illumina、华大、thermofisher测序平台的通用固定或测序接头序列。

6.如权利要求1所述的构建方法，其特征在于：在所述步骤(2)中，将所述步骤(1)的样品，与至少一种所述转座体复合物共同孵育；不同种所述转座体复合物的转座子接头序列不同；优选的，每一种所述转座体复合物中，所述第二结构域与靶向特定类型的目标dna修饰位点的抗体偶联，且所述转座子接头序列为与目标dna修饰位点的特定类型对应的索引序列。

7.如权利要求6所述的构建方法，其特征在于：所述转座体复合物是通过将转座融合蛋白与所述索引序列连接形成转座体，再与所述目标dna修饰位点的抗体偶联而形成；所述转座融合蛋白包含所述具有转座功能的第一结构域和所述具有结合抗体fc结构域的第二结构域；优选的，先将多种不同的索引序列分别与所述转座融合蛋白的第一结构域连接，获得多种带有不同索引序列的转座体；再将带有特定索引序列的转座体各自通过其第二结构域依次与特定类型的目标dna修饰位点的二抗和一抗偶联。

8.如权利要求1至7中任意一项所述的构建方法，其特征在于：所述第二结构域与异源标签多肽融合；优选的，所述异源标签多肽选自his标签、ha-标签、myc6-标签、flag-标签、strep-标签、strep ii-标签、tap-标签、hat-标签、壳多糖结合结构域(cbd)、麦芽糖-结合蛋白、谷胱甘肽-s-转移酶(gst)标签、intein-标签、链霉抗生物素蛋白-结合蛋白(sbp)标签中的任意一种或多种；更优选的，所述异源标签多肽选自hhhhhh、dykddddk、ypydvpdya、ggllisggal。

9.如权利要求1至8中任意一项所述构建方法，其特征在于：所述转座子接头序列带有生物素标记和/或甲基化标记和/或荧光标记。

10.如权利要求1至9中任意一项所述构建方法，其特征在于：所述具有转座功能的第一结构域为转座酶或具有转座功能的蛋白类似物；优选的，所述第一结构域选自tna转座酶家族的任意一种或多种，或其部分功能域或其突变体；更优选的，所述第一结构域选自tn1、tn2、tn3、tn4、tn5、tn6、tn7、tn9、tn10、tn551、tn971、tn916、tn1545、tn1681中的任意一种或多种，或其部分功能域或其突变体；更优选的，所述第一结构域为tn5或tn10转座酶。

11.如权利要求1至10中任意一项所述构建方法，其特征在于：所述具有结合抗体fc结构域的第二结构域选自金黄色葡萄球菌a蛋白(p...

【专利技术属性】
技术研发人员：李巍，
申请(专利权)人：上海云因创生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：