【技术实现步骤摘要】
一种微生物alpha多样性分析绘图方法
[0001]本专利技术涉及高通量测序领域和分析
，具体涉及基于微生物宏基因组的
alpha
多样性分析绘图方法
技术介绍
[0002]alpha
多样性描述的是样本内的多样性，主要有两个维度，一是中午数量（丰度），二是种类的均匀度，该分析对了解生态系统内物种的多样性至关重要
。
[0003]基于高通量测序的宏基因组学（
Metagenomic Next
‑
Generation Sequencing
，
mNGS
）可以检测样本中所有物种的
DNA
或
RNA
，能够快速分析微生物样本中的各种数据，因此
mNGS
对于物种多样性分析有显著优势
。
[0004]基于宏组基因组数据的
alpha
多样性分析是微生物多样性分析中一个重要组成部分，主要关注局域均匀生境下的物种的多样性程度，对某个样品或多个样本进行物种丰度和群落中个体分配的均匀度两个方面的研究
。
技术实现思路
[0005]本专利技术包括聚类宏基因组病原微生物高通量测序数据，相似性高于预设阈值（
97%
）的微生物基因组序列聚类为一个
OUT
，每个
OUT
对应一个微生物品种，生成
OTUs
表数据，同时生成
OUT
丰度表，将
OUT<...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.
一种宏基因组病原微生物多样性物种组成绘图方法，其特征在于，它包括聚类宏基因组病原微生物高通量测序数据，相似性高于预设阈值（
97%
）的微生物基因组序列聚类为一个
OTU
，每个
OTU
对应一个微生物品种，生成
OTUs
表数据，同时生成
OTU
丰度表，将
OTU
丰度表数据导入
Excel
表中，通过
Excel
函数生成可被
Perl
语言所识别的表格，形成输入文件；通过
Perl
语言进行
alpha
分析绘图
。2.
一种宏基因组病原微生物
alpha
多样性分析绘图方法，其特征在于，具体包括以下步骤：
S1
：进行
alpha
多样性分析的文件，将
list
，
otu
聚类信息表
、group
，样本序列信息表
、otu
，
otu
丰度表作为输入文件；
S2
：输入文件在
Linux
系统下以
Perl
语言内置
R
函数可视化
α
多样性运行
。3.
根据权利要求2中所述的一种微生物
alpha
多样性分析绘图方法，其特征在于：所述
S2
中输入文件在
Linux
系统下以
Perl
语言内置
R
函数可视化
α
多样性运行，计算多样性指数，具体过程为：
S1
：切换到工作目录，创建输出文件夹；
S2
：
make.shared
命令读取列表和组文件
、
并为每个组创建一个
.shared
文件；
S3
：
summary.single
命令计算5种
α
多样性指数，分别为
ace、chao、shannon、coverage
；
S4
：
rarefacion.single
命令使用重新采样生成样品内稀疏曲线
。4.
根据权利要求2中所述的一种微生物
alpha
多样性分析绘图方法，其特征在于：所述
S2
中输入文件在
Linux
系统下以
Perl
语言内置
R
函数可视化
α
多样性，构建稀释性曲线，具体过程为：
S1
：从
otu
序列中随机抽取一定数量的样本个体，统计这些个体所代表的物种数目；
S2
：以抽到的序列数与它们所能代表的
otu
的数目构建
rarefaction curve
；
S3
：利用
plot
‑
rearafaction.pl
脚本画稀释性曲线图
。5.
根据权利要求2中所述的一种病原微生物
alpha
多样性分析绘图方法，其特征在于：所述
S2...
【专利技术属性】
技术研发人员：何灵江，茹炳华，王梦琪，
申请(专利权)人：嘉兴元圣生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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