【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及一种用于通过测定多个遗传基因座处的dna甲基化标记来检测患者样本中低浓度癌症衍生dna的有利方法。本专利技术要求于2021年5月21日提交的欧洲专利申请ep21175425的优先权，其通过引用整体并入本文。
技术介绍
1、目前的hcc诊断指南需要使用侵入性手术，诸如组织活检，然后进行组织学和/或对比增强成像。这些耗时的手术导致hcc往往在晚期才被发现，其中40％的病例是多结节的或转移性的，并且72％的病例没有任何治疗选择(略韦特(llovet)等人2021《自然综述：疾病导论(nat.rev.dis.primers)》7：6)。因此，筛查和监测方案对于早期检测和诊断hcc是至关重要的，并且为患者提供更大的治疗选择时间窗口，这可以延长预期寿命。
2、来自体液(例如血浆和尿液)的液体活检(lb)含有hcc的循环分子生物标志物，其具有作为用于早期诊断测定的非侵入性且廉价的替代物的潜力。在此类样本中高水平的甲胎蛋白(afp)可以以几乎完美的特异性鉴定hcc，但是灵敏度(召回率)通常较低，低于45％，而较低的afp阈值(20ng/ml)在特异性和灵敏度之间达到平衡，两者均在79％左右。值得注意的是，在患有慢性肝病，特别是hcv相关的肝硬化的患者体内，afp作为生物标志物的精确性显著降低，并且不足以进行可靠的诊断(比亚莱基(bialecki)等人2005《国际肝胰胆协会杂志(hpb)》7：26)。lb还含有来源于全身细胞的无细胞dna(cfdna)材料，包括循环肿瘤dna(ctdna )。 ctdna中遗传标志物(
3、几项研究已经鉴定了hcc的dna甲基化生物标志物(刘(liu)等人2020《肿瘤学年鉴(ann.oncol.)》31，745；邦德(bonder)等人2014《bmc基因组学(bmc genomics)》15，860；王(wang)等人2019《肝脏病学(hepatology)》70，51；张(chang)等人2018《基因组医学(genomemed.)》10，42；水(shui)等人2020《基因学前沿(front.genet.)》11，906)，但仅限于组织样本，集中于鉴定单cpg位点的小集合，和/或与健康肝组织样本进行比较，因此无法区分hcc与慢性肝病(例如肝硬化)，以及易受探针故障或患者样本中突变存在的影响，从而无法得出诊断结果。
4、基于上述现有技术，本专利技术的目的是提供准确检测患者样本中低浓度肿瘤衍生dna的手段和方法，特别是检测诸如血浆等无细胞样本中hcc衍生dna的存在。
5、该目的通过本说明书的独立权利要求的主题来实现，在本说明书的从属权利要求、实例、附图和一般描述中描述了进一步的有利实施例。
技术实现思路
1、本专利技术涉及一种检测患者样本中对癌细胞特异性的dna甲基化信号的方法，甚至当癌细胞dna以非常低的浓度存在时，例如，从疑似患有某一器官癌症的患者，特别是疑似患有肝细胞癌的患者获得的血浆样本中存在的无细胞肿瘤dna。
2、该方法包含测量基因组的多个差异甲基化区域(dmr)处的甲基化水平，以获得每个dmr的值，该值反映一个或多个共享不同癌症特异性甲基化标记的冗余cpg位点的甲基化状态。该方法进一步包含评估多个dmr甲基化值的统计学显著性，以分配患者患癌症的高概率或低概率。
3、根据本专利技术的方法有利地结合了来自多个冗余甲基化测量的预测信息，使得在该方法的一个或几个单独组分失效的情况下，例如，由于患者dna中单核苷酸多态性的存在而未能获得单个cpg测量，或者一个或多个测定探针出现技术故障，仍然可以基于成功确定的其他测量，准确地分配患者患癌症的概率。
4、以这样一种方式界定dmr，使得dmr内的单个cpg位点的dna甲基化提供与dmr内的平均2个或更多个或所有cpg位点等同的癌症预测值。通过将表1中指定的dmr的2至38，特别是8至38，更特别是10至20的预测值灵活组合到预测风险评分中，引入增强该诊断方法的灵敏度的第二层冗余，以创建一种基于离体样本的dna甲基化标记准确地分配患者患癌症的概率的方法。
5、本专利技术的具体实施例涉及将dmr甲基化水平输入到癌症预测分类算法中以获得风险评分，然后为患者分配患者患癌症的概率，并任选地将风险评分与阈值进行比较。
6、本专利技术的具体实施例涉及使用上述根据本专利技术的方法来分析血浆样本或肝活检样本，以确定患者是否患有肝细胞癌。
7、术语和定义
8、出于解释本说明书的目的，将应用以下定义，并且在适当情况下，以单数使用的术语也将包括复数，反之亦然。在以下阐述的任何定义与通过引用并入本文的任何文献冲突的情况下，应以阐述的定义为准。
9、如本文所用，术语″包含(comprising)″、″具有(having)″、″含有(containing)″和″包括(including)″及其其他类似形式和语法等效形式旨在具有等同的含义并且是开放式的，因为在这些词语中的任一个之后的一个或多个项不旨在是此类一个或多个项的详尽列举，也不旨在仅限于所列举的一个或多个项。例如，″包含″组分a、b和c的制品可以由组分a、b和c组成(即，仅含有组分a、b和c)，或者可以不仅含有组分a、b和c，而且还含有一种或多种其他组分。因此，意图和理解的是，″包含″及其类似形式及其语法等效形式包括″基本上由......组成″或″由......组成″的实施例的公开内容。
10、在提供数值范围的情况下，应当理解，除非上下文另有明确规定，否则在该范围的上限与下限之间的每个中间值至下限单位的十分之一以及在该所述范围内的任何其他所述值或中间值都涵盖在本公开内，但受所述范围内任何明确排除的限值的限制。在所述范围包括一个或两个限值的情况下，排除那些包括的限值中的任一个或两个的范围也包括在本公开中。
11、本文中提到″约″值或参数包括(并描述)针对该值或参数本身的变化。例如，提及″约x″的描述包括″x″的描述。
12、如本文所用，包括在所附权利要求书中，单数形式″一个″、″或″和″该″包括复数指示物，除非上下文另有明确说明。
13、除非另有定义，本文使用的所有技术和科学术语具有与本领域(例如，在细胞培养、分子遗传学、核酸化学、杂交技术和生物化学中)普通技术人员通常理解的相同含义。标准技术用于分子、遗传和生物化学方法(通常参见萨姆布鲁克(sambrook)等人，《分子克隆：实验指南(molecular cloning：a laboratory manual)》，第4版(2012)纽约冷泉港的冷泉港实验室出版社(cold spring harbor laboratory press，cold spring harbor，n.y.)和奥苏贝尔(ausubel)等人，《分子生物学的简短方案(short protocols in molecularbiology)》(2002)第5版，约翰威立出版本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种确定患者是否患有癌症，特别是肺癌、结肠癌、乳腺癌或肝癌，更特别是肝细胞癌的方法，所述方法包含：
2.根据权利要求1的方法，其中所述患者被分配患癌症的高概率，
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中在所述评估步骤中，将所述多个DNA甲基化水平进行预测算法，所述预测算法根据所述样本含有来源于癌细胞的DNA的概率对所述样本进行分类，以获得风险评分，特别地，其中所述算法是加性线性评分，
4.根据权利要求3所述的方法，其中在所述分配步骤中，将所述风险评分与阈值进行比较，
5.根据前述权利要求1至4中任一项所述的方法，其中在所述测量步骤中，对其测定DMR甲基化水平的所述多个DMR包含DMR1，
6.根据权利要求4或5所述的方法，其中所述预测算法通过训练分类模型，特别是逻辑分类模型或弹性网分类模型，更特别是岭回归分类模型来获得，并且其中使用从具有已知癌症状态的多个患者样本获得的多个甲基化值对所述分类模型进行训练，所述患者样本包含相等数量的
7.根据前述权利要求1至6中任一项所述的方法，其中在所述分配步骤中，
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种确定患者是否患有癌症，特别是肺癌、结肠癌、乳腺癌或肝癌，更特别是肝细胞癌的方法，所述方法包含：
2.根据权利要求1的方法，其中所述患者被分配患癌症的高概率，
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中在所述评估步骤中，将所述多个dna甲基化水平进行预测算法，所述预测算法根据所述样本含有来源于癌细胞的dna的概率对所述样本进行分类，以获得风险评分，特别地，其中所述算法是加性线性评分，
4.根据权利要求3所述的方法，其中在所述分配步骤中，将所述风险评分与阈值进行比较，
5.根据前述权利要求1至4中任一项所述的方法，其中在所述测量步骤中，对其测定dmr甲基化水平的所述多个dmr包含dmr1，
6.根据权利要求4或5所述的方法，其中所述预测算法通过训练分类模型，特别是逻辑分类模型或弹性网分类模型，更特别是岭回归分类模型来获得，并且其中使用从具有已知癌症状态的多个患者样本获得的多个甲基化值对所述分类模型进行训练，所述患者样本包含相等数量的
7.根据前述权...
【专利技术属性】
技术研发人员：荷西·佩雷拉·利尔，乔安娜·卡多索·瓦兹，伊曼纽尔·荷西·维埃拉·冈萨雷斯，玛丽亚·安娜·冈萨雷斯·里斯，
申请(专利权)人：奥弗奥密克斯生物技术研究与开发股份公司，
类型：发明
国别省市：
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