【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】DNA片段接合检测方法及套组
[0001]本申请案主张
2021
年2月
17
日提出的美国临时申请案第
63/150,095
号的优先权,其全部内容透过引用并入本文
。
[0002]本专利技术涉及分子诊断学及基因体学的方法及套组的领域
。
更具体而言,本专利技术是关于一种检测脱氧核糖核酸
(DNA)
片段接合事件或识别选择性剪接
(alternative splicing)
事件的方法及套组
。
本专利技术亦涉及一种透过测定患有一特定癌症类型或基因型的风险的步骤,施予一个体适当治疗的方法
。
技术介绍
[0003]在遗传学中,出现在
DNA
片段接合
(DNA fragment joining)
中的
DNA
重排
(rearrangement)、
易位
(translocation)、
纵排重复
(tandemrepeat)、
倒置
(inversion)、
插入
(insertion)、
缺失
(deletion)
或其他嵌合变异,通常是疾病的同义词
。
在我们的器官细胞中,这些类型的
DNA
损伤已被证实是遗传疾病或癌症的起点;因此,检测
DNA
片段接合可用于筛检潜在的健康异常或疾病< ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种检测
DNA
片段接合事件的方法,其特征在于,包含:
(a)
从一样本中获取一
DNA
或由提取的
RNA
获得一
DNA
;
(b)
使用一寡核苷酸组扩增所述
DNA
,以获得一目标核酸;
(c)
使用一分体探针探测所述目标核酸,包含:
(i)
一第一分体探针是与一伙伴
DNA
片段的
3'
端互补,一第二分体探针是与一目标
DNA
片段的
5'
端互补,及
/
或一第三分体探针是与一第三
DNA
片段互补,其中所述目标核酸上所述第一分体探针的靶点与所述第二分体探针的靶点之间的间隙在0‑
80bp
的范围内;或
(ii)
一第一分体探针是与一伙伴
DNA
片段的
5'
端互补,一第二分体探针是与一目标
DNA
片段的
3'
端互补,及
/
或一第三分体探针是与一第三
DNA
片段互补,其中所述目标核酸上所述第一分体探针的靶点与所述第二分体探针的靶点之间的间隙在0‑
80bp
的范围内;以及
(d)
侦测反映所述分体探针结合至所述目标核酸的一讯号
。2.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述寡核苷酸组为一基因特异性引物或一基因特异性探针
。3.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中在步骤
(b)
中使用至少两对的一基因特异性引物进行多重
PCR
以扩增所述
DNA。4.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于,进一步包含:
(e)
测定
(i)
所述伙伴
DNA
片段为一上游
DNA
片段及
/
或所述目标
DNA
片段为一下游
DNA
片段,其透过确认所述第一分体探针结合至所述伙伴
DNA
片段的
3'
端的讯号及
/
或所述第二分体探针结合至所述目标
DNA
片段的
5'
端的讯号;
(ii)
所述伙伴
DNA
片段为一下游
DNA
片段及
/
或所述目标
DNA
片段为一上游
DNA
片段,其透过确认所述第一分体探针结合至所述伙伴
DNA
片段的
5'
端的讯号及
/
或所述第二分体探针结合至所述目标
DNA
片段的
3'
端的讯号;或
(iii)
所述第三
DNA
片段是否与所述伙伴
DNA
片段及所述目标
DNA
片段接合,其透过确认所述第三分体探针结合至所述第三
DNA
片段的讯号及所述目标核酸的一独立
PCR
的结果
。5.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于:其中至少两对的所述基因特异性引物被设计从作为一上游
DNA
片段的所述伙伴
DNA
片段中获取所述目标核酸
。6.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于:其中至少两对的所述基因特异性引物被设计从作为一下游
DNA
片段的所述伙伴
DNA
片段中获取所述目标核酸
。7.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于:其中至少一所述基因特异性引物靶向一
DNA
片段接合边界
。8.
根据权利要求3所述的方法,其特征在于:其中所述基因特异性引物靶向与一
DNA
片段接合边界相距0‑
80bp
的一距离范围
。9.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述第一分体探针或所述第二分体探针靶向与一
DNA
片段接合边界相距0‑
40bp
的一距离范围
。10.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述第一分体探针选自由
SEQ ID NO
:
32、35
及其任一互补序列所组成的群组
。11.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述第二分体探针选自由
SEQ ID NO
:
33、36
及其任一互补序列所组成的群组
。
12.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述第三分体探针选自由
SEQ ID NO
:
32、33、35、36
及其任一互补序列所组成的群组
。13.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述分体探针的长度为
10
‑
60bp。14.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中在步骤
(c)
中使用一分体探针及靶向一
DNA
片段接合边界的一单一探针探测所述目标核酸
。15.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述伙伴
DNA
片段包含一伙伴基因的一序列,所述伙伴基因选自由
ACVR2A、AFAP1、AFF1、AGAP3、AGBL4、AGGF1、AKAP13、AKAP6、AKAP9、AMOTL2、ANKRD11、APIP、ARGLU1、ARHGEF11、ARHGEF2、ATG7、ATP1B、BAG4、BAIAP2L1、BCAN、BCL6、BCR、BICC1、BRD3、BRD4、BTBD1、CAPZA2、CBR4、CCDC170、CCDC6、CD74、CDK12、CDK5RAP2、CEL、CEP170、CFB、CHTOP、CLCN6、CLIP1、CLIP2、CLTC、CNIH4、CNTRL、COL25A1、COX5A、CPD、CREBBP、CTRC、CTTN、CUX1、CYSTM1、DAB2IP、DAZL、DCTN1、DLG1、DNAJC7、DNAJC8、EIF3E、ELL、EML1、EML4、ENO1、EPHB2、EPS15、ERC1、ESRP1、ETV6、EZR、FAM131B、FAT1、FCGRT、FGFR1、FGFR3、FIP1L1、FKBP10、FN1、FNDC3B、FRY、FUS、GKAP1、GOLGA4、GON4L、GOPC、GRB7、GRHL2、GRIPAP、GSE1、GTF2E2、GTF2IRD1、HACL1、HIP1、HNRNPA2B1、IKZF2、IKZF3、IQSEC1、IRF2BP2、JAK2、KANK1、KCTD16、KCTD8、KHDRBS1、KIAA1549、KIF5B、KRT20、KRT39、KRTAP1
‑
4、KTN1、LIPI、LMNA、LMNTD1、LRRC71、LRRFIP1、LTBP4、LYN、MAD2L2、MAGI3、MBIP、MBNL1、MED1、MEF2D、MET、MIR548F1、MKRN1、MLLT1、MLLT10、MLLT11、MLLT3、MLLT4、MPRIP、MRPL24、MSN、MTSS1、MUC2、MYH9、MYO5A、NACC2、NAV1、NBPF20、NCOA4、NFASC、NOS1AP、NRG1、NRIP1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、P2RX5、P2RY8、PAIP1、PAN3、PAPD7、PARN、PDE4DIP、PDGFRA、PDGFRB、PEAR1、PGAP3、PHC3、PHF20、PICALM、PLEKHA6、PML、POLD4、PPFIBP1、PPL、PPP1R1B、PRDM16、PRDX1、PRDX4、PRKAR1A、PRKAR1B、PRKAR2A、PRPSAP1、PSMB3、PTPRR、PTPRZ1、QKI、RAC1、RALGPS2、RANBP2、RBPMS、RET、RFWD2、RNF213、ROS1、RRBP1、SATB1、SCAF11、SCP2、SCYL3、SDC4、SEC31A、SEP6、SEP9、SHC1、SHKBP1、SIL1、SLC34A2、SLC39A11、SLC45A3、SLC4A4、SLMAP、SMIM18、SND1、SPECC1L、SPTBN1、SPTBN2、SQSTM1、SRCIN1、SRGAP3、SSBP2、STK11IP、STRN、STRN3、TACC3、TADA2A、TATDN1、TBC1D2、TBL1XR1、TFG、TIMP3、TKT、TLE4、TMEM106B、TMEM40、TMPRSS2、TNS3、TP53、TPM3、TPM4、TPR、TRAF2、TRAK1、TRIM24、TRIM33、TRIM4、TRIM63、UBE2D2、UBE2R2、UFD1、USP13、VANGL2、VCAN、VCL、VIM、VPS18、WHSC1L1、WIPF2、WNK2、XBP1、ZAN、ZBTB7B、ZNF710、
及
ZPR1
所组成的群组
。16.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述目标
DNA
片段包含一目标基因的一序列,所述目标基因选自由
ABL、AKT3、ALK、AXL、BCR、BRAF、CD74、ERBB2、ERBB4、ERG、ESR1、ETV1、ETV4、ETV5、ETV6、EZR、FGFR1、FGFR2、FGFR3、KIT、KMT2A、MET、NRG1、NRG2、NTRK1、NTRK2、NTRK3、NUTM1、PDGFRA、PDGFRB、PIK3CA、RAF1、RARA、RET、ROS1、RSPO2、SDC4、SLC34A2、
及
TMPRSS2
所组成的群组
。17.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述伙伴
DNA
片段及所述目标
DNA
片段各自包含一同一基因的一不同序列,所述同一基因选自由
AR、BCL2L1、BCL2L11、BCOR、BIN1、BRAF、BRCA1、BRCA2、CASP2、CD19、CD44、CXCR3、CCND1、DMP1、CDH1、EGFR、ER、EZH2、FAS、FGFR2、HRAS、IKZF1、KLF6、KRAS、MAP3K7、MCL1、MDM4、MET、MNK2、PIK3CD、PKM、RASGRP2、RON、RPS6KB、STAT3、TP53、TSC2
及
VEGF
所组成的群组
。18.
根据权利要求1所述的方法,其特征在于:其中所述
DNA
片段接合事件选自由
ACVR2A
‑
AKT3、AFAP1
‑
NTRK1、AFAP1
‑
NTRK2、AFAP1
‑
RET、AGAP3
‑
BRAF、AGBL4
‑
NTRK2、AGGF1
‑
RAF1、AKAP13
‑
NTRK3、AKAP13
‑
RET、AKAP9
‑
BRAF、AKT3
‑
P2RX5、AKT3
‑
PTPRR、AMOTL2
‑
NTRK1、APIP
‑
FGFR2、ARGLU1
‑
NTRK1、ARHGEF11
‑
NTRK1、ARHGEF2
‑
NTRK1、ATG7
‑
RAF1、ATP1B
‑
NTRK1、AXL
‑
MBIP、BAG4
‑
FGFR1、BAIAP2L1
‑
BRAF、BAIAP2L1
‑
MET、BCAN
‑
NTRK1、BCL6
‑
RAF1、BCR
‑
ABL、BCR
‑
FGFR1、BCR
‑
JAK2、BCR
‑
NTRK2、BCR
‑
RET、BRD3
‑
NUTM1、BRD4
‑
NUTM1、BTBD1
‑
NTRK3、CAPZA2
‑
MET、CBR4
‑
ERBB4、CCDC6
‑
BRAF、CCDC6
‑
RET、CCDC6
‑
ROS1、CD74
‑
NRG1、CD74
‑
NRG2、CD74
‑
NTRK1、CD74
‑
ROS1、CDK12
‑
ERBB2、CDK5RAP2
‑
BRAF、CEL
‑
NTRK1、CEP170
‑
AKT3、CHTOP
‑
NTRK1、CLCN6
‑
RAF1、CLIP1
‑
ALK、CLIP1
‑
ROS1、CLIP2
‑
BRAF、CLIP2
‑
MET、CLTC
‑
ALK、CLTC
‑
ROS1、CNTRL
‑
KIT、COL25A1
‑
ALK、COL25A1
‑
FGFR2、COX5A
‑
NTRK3、CPD
‑
ERBB2、CTRC
‑
NTRK1、CUX1
‑
BRAF、CUX1
‑
FGFR1、CUX1
‑
RET、DCTN1
‑
ALK、DCTN1
‑
MET、DLG1
‑
NTRK3、DNAJC8
‑
ERBB2、EIF3E
‑
RSPO2、EML1
‑
NTRK2、EML4
‑
ALK、EML4
‑
BRAF、EML4
‑
NTRK3、EML4
‑
RET、EPHB2
‑
NTRK1、EPS15
‑
BRAF、EPS15
‑
MET、EPS15
‑
NTRK1、ERBB2
‑
CDK12、ERBB2
‑
CFB、ERBB2
‑
CNIH4、ERBB2
‑
CTTN、ERBB2
‑
DNAJC7、ERBB2
‑
ENO1、ERBB2
‑
FCGRT、ERBB2
‑
FKBP10、ERBB2
‑
GRB7、ERBB2
‑
GSE1、ERBB2
‑
GTF2E2/SMIM18、ERBB2
‑
IKZF3、ERBB2
‑
KRT20、ERBB2
‑
KRT39、ERBB2
‑
KRTAP1
‑
4、ERBB2
‑
LMNTD1、ERBB2
‑
LTBP4、ERBB2
‑
MAD2L2、ERBB2
‑
MED1、ERBB2
‑
PARN、ERBB2
‑
PGAP3、ERBB2
‑
POLD4、ERBB2
‑
PPP1R1B、ERBB2
‑
PRDX4、ERBB2
‑
PSMB3、ERBB2
‑
SHKBP1、ERBB2
‑
SLC39A11、ERBB2
‑
SPTBN2、ERBB2
‑
SRCIN1、ERBB2
‑
TADA2A、ERBB2
‑
TATDN1、ERBB2
‑
XBP1、ERBB2
‑
ZAN、ERBB4
‑
AKAP6、ERBB4
‑
FUS、ERBB4
‑
IKZF2、ERBB4
‑
STK11IP、ERC1
‑
BRAF、ERC1
‑
RET、ERC1
‑
ROS1、ESRP1
‑
RAF1、ESR1
‑
CCDC170、ETV6
‑
FGFR3、ETV6
‑
NTRK2、ETV6
‑
NTRK3、ETV6
‑
PDGFRB、ETV6
‑
PRDM16、EZR
‑
ERBB4、EZR
‑
ROS1、FAM131B
‑
BRAF、FAT1
‑
NTRK3、FGFR2
‑
BICC1、FGFR2
‑
TACC3、FGFR3
‑
TACC3、FIP1L1
‑
PDGFRA、FN1
‑
ALK、FN1
‑
ERBB4、FN1
‑
FGFR1、FNDC3B
‑
PIK3CA、FRY
‑
NTRK3、GKAP1
‑
NTRK2、GOLGA4
‑
RAF1、GON4L
‑
NTRK1、GOPC
‑
ROS1、GRHL2
‑
RSPO2、GRIPAP
‑
NTRK1、GTF2IRD1
‑
ALK、HACL1
‑
RAF1、HIP1
‑
ALK、HNRNPA2B1
‑
NTRK3、IKZF2
‑
ERBB4、IQSEC1
‑
RAF1、IRF2BP2
‑
NTRK1、KANK1
‑
NTRK2、KCTD16
‑
NTRK2、KCTD8
‑
NTRK2、KHDRBS1
‑
NTRK3、KIAA1549
‑
BRAF、KIF5B
‑
ALK、KIF5B
‑
RET、KIF5B
‑
ERBB4、KIT
‑
ANKRD11、KIT
‑
PDGFRA、KIT
‑
SLC4A4、KMT2A
‑
AFF1、KMT2A
‑
CREBBP、KMT2A
‑
DAB2IP、KMT2A
‑
ELL、KMT2A
‑
EPS15、KMT2A
‑
MLLT1、KMT2A
‑
MLLT10、KMT2A
‑
MLLT11、KMT2A
‑
MLLT3、KMT2A
‑
MLLT4、KMT2A
‑
SEP6、KMT2A
‑
SEP9、KTN1
‑
ALK、KTN1
‑
RET、LIPI
‑
NTRK1、LMNA
‑
ALK、LMNA
‑
NTRK1、LMNA
‑
RAF1、LRRC71
‑
NTRK1、LRRFIP1
‑
FGFR1、LRRFIP1
‑
MET、LYN
‑
NTRK3、MAGI3
‑
AKT3、MBNL1
‑
RAF1、MEF2D
‑
NTRK1、MET
‑
MET、MIR548F1
‑
NTRK1、MKRN1
‑
BRAF、MPRIP
‑
ALK、MPRIP
‑
NTRK1、MPRIP
‑
RAF1、MPRIP
‑
RET、MRPL24
‑
NTRK1、MSN
‑
ALK、MSN
‑
ROS1、MTSS1
‑
ERBB2、MUC2
‑
NTRK2、MYH9
‑
ALK、MYO5A
‑
NTRK3、MYO5A
‑
ROS1、NACC2
‑
NTRK2、NAV1
‑
NTRK2、NBPF20
‑
NTRK2、NCOA4
‑
RET、NFASC
‑
NTRK1、NOS1AP
‑
NTRK1、NOS1AP
‑
NTRK2、NRG2
‑
CYSTM1、NRG2
‑
UBE2D2、NRIP1
‑
RSPO2、P2RY8
‑
NTRK1、PAIP1
‑
NTRK2、PAN3
‑
NTRK2、PAPD7
‑
RAF1、PDE4DIP
‑
NTRK1、PEAR1
‑
NTRK1、PHF20
‑
NTRK1、PICALM
‑
BRAF、PICALM
‑
RET、PLEKHA6
‑
NTRK1、PML
‑
RARA、PPFIBP1
‑
ALK、PPFIBP1
‑
MET、PPFIBP1
‑
ROS1、PPL
‑
NTRK1、PRDX1
‑
NTRK1、PRKAR1A
‑
ALK、PRKAR1A
‑
RET、PRKAR1B
‑
ALK、PRKAR1B
‑
BRAF、PRKAR2A
‑
NTRK2、PRPSAP1
‑
NTRK3、PTPRZ1
‑
MET、QKI
‑
NTRK2、QKI
‑
RAF1、RAC1
‑
AKT3、RAF1
‑
ACTR2、RAF1
‑
AGGF1、RAF1
‑
DAZL、RAF1
‑
ESRP1、RAF1
‑
PHC3、RAF1
‑
TMEM40、RAF1
‑
TRAK1、RAF1
‑
ZPR1、RALGPS2
‑
NTRK3、RANBP2
‑
ALK、RANBP2
‑
FGFR1、RBPMS
‑
NTRK3、RFWD2
‑
NTRK1、RNF213
‑
ALK、RNF213
‑
NTRK1、
RRBP1
‑
ALK、RRBP1
‑
RET、SATB1
‑
ALK、SATB1
‑
RET、SCAF11
‑
PDGFRA、SCP2
‑
NTRK1、SCYL3
‑
NTRK1、SDC4
‑
NRG1、SDC4
‑
ROS1、SEC31A
‑
ALK、SHC1
‑
ERBB2、SIL1
‑
NRG2、SLC34A2
‑
MET、SLC34A2
‑
ROS1、SLC45A3
‑
BRAF、SLC45A3
‑
ERG、SLC45A3
‑
FGFR2、SLMAP
‑
NTRK2、SND1
‑
BRAF、SPECC1L
‑
NTRK2、SPECC1L
‑
NTRK3、SPTBN1
‑
ALK、SQSTM1
‑
ALK、SQSTM1
‑
FGFR1、SQSTM1
‑
NTRK1、SQSTM1
‑
NTRK2、SQSTM1
‑
NTRK3、SRGAP3
‑
RAF1、SRGAP3
‑
SRGAP3
‑
RAF1、SSBP2
‑
NTRK1、STRN
‑
ALK、STRN
‑
NTRK2、STRN
‑
NTRK3、STRN3
‑
BRAF、STRN3
‑
NTRK1、STRN3
‑
NTRK2、STRN3
‑
NTRK3、TBC1D2
‑
NTRK2、TBL1XR1
‑
NRG1、TBL1XR1
‑
PIK3CA、TBL1XR1
‑
RET、TFG
‑
ALK、TFG
‑
MET、TFG
‑
NTRK1、TFG
‑
NTRK3、TFG
‑
RET、TFG
‑
ROS1、TIMP3
‑
ALK、TIMP3
‑
NTRK1、TKT
‑
ERBB2、TLE4
‑
NTRK2、TMEM106B
‑
BRAF、TMEM106B
‑
ROS1、TMPRSS2
‑
ERG、TMPRSS2
‑
ETV1、TMPRSS2
‑
ETV4、TMPRSS2
‑
ETV5、TNS3
‑
NTRK2、TP53
‑
NTRK1、TPM3
‑
ALK、TPM3
‑
NTRK1、TPM3
‑
ROS1、TPM4
‑
ALK、TPM4
‑
NTRK3、TPR
‑
ALK、TPR
‑
BRAF、TPR
‑
FGFR1、...
【专利技术属性】
技术研发人员:徐安,林佩颐,杨芝宜,魏大程,陈华键,陈淑贞,
申请(专利权)人:行动基因智财有限公司,
类型:发明
国别省市:
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