一种基于网络药理学与分子对接分析黄岑汤治疗肝癌的靶点和分子机制的方法技术

本发明专利技术公开一种基于网络药理学与分子对接分析黄岑汤

【技术实现步骤摘要】
一种基于网络药理学与分子对接分析黄岑汤治疗肝癌的靶点和分子机制的方法


[0001]本专利技术属于药理学领域，具体地，涉及一种基于网络药理学与分子对接分析黄岑汤治疗肝癌的靶点和分子机制的方法
。

技术介绍

[0002]肝癌是一种常见于慢性肝脏疾病的侵袭性恶性肿瘤
。
按照组织病理学进一步细分，肝癌可以分为原发性肝癌
(PLC)
和继发性肝癌
(SLC)。
其中，
PLC
包括肝细胞癌
(HCC
，
75
‑
85
％
)、
肝内胆管癌
(iCCA
，
10
‑
15
％
)
和其他更罕见的分型
。
对于早期
PLC
患者，可以接受手术
、
局部破坏性治疗和肝移植等治疗手段，但复发仍然是一个主要问题，5年的发病率超过
72
％
。
因此，迫切需要为肝癌的诊断与治疗开发更好的治疗方法
。
[0003]最近分析方法的改进为中医治疗癌症的研究提供了很多重要的信息
。
中药被认为可以增强人体对癌症的天然防御能力，减轻常规治疗的不良影响，有助于改善预后和生存率
。
此外，中药可能调节代谢，从而降低癌细胞的化疗耐药
。
中药治疗肝癌的前景尤其乐观
。I/II
期临床试验表明，黄芩汤
(HD)
对晚期不可切除的
HCC
患者具有补充卡培他滨的辅助作用
。HD
是由四种中草药组成：黄芩
、
白芍
、
大枣和甘草，传统上用于治疗消化性疾病，包括腹泻
、
腹部痉挛
、
恶心和呕吐
。
最近的研究表明，
HD
对结肠癌
、
胃癌
、
肝癌等癌症有潜在的治疗作用
。HD
可减少结肠炎相关结直肠癌的炎症和不受控制的增殖，抑制急性
/
慢性结肠炎的炎症和氧化应激，对结直肠癌的发展具有预防作用
。
也有研究表明，在肝癌小鼠模型中，
HD
减少了腹部照射的毒性，增加了治疗效果
。HD
还通过调节胆酸代谢稳态来减弱伊立替康对肝癌患者的胃肠道毒性，并通过靶向肿瘤微环境的炎症状态来增强索拉非尼的作用
。
之前也有报道，
HD
的活性成分木犀草素在
HCC
细胞中抑制
Cyclin D1
表达并诱导细胞周期阻滞，从而在体外和体内抑制肝癌进展
。
研究还发现沃戈宁与基质金属蛋白酶
‑
9(Matrix MetalloProteinase
‑9，
MMP
‑
9)
结合，抑制
MMP
‑9，抑制肝癌转移
。
[0004]尽管
HD
治疗肝癌的结果令人鼓舞，但相关的分子机制仍有待阐明
。
[0005]网络药理学是基于系统生物学的理论，借助数据库在分子水平上阐述疾病的发生发展过程并预测药物作用机制的一种方法
。
网络药理学可实现进行网络分析，通过特定信号节点进行多靶点药物分子的设计以及对信号通路的多途径调节，揭示对生物系统与药物之间的复杂关系，为中药复方的多靶点研究
、
作用机制研究以及生物活性物质的发现提供了新的思路，并有望为临床应用黄岑汤治疗肝癌提供一定的科学依据
。

技术实现思路

[0006]本专利技术所要解决的技术问题是：提供一种分析黄岑汤
(HD)
治疗肝癌的靶点和作用机制的方法，通过网络药理学以及分子对接探索
HD
的主要生物活性成分，并预测其分子靶点和相关通路，推测其治疗肝癌的潜在机制，为未来中药分子机制的研究和新治疗靶点的开发提供支持
。
[0007]为了实现上述目的，本专利技术提供一种基于网络药理学和分子对接分析黄岑汤
(HD)
治疗肝癌的靶点和作用机制的方法，包括以下步骤，
[0008]1.1
筛选出
HD
的有效成分和靶点
[0009]利用中药系统药理学数据库与分析平台
(TCMSP)
对黄芩
、
白芍
、
大枣
、
甘草4种
HD
的组成成分进行筛选
、
合并去重后得到有效成分
。
从
TCMSP
数据库的“相关靶点”中识别相应的“靶点名称”，从
HD
的有效成分中进行筛选
、
移除重复项后得到相关靶点
。
在
UniProt
数据库中将靶点转换为标准基因名称和
UniProt IDs
，得到
HD
的有效靶点
。
[0010]1.2
肝癌相关靶基因的确定和药物
‑
疾病交集靶基因的获取
[0011]在
GeneCards
数据库中将相关评分
≧10
作为筛选条件获取肝癌相关靶基因，并使用
Venny 2.1.0
绘制常见
HD
有效靶点和肝癌相关靶基因的
Venn
图，
Venn
图所得的交集基因即为药物
‑
疾病交集靶基因
。
[0012]构建药物
‑
疾病交集靶基因的蛋白互作图
(PPI)
，获取核心靶蛋白
[0013]将上述
1.2
中获得的交集靶基因导入相互作用基因检索工具
(STRING)
构建
PPI
网络图，下载
TSV
格式文件
。
利用
Cytoscape
软件将
PPI
网络图进行可视化，并用
Cytoscape
工具
、Network Analyzer
和
CytoNCA
对其拓扑结构进行分析，获取
40
个核心靶蛋白
。
使用
Cystoscape
软件构建并拓扑分析
1.1
中“HD
有效成分
‑
有效靶点”网络图，并获取排名前8位的有效成分
。
[0014]对
PPI
网络的核心靶蛋白进行
GO
和
KEGG
富集分析
[0015]使用
Metsc本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种基于网络药理学与分子对接分析黄岑汤
(HD)
治疗肝癌的靶点及分子机制的方法，其特征在于，包括以下过程：
1.1
筛选出
HD
的有效成分和靶点利用中药系统药理学数据库与分析平台
(TCMSP)
对黄芩
、
白芍
、
大枣
、
甘草4种
HD
的组成成分进行筛选
、
合并去重后得到有效成分
。
从
TCMSP
数据库的“相关靶点”中识别相应的“靶点名称”，从
HD
的有效成分中进行筛选
、
移除重复项后得到相关靶点
。
在
UniProt
数据库中将靶点转换为标准基因名称和
UniProt IDs
，得到
HD
的有效靶点
。1.2
肝癌相关靶基因的确定和药物
‑
疾病交集靶基因的获取在
GeneCards
数据库中获取肝癌相关靶基因，并使用
Venny 2.1.0
绘制常见
HD
有效靶点和肝癌相关靶基因的
Venn
图，
Venn
图所得的交集基因即为药物
‑
疾病交集靶基因
。2.
构建药物
‑
疾病交集靶基因的蛋白互作图
(PPI)
，获取核心靶蛋白将上述
1.2
中获得的交集靶基因导入相互作用基因检索工具
(STRING)
构建
PPI
网络图，下载
TSV
格式文件
。
利用
Cytoscape
软件将
PPI
网络图进行可视化，并用
Cytoscape
工具
、Network Analyzer
和
CytoNCA
对其拓扑结构进行分析，获取
40
个核心靶蛋白
。
使用
Cystoscape
软件构建并拓扑分析
1.1
中“HD
有效成分
‑
有效靶点”网络图，并获取排名前8位的有效成分
。3.
对
PPI
网络的核心靶蛋白进行
GO
和
KEGG
富集分析使用
Metscape
对
PPI
网络的前
40
个核心靶蛋白进行
GO
和
KEGG
富集分析，将靶蛋白与生物过程
(BP)、
细胞...

【专利技术属性】
技术研发人员：洪明，蓝婷，李秋霞，王伟佳，罗丽香，梁颖文，郭镇聪，
申请(专利权)人：中山市人民医院，
类型：发明
国别省市：