化脓隐秘杆菌分子分型方法、装置及介质制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种化脓隐秘杆菌分子分型方法、装置及介质，该方法包括：获取化脓隐秘杆菌的包含plo全基因的PCR产物、plo全基因序列和/或PLO蛋白质全序列；对所述PCR产物进行序列测定；基于化脓隐秘杆菌plo全基因序列，将测定的序列进行拼接以获得plo全基因序列；或采用核苷酸序列翻译软件翻译所拼接的plo全基因以获得PLO蛋白质全序列。根据获取的plo全基因序列和/或PLO蛋白质全序列构建分子进化树。本发明专利技术采用构建分子进化树的方式对化脓隐秘杆菌进行分子分型，所展示的分型能反映菌株

【技术实现步骤摘要】
化脓隐秘杆菌分子分型方法、装置及介质


[0001]本专利技术涉及微生物分子分型
，特别是涉及一种化脓隐秘杆菌分子分型方法、装置及介质。

技术介绍

[0002]化脓隐秘杆菌(Trueperella pyogenes)是动物皮肤及上呼吸道、泌尿生殖道黏膜生物群的一部分，同时也是一种重要的机会性病原体。作为一种机会性病原体，化脓隐秘杆菌感染源通常来自动物自身携带的病原体。皮肤、黏膜受到物理或微生物创伤为感染创造了条件，使得自身携带的化脓隐秘杆菌得以经创伤侵染机体。从已有的研究报道可见，化脓隐秘杆菌感染发生在世界各地的家畜和野生动物中，大多数报道的感染发生在猪牛羊等经济动物上，主要来自欧洲、中国、日本、巴西、美国、印度、土耳其等地区和国家。化脓隐秘杆菌感染引起动物多种组织器官的化脓性或坏死性病变，如肺炎、肝脓肿、乳腺炎、心内膜炎、子宫内膜炎、流产、死胎、脑脓肿、关节脓肿、牙周炎、淋巴结炎等，给猪、牛、羊等养殖业带来较大经济损失，同时也增加了相关从业者感染化脓隐秘杆菌的风险。
[0003]迄今为止，化脓隐秘杆菌只有少数毒力因子被鉴定。已鉴定本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种化脓隐秘杆菌分子分型方法，其特征在于，所述方法包括：获取化脓隐秘杆菌包含plo全基因的PCR产物、plo全基因序列和/或PLO蛋白质全序列；对PCR产物进行序列测定；基于化脓隐秘杆菌plo全基因序列，将测定序列进行拼接；基于拼接的plo全基因翻译获得其所编码的PLO蛋白质序列；根据获得的plo全基因和/或PLO蛋白质全序列构建分子进化树。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在获取数据集后，所述包含plo全基因的PCR产物通过采用PCR方法从化脓隐秘杆菌分离株中扩增得到。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对所述PCR产物进行序列测定，具体包括：将所述PCR产物回收并进行序列测定，将序列在NCBI上进行BLST搜索以进行同源性比对。4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，采用核苷酸序列拼接软件将测定的序列进行拼接以获得plo全基因序列。5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，采用核苷酸序列翻译软件翻译所拼接的plo全基因以获得PLO蛋白质全序列。6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，采用MEGA软件中的邻接法根据plo全基因序列构建分子进化树，plo基因包括四群，分别为I群、II群、III群以及IV群；其中I群包括KJ150327Cattle、KJ150329Cattle、KJ150324Cattle、KJ150323Cattle、KJ150326Cattle、KJ150328Cattle、KJ150325Cattle、KJ150322Cattle、CP081508Cattle、CP096280Cattle、CP097247Cattle、CP033902Cattle、CP033903Cattle、CP028833Cattle、HQ637573Cattle、CP096279Cattle、CP007519Cattle；II群包括OP713613Swine、OP713614Swine、AB027461Swine、CP029004Swine、CP029001Swine、CP033904Swine、CP033905Swine、CP050810Swine；III群包括KX639506Goat、OP723282Goat、CP012649Goat、OP723286Goat、OP723280Goat、OP723284Goat、OP713617Goat、CP007003Musk deer、OP723289Goat、OP713611Sheep、OP713612Sheep；IV群包括OK513918Sika deer。7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，采用MEGA软件中的邻接法根据plo全基因编码的PLO蛋白质全序列构建分子进化树，蛋白质PLO包括三群，分别为I群、II群以及III群；其中I群包括KJ150327Cattle、KJ150329Cattle、CP033902Cattle、KJ150323Cattle、CP097248Cattle、CP096279Cattle、CP033903Cattle、KJ150326Cattle、KJ150328Cattle、HQ637573Cattle、CP028833Cattle、KJ150324Cattle、KJ150322Cattle、KJ160325Cattle、CP081508Cattle、CP096280Cattle、CP007519Cattle；II群包括OP713613Swine、AB027461Swine、OP713614Swine、CP029004Swine、CP050810Swine、CP033904Swine、CP033905Swine、CP029001Swine；III群包括KX639506Goat、OK513198Sika dee...

【专利技术属性】
技术研发人员：沈克飞，张素辉，徐登峰，王孝友，付利芝，陈春林，
申请(专利权)人：重庆市畜牧科学院，
类型：发明
国别省市：