用于选择性分析细胞或细胞器的方法技术

本发明专利技术涉及用于选择性分析细胞或细胞器亚群的方法，该方法基于通过实施能够将细胞或细胞器标记物的存在转化为信号的适应性

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于选择性分析细胞或细胞器的方法


[0001]本专利技术涉及用于选择性分析细胞或细胞器的方法
。

技术介绍

[0002]单细胞多组学分析是一个不断增长的领域
。2018
年的市场规模为3亿美元，并且预计
2022
年将达到
16
亿美元
(BioInformatics,LLC)。
[0003]单细胞分析已经成为克服健康和恶性组织的细胞异质性的不可或缺的工具，因为分析细胞群体不能揭示其异质性
。
[0004]此外，非常需要更好地理解复杂和异质的生物系统，并且这需要由它们的表型
(
表达的配体
、
膜受体
、
表达的蛋白质
……
)
限定的感兴趣的亚群的组学信息，并且这些亚群表现非常少
(
例如小于起始样品的1％
)。
[0005]组学或表型的分析现在可以在单细胞规模的高流速下进行，但需要对样品的所有细胞进行测序
。
[0006]减少待测序的细本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种基于测定至少一种细胞或细胞器标记物的水平来选择性分析细胞或细胞器亚群的方法，所述方法包括：
a)
将所述细胞或细胞器分成多个隔室，使得大多数所述隔室不包含多于一种细胞类型的单细胞或一种细胞类型的单细胞器，连同与至少一种激活子寡核苷酸或阻遏子寡核苷酸偶联的至少一种细胞或细胞器标记物特异性配体，以及
DNA
工具箱混合物，所述
DNA
工具箱混合物包含至少一种聚合酶
、
至少一种限制性酶或切口酶和至少一种能够结合并扩增信号寡核苷酸的扩增寡核苷酸，
b)
在每个隔室中，使与所述细胞或细胞器标记物结合的所述激活子寡核苷酸和
/
或所述阻遏子寡核苷酸一起相互作用并与所述
DNA
工具箱混合物的组分相互作用，以产生一种或多种信号寡核苷酸和
/
或一种或多种抗信号寡核苷酸并扩增所述信号寡核苷酸，
c)
分析所述隔室的所述细胞或细胞器，其中至少一种信号寡核苷酸以高于或低于阈值的浓度存在
。2.
根据权利要求1所述的方法，其中所述
DNA
工具箱混合物包含一种或多种能够结合所述信号寡核苷酸的泄漏吸收寡核苷酸
。3.
根据权利要求1或2所述的方法，其中所述细胞或细胞器标记物选自表面标记物
、
内部标记物
、
分泌或释放的标记物和膜标记物
。4.
根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中至少一种细胞或细胞器标记物的水平通过至少两种共区室化的细胞或细胞器之间的相互作用来改变，并且其中步骤
c)
允许分析细胞或细胞器之间的相互作用
。5.
根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述标记物不是分泌的或释放的标记物，并且其中所述方法在步骤
a)
之前包括：
‑
将所述细胞或细胞器与至少一种细胞或细胞器标记物特异性配体混合，所述至少一种细胞或细胞器标记物特异性配体与激活子或阻遏子寡核苷酸偶联，以及
‑
任选地，洗涤所述细胞或细胞器以除去与激活子或阻遏子寡核苷酸偶联的未结合的细胞或细胞器标记物特异性配体
。6.
根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中
‑
与所述细胞或细胞器标记物特异性配体偶联的所述激活子寡核苷酸通过充当模板和
/
或所述聚合酶的引物而产生一种或多种信号寡核苷酸，并且
/
或者
‑
与所述细胞或细胞器标记物特异性配体偶联的所述阻遏子寡核苷酸通过充当模板和
/
或所述聚合酶的引物而产生一种或多种抗信号寡核苷酸
。7.
根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中与至少一种激活子寡核苷酸或阻遏子寡核苷酸偶联的所述细胞或细胞器标记物特异性配体包含至少一对配体，所述对的配体包含第一细胞或细胞器标记物特异性配体和第二细胞或细胞器标记物特异性配体，并且其中所述第一和第二配体与其标记物的所述结合诱导与所述第一配体偶联的所述激活子或阻遏子寡核苷酸和与所述第二配体偶联的所述激活子或阻遏子寡核苷酸之间的邻近延伸或邻近连接，所述邻近延伸或邻近连接导致一种或多种信号寡核苷酸或一种或多种抗信号寡核苷酸的所述产生和所述信号寡核苷酸的扩增
。8.
根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述细胞或细胞器标记物特异性配体
是膜锚，并且在步骤
b)
中在所述隔室中存在的所述激活子或阻遏子寡核苷酸的量与所述封闭细胞的所述膜的所述表面成比例，使得步骤
c)
中所述信号寡核苷酸的所述浓度是所述区室化细胞的存在或不存在和
/
或所述区室化细胞数目和
/
或所述区室化细胞大小的函数
。9.
根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述信号寡核苷酸是从至少两种不同的信号寡核苷酸产生的主信号寡核苷酸
。10.
根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中在步骤
a)
中，所述
DNA
工具箱混合物还包含至少一种选自以下的酶：核酸外切酶
、
核酸内切酶
、
逆转录酶
、
连接酶
、
重组酶
、
糖基化酶和
DNA
加工酶
。11.
根据权利要求1至
10
中任一项所述的方法，其中所述隔室是微滴
、
微隔室或笼
。12.
根据权利要求1至
11
中任一项所述的方法，其中步骤
b)
在
20℃
至
45℃
的温度下进行
。13.
根据权利要求1至
12
中任一项所述的方法，其中步骤
c)
包括通过添加报告探针来确定信号寡核苷酸的浓度，其中所述报告探针被所述信号寡核苷酸特异性激活，并且检测由结合到所述信号寡核苷酸的所述报告探针发出的信号
。14.
根据权利要求1至
13
中任一项所述的方法，其中步骤
c)
包括回收所述隔室的内容物，其中至少一种信号寡核苷酸以高于或低于阈值的浓度存在
。15.
根据权利要求
14
所述的方法，其中通过对细胞或细胞器核酸和
/
或标记核酸序列进行测序来分析所述回收内容物的内容物
。16.
根据权利要求1至
13
中任一项所述的方法，其中步骤
c)
包括回收所述隔室的所述细胞，其中至少一种信号寡核苷酸以高于或低于阈值的浓度存在，并且在进一步分析之前培养所述细胞
。17.
根据权利要求
15
所述的方法，其中位于同一隔室中的所述细胞或细胞器核酸和
/
或标记核酸序列与隔室特异性条形码序列关联
。18.
根据权利要求
17
所述的方法，其中所述细胞或细胞器核酸和
/
或标记核酸包含隔室特异性条形码序列，进一步用于延伸条形码化引物上的
cDNA、
延伸条形码化模板转换寡核苷酸上的
cDNA、
连接条形码化衔接子或与条形码化重组位点重组...

【专利技术属性】
技术研发人员：Y，
申请(专利权)人：国家科学研究中心巴黎市工业物理化学学院，
类型：发明
国别省市：