一种用于药物-靶点亲和力预测的蛋白多层次语义聚合表征方法技术

技术编号:40090462 阅读:21 留言:0更新日期:2024-01-23 16:07
本发明专利技术提供了一种用于药物‑靶点亲和力预测的蛋白多层次语义聚合表征方法,该方法选择合适的神经网络架构分别对药物分子和靶点蛋白分子进行各自的特征编码,最后将获得药物表征和靶点蛋白表征进行联合表征学习,实现DTA的预测。过程包括药物分子特征提取、靶点蛋白特征提取、亲和力预测、预测结果可解释性方法。本发明专利技术构建了一套通用的蛋白语义信息融合框架并设计了两种层次融合策略包括自上而下、自下而上策略,来丰富蛋白质表征,用于亲和力预测任务;本发明专利技术提出了一种梯度加权可解释方法,其可以以可视化的方式反映出模型所捕获的蛋白质结合口袋信息,为亲和力预测任务提供一了种可解释途径。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及蛋白质功能预测,特别涉及一种用于药物-靶点亲和力预测的蛋白多层次语义聚合表征方法


技术介绍

1、药物筛选可以帮助科研人员从大量的化合物中快速筛选出可能具有药理活性或潜在治疗作用的化合物,从而减少试错过程和资源的浪费,提高药物研发的效率。而预测药物-靶点结合亲和力(dta)又是药物筛选过程中的关键一环,准确高效的预测出药物-靶点之间的结合亲和力将能大大缩短药物筛选过程。然而,基于传统生物实验的方法来确定药物-靶点亲和力需要昂贵的实验成本。近年来,为了打破这种成本上的限制,越来越多的研究将侧重点放在了基于计算机的结合亲和力预测方法上,主要分为:基于分子动力学的分子对接方法和基于数据驱动的深度学习方法。

2、基于分子动力学的分子对接方法主要是通过在计算机中模拟药物小分子与目标蛋白结构的相互作用,包括刚性对接和柔性对接两种方式。通过对接评分函数来预测药物-靶点对之间的相互作用,从而筛选出具有良好亲和力的药物候选化合物。尽管这种基于分子动力学的分子对接方式对于药物靶点亲和力预测具有良好的预测表现,但是分子对接需要进行大量的计算和模拟,消耗本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于药物-靶点亲和力预测的蛋白多层次语义聚合表征方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,药物分子特征提取步骤如下:

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,自下而上融合策略为:

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于:自下而上融合策略具体过程如下:

5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,自上而下融合策略如下:

6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,自上而下融合策略具体如下:

【技术特征摘要】

1.一种用于药物-靶点亲和力预测的蛋白多层次语义聚合表征方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,药物分子特征提取步骤如下:

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,自下而上融合策略为:...

【专利技术属性】
技术研发人员:张树刚魏志强毕祥鹏
申请(专利权)人:中国海洋大学
类型:发明
国别省市:

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