一种急性淋巴细胞白血病预后相关基因筛选方法、预后风险评估模型及系统技术方案

技术编号：40025584 阅读：6 留言：0更新日期：2024-01-16 17:26

本发明专利技术公开了一种急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法及应用，首先观察随访若干组不同系别的CC小鼠是否发生脾脏淋巴瘤和胸腺淋巴瘤事件，选择结局事件发生最为显著的CC小鼠系；并在与淋巴瘤性状显著相关的SNPS中确定出各SNP所处的基因，将SNP所处的基因与小鼠体内存在的基因相对应，确定出小鼠所具有的相关基因，并进一步确定出在人类体内相对应的所有相关基因；然后从TCGA数据库中获取患者信息，采用无监督聚类方法将患者分为不同的类别，最后根据获取的患者信息，通过COX比例风险模型对相关基因进行单变量生存分析，筛选出15个显著相关基因，然后进行多变量COX回归分析调整，确定出7个最佳预后相关基因，并在数据库和临床真实患者中进一步验证。

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【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物医药，尤其涉及一种急性淋巴细胞白血病预后相关基因筛选方法、预后风险评估模型及系统。

技术介绍

1、急性淋巴细胞白血病是一种因淋系造血干细胞恶性克隆导致的血液系统疾病，all的发病机制目前仍不明确，肿瘤细胞克隆的异质性很大，超过50％的患者会复发，因此，进一步评估患者预后和选择个体化治疗方案尤为重要。

2、目前，针对急性淋巴细胞白血病的预测模型仍基于患者的临床特点、骨髓细胞遗传学等，对预后的预测能力和辅助临床治疗的能力有限，特别是针对相关基因的表达水平在all中的预后和治疗重要价值目前无相应的权威研究报道。因此，建立基于基因表达水平的all预后评分系统为获取新的更精准的预后评价指标、个体化治疗、新药开发具有重要临床意义。

技术实现思路

1、本专利技术提出一种急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法及应用，用以解决或者至少部分解决现有技术中对急性淋巴细胞白血病预后能力有限的技术问题。

2、为了解决上述技术问题，本专利技术技术方案为：

3、第一方面提供了一种急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法，包括：

4、s1：观察随访若干组不同系别的cc小鼠是否发生脾脏淋巴瘤和胸腺淋巴瘤事件，选择结局事件发生最为显著的cc小鼠系；

5、s2：在与淋巴瘤性状显著相关的snps中确定出各snp所处的基因，将snp所处的基因与小鼠体内存在的基因相对应，确定出小鼠所具有的相关基因，并进一步确定出在人类体内相对应的所有相关基因；</p>

6、s3：从tcga数据库中获取患者信息，其中，获取的患者信息包括预后信息和相关基因表达信息，采用无监督聚类方法将患者分为不同的类别，明确不同基因特征的患者是否存在明显的预后差异；

7、s4：根据获取的患者信息，通过cox比例风险模型对相关基因进行单变量生存分析，筛选出15个显著相关基因，然后进行多变量cox回归分析调整，确定出7个最佳预后相关基因。

8、在一种实施方式中，在步骤s2之后，所述方法还包括：

9、对所述确定出的在人类体内相对应的所有相关基因进行cluego功能通路富集分析，以识别相关基因所富集的特征性功能通路。

10、在一种实施方式中，s4确定出的7个最佳预后相关基因包括oxr1、bcat1、tafa5、samd4a、pdlim5、nnt、elfn1。

11、基于同样的专利技术构思，本专利技术第二方面提供了一种急性淋巴细胞白血病患者预后风险评估模型，所述模型通过第一方面所述的急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法筛选出的预后相关基因的表达水平与各基因权重系数乘积之和计算预后风险评分，预后风险评分的计算方式为：

12、预后风险评分＝beta1*oxr1的表达水平+beta2*bcat1的表达水平+beta3*tafa5的表达水平+beta4*samd4a的表达水平+beta5*pdlim5的表达水平+beta6*nnt的表达水平+beta7*elfn1的表达水平；

13、其中，预后相关基因的表达水平急性淋巴细胞白血病预后相关基因的mrna表达水平，beta1、beta2、beta3、beta4、beta5、beta6和beta7分别为对应预后相关基因的表达水平的权重系数。

14、在一种实施方式中，预后相关基因的表达水平的权重系数由急性淋巴细胞白血病预后相关基因的mrna水平进行cox多因素回归分析后获得。

15、在一种实施方式中，各预后相关基因的表达水平的权重系数分别为-0.1716、0.0657、0.0506、-0.0472、-0.2943、-0.0400、0.0493。

16、基于同样的专利技术构思，本专利技术第三方面提供了一种急性淋巴细胞白血病患者预后风险评估系统，所述的系统包括计算单元，所述计算单元用于利用实施例二所述的预后风险评估模型计算预后风险评分。

17、基于同样的专利技术构思，本专利技术第四方面提供了一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，在所述计算机程序运行时控制计算机可读存储介质所在装置执行第二方面所述的风险评估模型。

18、相比于现有技术，本专利技术公开的技术方案至少具有以下优点或者技术效果：

19、本专利技术提供了急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法，确定出在人类体内相对应的所有相关基因后，从tcga数据库中获取患者信息，采用无监督聚类方法将患者分为不同的类别，明确不同基因特征的患者是否存在明显的预后差异，并进一步根据获取的患者信息，通过cox比例风险模型对相关基因进行单变量和多变量cox回归分析调整，最终确定出7个最佳预后相关基因，进一步地，本专利技术还提供了急性淋巴细胞白血病患者预后风险评估模型，使用该模型可以对急性淋巴细胞白血病患者的预后风险进行评估。本专利技术更清楚的区分了个体急性淋巴细胞白血病患者的预后差异，从而指导患者治疗方案的选择，早期预警不良预后，避免过度医疗，为患者的精准治疗提供个体化依据和理论基础。

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【技术保护点】

1.一种急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法，其特征在于，包括：

2.如权利要求1所述的急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法，其特征在于，在步骤S2之后，所述方法还包括：

3.如权利要求1或2所述的急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法，其特征在于，S4确定出的7个最佳预后相关基因包括OXR1、BCAT1、TAFA5、SAMD4A、PDLIM5、NNT、ELFN1。

4.一种急性淋巴细胞白血病患者预后风险评估模型，其特征在于，所述模型通过权利要求3所述的急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法筛选出的预后相关基因的表达水平与各基因权重系数乘积之和计算预后风险评分，预后风险评分的计算方式为：

5.如权利要求4所述的急性淋巴细胞白血病患者预后风险评估模型，其特征在于，预后相关基因的表达水平的权重系数由急性淋巴细胞白血病预后相关基因的mRNA水平进行COX多因素回归分析后获得。

6.如权利要求4或5所述的急性淋巴细胞白血病患者预后风险评估模型，其特征在于，各预后相关基因的表达水平的权重系数分别为-0.1716、0.0

7.一种急性淋巴细胞白血病患者预后风险评估系统，其特征在于，所述的系统包括计算单元，所述计算单元用于利用权利要求4至6任一项中所述的预后风险评估模型计算预后风险评分。

8.一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其特征在于，在所述计算机程序运行时控制计算机可读存储介质所在装置执行权利要求4至6任一项中所述的风险评估模型。

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【技术特征摘要】

1.一种急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法，其特征在于，包括：

2.如权利要求1所述的急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法，其特征在于，在步骤s2之后，所述方法还包括：

3.如权利要求1或2所述的急性淋巴细胞白血病预后相关基因的筛选方法，其特征在于，s4确定出的7个最佳预后相关基因包括oxr1、bcat1、tafa5、samd4a、pdlim5、nnt、elfn1。

5.如权利要求4所述的急性淋巴细胞白血病患者预后风险评估模型...

【专利技术属性】
技术研发人员：何莉，刘雯，吴三云，晋佩佩，詹卓，
申请(专利权)人：武汉大学中南医院，
类型：发明
国别省市：

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