DNA制造技术

技术编号:39721947 阅读:8 留言:0更新日期:2023-12-17 23:27
本发明专利技术涉及分子诊断学及基因体学的方法及套组的领域

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】DNA片段接合检测方法及套组


[0001]本申请案主张
2021
年2月
17
日提出的美国临时申请案第
63/150,095
号的优先权,其全部内容透过引用并入本文

[0002]本专利技术涉及分子诊断学及基因体学的方法及套组的领域

更具体而言,本专利技术是关于一种检测脱氧核糖核酸
(DNA)
片段接合事件或识别选择性剪接
(alternative splicing)
事件的方法及套组

本专利技术亦涉及一种透过测定患有一特定癌症类型或基因型的风险的步骤,施予一个体适当治疗的方法


技术介绍

[0003]在遗传学中,出现在
DNA
片段接合
(DNA fragment joining)
中的
DNA
重排
(rearrangement)、
易位
(translocation)、
纵排重复
(tandemrepeat)、
倒置
(inversion)、
插入
(insertion)、
缺失
(deletion)
或其他嵌合变异,通常是疾病的同义词

在我们的器官细胞中,这些类型的
DNA
损伤已被证实是遗传疾病或癌症的起点;因此,检测
DNA
片段接合可用于筛检潜在的健康异常或疾病<br/>。
然而,这对于精准医疗来说仍远不足够

[0004]组成性剪接
(constitutive splicing)
在核糖核酸
(RNA)
的剪接过程中将内含子
(intron)
去除及将外显子
(exon)
连接起来

选择性剪接
(alternative splicing)
则包含了偏离正常的剪接,其中外显子被跳过
(skipped)、
内含子被保留
(retained)、
外显子相互排斥
(exclusive)、
或者在成熟的讯息核糖核酸
(mRNA)
中保留了选择性
5'
端剪接位点
(alternative 5

splice sites)
或选择性
3'
端剪接位点
(alternative 5

splice sites)。
近来,选择性剪接因其在基因表现中的作用及其与疾病的关联而受到关注

例如,在原发癌细胞的细胞质中可以检测到许多内含子保留,并且可以关联至癌细胞转录组
(transcriptomes)
的多样性

[0005]DNA
片段接合及选择性剪接事件会影响生成的蛋白质,而且可能显著影响疾病风险

疾病进展

以及药物反应


DNA
片段接合进行检测或对选择性剪接的基因变异予以识别可作为诊断标记,且其对后续涉及基因相关疾病的标靶治疗可能很重要,毕竟选择性基因剪接与癌症耐药性之间的相关性已经被证实,如以下文献所述:
Wang,Bi

Dar and Norman H.Lee.“Aberrant RNA splicing in cancer and drug resistance.”Cancers 10.11(2018):458
,其内容透过引用并入本文

[0006]透过生物信息分析可以识别
DNA
片段接合事件或特定的选择性剪接事件,该分析包括次世代定序
(next

generation sequencing

NGS)、
免疫组织化学染色法
(immunohistochemistry

IHC)、
荧光原位杂交
(fluorescent in situ hybridization

FISH)
,以及实时定量聚合酶连锁反应
(qRT

PCR)、
微阵列
(microarrays)

RNAseq
资料分析

尽管次世代定序提供了包含细节的全面信息,但它不仅费用高

耗时长,而且需要较多的样本,因此限制了其临床应用

免疫组织化学染色法可以检测到蛋白质的生成,但要分辨基因型突变和表型变异之间的关联是有困难的

荧光原位杂交可以检测基因融合,但需要单独的反应来检测每一种融合类型,还需要训练有素的专家来分析结果

因此,新颖

更为
准确且全面的检测
DNA
片段接合类型及预测基因型的方法实有其需要,特别是检测已被发现与疾病特征相关的
mRNA
剪接缺陷


技术实现思路

[0007]本专利技术提供一种检测
DNA
片段接合事件的方法

该方法包含以下步骤:
[0008](a)
自一样本中获取一
DNA
或由提取的
RNA
获得一
DNA

[0009](b)
使用一寡核苷酸
(oligonucleotides)
组扩增该
DNA
,以获得一目标核酸;
[0010](c)
使用一分体探针
(splitprobe)
探测该目标核酸,包含:
[0011](i)
一第一分体探针是与一伙伴
DNA
片段
(partnerDNAfragment)

3'
端互补,一第二分体探针是与一目标
DNA
片段的
5'
端互补,及
/
或一第三分体探针是与一第三
DNA
片段互补,其中该目标核酸上该第一分体探针的靶点与该第二分体探针的靶点之间的一间隙在0‑
80bp
的范围内;或
[0012](ii)
一第一分体探针是与一伙伴
DNA
片段的
5'
端互补,一第二分体探针是与一目标
DNA
片段的
3'
端互补,及
/
或一第三分体探针是与一第三
DNA
片段互补,其中该目标核酸上该第一分体探针的靶点
[0013]与该第二分体探针的靶点之间的一间隙在0‑
80bp本文档来自技高网
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种检测
DNA
片段接合事件的方法,其特征在于,包含:
(a)
从一样本中获取一
DNA
或由提取的
RNA
获得一
DNA

(b)
使用一寡核苷酸组扩增所述
DNA
,以获得一目标核酸;
(c)
使用一分体探针探测所述目标核酸,包含:
(i)
一第一分体探针是与一伙伴
DNA
片段的
3'
端互补,一第二分体探针是与一目标
DNA
片段的
5'
端互补,及
/
或一第三分体探针是与一第三
DNA
片段互补,其中所述目标核酸上所述第一分体探针的靶点与所述第二分体探针的靶点之间的间隙在0‑
80bp
的范围内;或
(ii)
一第一分体探针是与一伙伴
DNA
片段的
5'
端互补,一第二分体探针是与一目标
DNA
片段的
3'
端互补,及
/
或一第三分体探针是与一第三
DNA
片段互补,其中所述目标核酸上所述第一分体探针的靶点与所述第二分体探针的靶点之间的间隙在0‑
80bp
的范围内;以及
(d)
侦测反映所述分体探针结合至所述目标核酸的一讯号
。2.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述寡核苷酸组为一基因特异性引物或一基因特异性探针
。3.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中在步骤
(b)
中使用至少两对的一基因特异性引物进行多重
PCR
以扩增所述
DNA。4.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于,进一步包含:
(e)
测定
(i)
所述伙伴
DNA
片段为一上游
DNA
片段及
/
或所述目标
DNA
片段为一下游
DNA
片段,其透过确认所述第一分体探针结合至所述伙伴
DNA
片段的
3'
端的讯号及
/
或所述第二分体探针结合至所述目标
DNA
片段的
5'
端的讯号;
(ii)
所述伙伴
DNA
片段为一下游
DNA
片段及
/
或所述目标
DNA
片段为一上游
DNA
片段,其透过确认所述第一分体探针结合至所述伙伴
DNA
片段的
5'
端的讯号及
/
或所述第二分体探针结合至所述目标
DNA
片段的
3'
端的讯号;或
(iii)
所述第三
DNA
片段是否与所述伙伴
DNA
片段及所述目标
DNA
片段接合,其透过确认所述第三分体探针结合至所述第三
DNA
片段的讯号及所述目标核酸的一独立
PCR
的结果
。5.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于:其中至少两对的所述基因特异性引物被设计从作为一上游
DNA
片段的所述伙伴
DNA
片段中获取所述目标核酸
。6.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于:其中至少两对的所述基因特异性引物被设计从作为一下游
DNA
片段的所述伙伴
DNA
片段中获取所述目标核酸
。7.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于:其中至少一所述基因特异性引物靶向一
DNA
片段接合边界
。8.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于:其中所述基因特异性引物靶向与一
DNA
片段接合边界相距0‑
80bp
的一距离范围
。9.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述第一分体探针或所述第二分体探针靶向与一
DNA
片段接合边界相距0‑
40bp
的一距离范围
。10.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述第一分体探针选自由
SEQ ID NO

32、35
及其任一互补序列所组成的群组
。11.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述第二分体探针选自由
SEQ ID NO

33、36
及其任一互补序列所组成的群组

12.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述第三分体探针选自由
SEQ ID NO

32、33、35、36
及其任一互补序列所组成的群组
。13.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述分体探针的长度为
10

60bp。14.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中在步骤
(c)
中使用一分体探针及靶向一
DNA
片段接合边界的一单一探针探测所述目标核酸
。15.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述伙伴
DNA
片段包含一伙伴基因的一序列,所述伙伴基因选自由
ACVR2A、AFAP1、AFF1、AGAP3、AGBL4、AGGF1、AKAP13、AKAP6、AKAP9、AMOTL2、ANKRD11、APIP、ARGLU1、ARHGEF11、ARHGEF2、ATG7、ATP1B、BAG4、BAIAP2L1、BCAN、BCL6、BCR、BICC1、BRD3、BRD4、BTBD1、CAPZA2、CBR4、CCDC170、CCDC6、CD74、CDK12、CDK5RAP2、CEL、CEP170、CFB、CHTOP、CLCN6、CLIP1、CLIP2、CLTC、CNIH4、CNTRL、COL25A1、COX5A、CPD、CREBBP、CTRC、CTTN、CUX1、CYSTM1、DAB2IP、DAZL、DCTN1、DLG1、DNAJC7、DNAJC8、EIF3E、ELL、EML1、EML4、ENO1、EPHB2、EPS15、ERC1、ESRP1、ETV6、EZR、FAM131B、FAT1、FCGRT、FGFR1、FGFR3、FIP1L1、FKBP10、FN1、FNDC3B、FRY、FUS、GKAP1、GOLGA4、GON4L、GOPC、GRB7、GRHL2、GRIPAP、GSE1、GTF2E2、GTF2IRD1、HACL1、HIP1、HNRNPA2B1、IKZF2、IKZF3、IQSEC1、IRF2BP2、JAK2、KANK1、KCTD16、KCTD8、KHDRBS1、KIAA1549、KIF5B、KRT20、KRT39、KRTAP1

4、KTN1、LIPI、LMNA、LMNTD1、LRRC71、LRRFIP1、LTBP4、LYN、MAD2L2、MAGI3、MBIP、MBNL1、MED1、MEF2D、MET、MIR548F1、MKRN1、MLLT1、MLLT10、MLLT11、MLLT3、MLLT4、MPRIP、MRPL24、MSN、MTSS1、MUC2、MYH9、MYO5A、NACC2、NAV1、NBPF20、NCOA4、NFASC、NOS1AP、NRG1、NRIP1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、P2RX5、P2RY8、PAIP1、PAN3、PAPD7、PARN、PDE4DIP、PDGFRA、PDGFRB、PEAR1、PGAP3、PHC3、PHF20、PICALM、PLEKHA6、PML、POLD4、PPFIBP1、PPL、PPP1R1B、PRDM16、PRDX1、PRDX4、PRKAR1A、PRKAR1B、PRKAR2A、PRPSAP1、PSMB3、PTPRR、PTPRZ1、QKI、RAC1、RALGPS2、RANBP2、RBPMS、RET、RFWD2、RNF213、ROS1、RRBP1、SATB1、SCAF11、SCP2、SCYL3、SDC4、SEC31A、SEP6、SEP9、SHC1、SHKBP1、SIL1、SLC34A2、SLC39A11、SLC45A3、SLC4A4、SLMAP、SMIM18、SND1、SPECC1L、SPTBN1、SPTBN2、SQSTM1、SRCIN1、SRGAP3、SSBP2、STK11IP、STRN、STRN3、TACC3、TADA2A、TATDN1、TBC1D2、TBL1XR1、TFG、TIMP3、TKT、TLE4、TMEM106B、TMEM40、TMPRSS2、TNS3、TP53、TPM3、TPM4、TPR、TRAF2、TRAK1、TRIM24、TRIM33、TRIM4、TRIM63、UBE2D2、UBE2R2、UFD1、USP13、VANGL2、VCAN、VCL、VIM、VPS18、WHSC1L1、WIPF2、WNK2、XBP1、ZAN、ZBTB7B、ZNF710、

ZPR1
所组成的群组
。16.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述目标
DNA
片段包含一目标基因的一序列,所述目标基因选自由
ABL、AKT3、ALK、AXL、BCR、BRAF、CD74、ERBB2、ERBB4、ERG、ESR1、ETV1、ETV4、ETV5、ETV6、EZR、FGFR1、FGFR2、FGFR3、KIT、KMT2A、MET、NRG1、NRG2、NTRK1、NTRK2、NTRK3、NUTM1、PDGFRA、PDGFRB、PIK3CA、RAF1、RARA、RET、ROS1、RSPO2、SDC4、SLC34A2、

TMPRSS2
所组成的群组
。17.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述伙伴
DNA
片段及所述目标
DNA
片段各自包含一同一基因的一不同序列,所述同一基因选自由
AR、BCL2L1、BCL2L11、BCOR、BIN1、BRAF、BRCA1、BRCA2、CASP2、CD19、CD44、CXCR3、CCND1、DMP1、CDH1、EGFR、ER、EZH2、FAS、FGFR2、HRAS、IKZF1、KLF6、KRAS、MAP3K7、MCL1、MDM4、MET、MNK2、PIK3CD、PKM、RASGRP2、RON、RPS6KB、STAT3、TP53、TSC2

VEGF
所组成的群组
。18.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述
DNA
片段接合事件选自由
ACVR2A

AKT3、AFAP1

NTRK1、AFAP1

NTRK2、AFAP1

RET、AGAP3

BRAF、AGBL4

NTRK2、AGGF1

RAF1、AKAP13

NTRK3、AKAP13

RET、AKAP9

BRAF、AKT3

P2RX5、AKT3

PTPRR、AMOTL2

NTRK1、APIP

FGFR2、ARGLU1

NTRK1、ARHGEF11

NTRK1、ARHGEF2

NTRK1、ATG7

RAF1、ATP1B

NTRK1、AXL

MBIP、BAG4

FGFR1、BAIAP2L1

BRAF、BAIAP2L1

MET、BCAN

NTRK1、BCL6

RAF1、BCR

ABL、BCR

FGFR1、BCR

JAK2、BCR

NTRK2、BCR

RET、BRD3

NUTM1、BRD4

NUTM1、BTBD1

NTRK3、CAPZA2

MET、CBR4

ERBB4、CCDC6

BRAF、CCDC6

RET、CCDC6

ROS1、CD74

NRG1、CD74

NRG2、CD74

NTRK1、CD74

ROS1、CDK12

ERBB2、CDK5RAP2

BRAF、CEL

NTRK1、CEP170

AKT3、CHTOP

NTRK1、CLCN6

RAF1、CLIP1

ALK、CLIP1

ROS1、CLIP2

BRAF、CLIP2

MET、CLTC

ALK、CLTC

ROS1、CNTRL

KIT、COL25A1

ALK、COL25A1

FGFR2、COX5A

NTRK3、CPD

ERBB2、CTRC

NTRK1、CUX1

BRAF、CUX1

FGFR1、CUX1

RET、DCTN1

ALK、DCTN1

MET、DLG1

NTRK3、DNAJC8

ERBB2、EIF3E

RSPO2、EML1

NTRK2、EML4

ALK、EML4

BRAF、EML4

NTRK3、EML4

RET、EPHB2

NTRK1、EPS15

BRAF、EPS15

MET、EPS15

NTRK1、ERBB2

CDK12、ERBB2

CFB、ERBB2

CNIH4、ERBB2

CTTN、ERBB2

DNAJC7、ERBB2

ENO1、ERBB2

FCGRT、ERBB2

FKBP10、ERBB2

GRB7、ERBB2

GSE1、ERBB2

GTF2E2/SMIM18、ERBB2

IKZF3、ERBB2

KRT20、ERBB2

KRT39、ERBB2

KRTAP1

4、ERBB2

LMNTD1、ERBB2

LTBP4、ERBB2

MAD2L2、ERBB2

MED1、ERBB2

PARN、ERBB2

PGAP3、ERBB2

POLD4、ERBB2

PPP1R1B、ERBB2

PRDX4、ERBB2

PSMB3、ERBB2

SHKBP1、ERBB2

SLC39A11、ERBB2

SPTBN2、ERBB2

SRCIN1、ERBB2

TADA2A、ERBB2

TATDN1、ERBB2

XBP1、ERBB2

ZAN、ERBB4

AKAP6、ERBB4

FUS、ERBB4

IKZF2、ERBB4

STK11IP、ERC1

BRAF、ERC1

RET、ERC1

ROS1、ESRP1

RAF1、ESR1

CCDC170、ETV6

FGFR3、ETV6

NTRK2、ETV6

NTRK3、ETV6

PDGFRB、ETV6

PRDM16、EZR

ERBB4、EZR

ROS1、FAM131B

BRAF、FAT1

NTRK3、FGFR2

BICC1、FGFR2

TACC3、FGFR3

TACC3、FIP1L1

PDGFRA、FN1

ALK、FN1

ERBB4、FN1

FGFR1、FNDC3B

PIK3CA、FRY

NTRK3、GKAP1

NTRK2、GOLGA4

RAF1、GON4L

NTRK1、GOPC

ROS1、GRHL2

RSPO2、GRIPAP

NTRK1、GTF2IRD1

ALK、HACL1

RAF1、HIP1

ALK、HNRNPA2B1

NTRK3、IKZF2

ERBB4、IQSEC1

RAF1、IRF2BP2

NTRK1、KANK1

NTRK2、KCTD16

NTRK2、KCTD8

NTRK2、KHDRBS1

NTRK3、KIAA1549

BRAF、KIF5B

ALK、KIF5B

RET、KIF5B

ERBB4、KIT

ANKRD11、KIT

PDGFRA、KIT

SLC4A4、KMT2A

AFF1、KMT2A

CREBBP、KMT2A

DAB2IP、KMT2A

ELL、KMT2A

EPS15、KMT2A

MLLT1、KMT2A

MLLT10、KMT2A

MLLT11、KMT2A

MLLT3、KMT2A

MLLT4、KMT2A

SEP6、KMT2A

SEP9、KTN1

ALK、KTN1

RET、LIPI

NTRK1、LMNA

ALK、LMNA

NTRK1、LMNA

RAF1、LRRC71

NTRK1、LRRFIP1

FGFR1、LRRFIP1

MET、LYN

NTRK3、MAGI3

AKT3、MBNL1

RAF1、MEF2D

NTRK1、MET

MET、MIR548F1

NTRK1、MKRN1

BRAF、MPRIP

ALK、MPRIP

NTRK1、MPRIP

RAF1、MPRIP

RET、MRPL24

NTRK1、MSN

ALK、MSN

ROS1、MTSS1

ERBB2、MUC2

NTRK2、MYH9

ALK、MYO5A

NTRK3、MYO5A

ROS1、NACC2

NTRK2、NAV1

NTRK2、NBPF20

NTRK2、NCOA4

RET、NFASC

NTRK1、NOS1AP

NTRK1、NOS1AP

NTRK2、NRG2

CYSTM1、NRG2

UBE2D2、NRIP1

RSPO2、P2RY8

NTRK1、PAIP1

NTRK2、PAN3

NTRK2、PAPD7

RAF1、PDE4DIP

NTRK1、PEAR1

NTRK1、PHF20

NTRK1、PICALM

BRAF、PICALM

RET、PLEKHA6

NTRK1、PML

RARA、PPFIBP1

ALK、PPFIBP1

MET、PPFIBP1

ROS1、PPL

NTRK1、PRDX1

NTRK1、PRKAR1A

ALK、PRKAR1A

RET、PRKAR1B

ALK、PRKAR1B

BRAF、PRKAR2A

NTRK2、PRPSAP1

NTRK3、PTPRZ1

MET、QKI

NTRK2、QKI

RAF1、RAC1

AKT3、RAF1

ACTR2、RAF1

AGGF1、RAF1

DAZL、RAF1

ESRP1、RAF1

PHC3、RAF1

TMEM40、RAF1

TRAK1、RAF1

ZPR1、RALGPS2

NTRK3、RANBP2

ALK、RANBP2

FGFR1、RBPMS

NTRK3、RFWD2

NTRK1、RNF213

ALK、RNF213

NTRK1、
RRBP1

ALK、RRBP1

RET、SATB1

ALK、SATB1

RET、SCAF11

PDGFRA、SCP2

NTRK1、SCYL3

NTRK1、SDC4

NRG1、SDC4

ROS1、SEC31A

ALK、SHC1

ERBB2、SIL1

NRG2、SLC34A2

MET、SLC34A2

ROS1、SLC45A3

BRAF、SLC45A3

ERG、SLC45A3

FGFR2、SLMAP

NTRK2、SND1

BRAF、SPECC1L

NTRK2、SPECC1L

NTRK3、SPTBN1

ALK、SQSTM1

ALK、SQSTM1

FGFR1、SQSTM1

NTRK1、SQSTM1

NTRK2、SQSTM1

NTRK3、SRGAP3

RAF1、SRGAP3

SRGAP3

RAF1、SSBP2

NTRK1、STRN

ALK、STRN

NTRK2、STRN

NTRK3、STRN3

BRAF、STRN3

NTRK1、STRN3

NTRK2、STRN3

NTRK3、TBC1D2

NTRK2、TBL1XR1

NRG1、TBL1XR1

PIK3CA、TBL1XR1

RET、TFG

ALK、TFG

MET、TFG

NTRK1、TFG

NTRK3、TFG

RET、TFG

ROS1、TIMP3

ALK、TIMP3

NTRK1、TKT

ERBB2、TLE4

NTRK2、TMEM106B

BRAF、TMEM106B

ROS1、TMPRSS2

ERG、TMPRSS2

ETV1、TMPRSS2

ETV4、TMPRSS2

ETV5、TNS3

NTRK2、TP53

NTRK1、TPM3

ALK、TPM3

NTRK1、TPM3

ROS1、TPM4

ALK、TPM4

NTRK3、TPR

ALK、TPR

BRAF、TPR

FGFR1、...

【专利技术属性】
技术研发人员:徐安林佩颐杨芝宜魏大程陈华键陈淑贞
申请(专利权)人:行动基因智财有限公司
类型:发明
国别省市:

网友询问留言 已有0条评论
  • 还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。

1