拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法技术

本发明专利技术属于生物信息技术领域，具体涉及拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法

【技术实现步骤摘要】
拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法


[0001]本专利技术属于生物信息
，具体涉及拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法
。

技术介绍

[0002]近年来关于拉梅尔芽孢杆菌
(Rummeliibacillus)
的应用报道逐渐增多
。
在
NCBI GenBank
已公布的拉梅尔芽孢杆菌基因组数据也在增多，而且分离来源呈现多样化
。
拉梅尔芽孢杆菌生活在不同的生态位中，因此面临不同的栖息地限制，它们已经进化出适应不同生态位的能力
。
然而，有利于拉梅尔芽孢杆菌适应不同生态位的遗传特性和基因组进化在很大程度上仍未确定
。
泛基因组
(Pan
‑
genome)
，指一个物种内所有基因组信息的总和，比单一参考基因组涵盖了更多的遗传多样性
。
[0003]因此，提供一种拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法，对于拉梅尔芽孢杆菌的研究应用具有重要意义
。

技术实现思路
<br/>[0004]本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
拉梅尔芽孢杆菌属泛基因组的分析方法，其特征在于：包括以下步骤：
(1)
数据获取：从公开基因组数据库中收集获取拉梅尔芽孢杆菌的蛋白质编码基因序列数据；
(2)
数据分析和计算：将步骤
(1)
中的数据进行泛基因组分析与计算，绘制拉梅尔芽孢杆菌属基因组的稀释曲线，分析开闭合趋势；
(3)
提取基因组共有保守蛋白的基因序列，分析菌株间的遗传进化关系：提取拉梅尔芽孢杆菌属基因组共有保守蛋白的基因序列，将基因序列用最大似然法构建系统发育树，分析不同菌株之间的遗传进化关系；
(4)
验证系统发育树可靠性：将拉梅尔芽孢杆菌属基因组序列两两组合选择，进行
ANI
值计算，根据
ANI
值衡量菌株之间相似度，验证系统发育树的可靠性
。2.
根据权利要求1所述的分析方法，其特征在于：步骤
(1)
中，所述公开基因组数据库包括
RefSeq
和
/
或
Genbank
库中分类为拉梅尔芽孢杆菌的基因组序列
。3.
根据权利要求1所述的分析方法，其特征在于：步骤
(2)
中，泛基因组分析与计算软件为
BPGA
软件；绘制工具为快速分析细菌泛基因组谱工具
PanGP
软件；步骤
(3)
中，进化树构建软件包括
MEGAX
；步骤
(4)
中，
ANI
分析工具包括
Jspecies
软件
。4.
根据权利要求1所述的分析方法，其特征在于：步骤
(3)
中，所述共有保守蛋白的基因序列是指相似度
≥50
％

【专利技术属性】
技术研发人员：邹伟，郑佳，刘超杰，赵东，雷学俊，
申请(专利权)人：宜宾五粮液股份有限公司，
类型：发明
国别省市：