【技术实现步骤摘要】
一种胃癌预后预测的标志物、评估模型及其构建方法
[0001]本专利技术属于生物信息与生物标志物
,特别是涉及一种胃癌预后预测的标志物
、
评估模型及其构建方法
。
技术介绍
[0002]五年生存率
(FYSR)
是评价癌症患者外科治疗有效性的重要临床指标
。
这也是医生在病人出院时制定预后治疗计划的重要参考,包括放疗或化疗的频率
、
药物类型和身体复查的周期等
。
根据美国癌症协会的数据,世界范围内死亡率最高的四种恶性肿瘤
(
包括肺癌
、
肝癌
、
胃癌和结直肠癌
)
的
FYSRs
分别为
17
%
、26
%
、32
%和
64
%
。
为了提高预后存活率,他们的标准化治疗方案通常比其他肿瘤更复杂
。
因此,对
FYSR
的准确和合理的预测可以明确地控制关于肿瘤预后生物学的预测信息,并从本质上提高癌症患者的存活率
。
不幸的是,现实依然严峻
。
当前的
FYSR
通常使用肿瘤分期作为临床邻近点
。
由于肿瘤分期是根据癌症患者五年生存期的临床统计数据确定的,这种以平均数据为标准的经典统计方法缺乏个性
(
例如肿瘤异质性的影响
)
,降低了 ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.
一种胃癌预后预测的标志物
、
评估模型及其构建方法,其特征在于,包括以下步骤:获取若干个胃癌数据集进行预处理;对预处理后的若干个胃癌数据集进行特征图谱提取
,
同时对各个数据集进行单独的特征图谱分解;通过
RNMF
方法包的相似性评估函数对分解的特征图谱与
COSMIC
数据库的特征图谱进行注释,标识出胃癌全部的分解的特征图谱;对胃癌全部的分解的特征图谱进行生存分析,提取与预后相关的
SBS18
与
SBS44
作为预后因子;通过
RNMF
方法包的特征关联基因寻找函数分析各个特征潜在的显著性关联基因,并且采用
DRP
算法判断关联基因之间是否存在互斥关系;基于显著性关联基因与互斥关系判断结果构建
CCA
算法模型;基于预后因子的特征图谱与关联基因,通过
CCA
算法模型获得
CCA
矩阵数据,基于
CCA
矩阵数据构建五年生存率模型,采用随机森林算法作为核心算法获得五年生存率的标志物
。2.
根据权利要求1所述的胃癌预后预测的标志物
、
评估模型及其构建方法,其特征在于,获取若干个胃癌数据集并进行预处理的过程包括:检索与胃癌相关的文献,根据所述文献获得全基因组测序的体细胞单碱基突变数据以及对应样本的临床表型信息,形成若干个胃癌数据集;并对若干个胃癌数据集中的体细胞单碱基突变数据进行注释
。3.
根据权利要求1所述的胃癌预后预测的标志物
、
评估模型及其构建方法,其特征在于,获取突变特征图谱的过程包括:采用
RNMF
方法包对处理后的若干个胃癌数据集进行非负定矩阵分解,提取对应的突变特征图谱
。4.
根据权利要求1所述的胃癌预后预测的标志物
、
评估模型及其构建方法,其特征在于,所述
CCA
算法模型如下:式中,
C(s,g)
表示肿瘤样本
n
中基因
g
在突变特征图谱
s
上的累计...
【专利技术属性】
技术研发人员:李振彰,罗通,柯万江,李国,
申请(专利权)人:云基智能生物科技广州有限公司,
类型:发明
国别省市:
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