基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法技术

技术编号:40081214 阅读:35 留言:0更新日期:2024-01-23 14:45
本申请针对现有公开生物数据平台中生物代谢数据涵盖面不全、代谢途径无法可视化呈现交互等问题,提出一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法。通过三层架构:数据层、业务层和表现层,实现对生物代谢网络的快速、高效构建与可视化交互。本申请借助数据挖掘技术,基于物种的基因组注释信息,结合酶反应数据库,挖掘包含在代谢网络中所有的代谢反应,获取有效的代谢途径。本申请通过优化Canvas绘图技术,实现复杂生物代谢网络的可视化,能直观的呈现出代谢物的代谢途径信息,并开发配套的交互功能,极大提高了用户使用的便捷性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及数据挖掘和数据可视化领域,具体涉及一种对生物代谢网络的构建与可视化交互方法。


技术介绍

1、代谢处于生命活动调控的末端,是驱动生命过程的化学引擎,产生能量来驱动各种细胞过程,降解和合成许多不同的分子。代谢网络把细胞内所有生化反应表示为一个网络,反映了所有参与代谢过程的化合物之间以及所有催化酶之间的相互作用,是对细胞代谢的抽象表达。

2、代谢网络可以分不同层次来讨论:基因组(dna层次)、代谢途径及生化反应网络(蛋白质层次)、代谢流(物流层次)、代谢生理(微生物细胞层次)等,本文探讨的为蛋白质层次的生物代谢网络的构建方法。对蛋白质层次的代谢网络来说,一个代谢物分子就是一个节点,而节点之间的连结则是生化反应。研究代谢网络能帮助我们更好地认识和利用细胞代谢过程,从而促进疾病基础研究,药物开发等方向的发展。另一方面,网络的拓扑结构是网络形成和进化的反映,研究代谢网络的结构特征,能帮助我们认识代谢网络的形成演化机理,从而更好地理解疾病发生发展过程以及生命进化过程。

3、现有的公开生物数据平台,生物代谢数据借助文献资料、实验结果等本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,整体分为数据层、业务层和表现层。

2.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,权利要求1所述的数据层,预处理大规模的化合物数据和反应数据,并持久化到本地数据库,提供数据的存取操作。

3.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,权利要求1所述的业务层,包含了代谢网络的数据计算过程,能够实现基本的业务逻辑,并与数据层和表现层交互。

4.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,权利要求1所述的表现层,基于Web技术实现,用于可视化生物代谢网络,...

【技术特征摘要】

1.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,整体分为数据层、业务层和表现层。

2.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,权利要求1所述的数据层,预处理大规模的化合物数据和反应数据,并持久化到本地数据库,提供数据的存取操作。

3.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,权利要求1所述的业务层,包含了代谢网络的数据计算过程,能够实现基本的业务逻辑,并与数据层和表现层交互。

4.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,权利要求1所述的表现层,基于web技术实现,用于可视化生物代谢网络,并为用户提供便捷高效的交互能力。

5.一种基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,包括以下步骤:

6.根据权利要求5所述的基于数据挖掘的生物代谢网络构建与交互方法,其特征在于,所述反应数据挖掘包括以下步骤:

7.根据权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员:张毅周龙飞吴振东
申请(专利权)人:中芯未来北京科技有限公司
类型:发明
国别省市:

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