一种基于靶向捕获测序的细毛羊50KSNP液相芯片及其应用制造技术

本发明专利技术属于生物技术领域，具体涉及一种基于靶向捕获测序的细毛羊50K SNP液相芯片及其应用，本发明专利技术首先提供了与细毛羊重要性状显著关联的45213个SNP位点组合，适合于中国细毛羊品种的资源评价、亲缘鉴定及基因组选择的应用；其次本发明专利技术提供了细毛羊50K SNP液相芯片，所述细毛羊50K SNP液相芯片可突破制约细毛羊基因组选择育种的关键技术瓶颈，推动细毛羊遗传改良进程，加速细毛羊种业和产业的高质量发展，为建立细毛羊基因组选择技术体系，搭建细毛羊基因组选择共享平台奠定基础，加快实现细毛羊育种从“表型选择”到“基因组选择”的跨越发展。发展。发展。

【技术实现步骤摘要】
一种基于靶向捕获测序的细毛羊50K SNP液相芯片及其应用


[0001]本技术属于基因芯片
，具体涉及一种基于靶向捕获测序的细毛羊50K SNP液相芯片及其应用。

技术介绍

[0002]随着测序技术的飞速发展和成本的下降，更多的畜禽样本被测序而产生海量的测序数据，为挖掘与重要性状相关的SNP位点提供了数据来源，为SNP芯片的研发带来了前所未有的便利。SNP芯片技术作为新一代分子遗传变异检测工具，已经在畜禽研究中被广泛应用并产生了大量畜禽遗传变异数据，其对于畜禽进化史的精确推断以及重要性状遗传评估和选种选配都具有十分重要的意义。该技术不仅可用于遗传关系相近的品种或分化的种群作为研究对象进行基因组全面研究，而且可以同时分析数万个遗传标记，精准确定不同物种、品种和种群的遗传变异。因此SNP芯片用于高通量SNP检测，与测序技术相比具有SNP位点分型高效且准确性高、冗余数据量少和后续分析便捷等优点。
[0003]SNP芯片按照SNP位点依赖载体的不同，可分为固相芯片和液相芯片。固相芯片基于探针与DNA序列的互补杂交，通过标记物的荧光信号进行分型，拥有分型准确度高、周期短等优势，但也存在单位点分型成本高、不易于定制等缺点。液相芯片是继凝胶电泳、荧光检测、固相芯片之后的新型分子检测技术，该技术基于靶向测序基因型检测(Genotyping By Target Sequencing，GBTS)，即从基因组上挑选特定的靶点后使目标探针与靶向序列互补结合从而进行定点捕获，从而获得物理位置相对固定的标记。因其能够在液相中同时快速完成成千上万个探针杂交反应的试剂盒，形象称之为“液相芯片”。与固相SNP芯片技术相比，液相SNP芯片技术具有平台广适性、标记灵活性、检测高效性、信息可加性、支撑便捷性和应用广谱性。同一款SNP芯片位点集，可以获得不同标记形式(mSNP、SNP和单倍型)并根据应用场景的需求，通过控制测序深度获得多种不同的标记密度。液相芯片技术可广泛应用于生物进化、遗传图谱构建、基因定位克隆、标记性状关联检测(全基因组关联分析
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GWAS和混合样本分析
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BSA)、后裔鉴定、基因渐渗、基因累加、品种权保护、品种质量监测、转基因成分/基因编辑/伴生生物检测等领域。已有商业化羊芯片设计数据来源于世界不同品种，每个品种涉及的数量较少，应用的方向和目的大不相同，且用于我国细毛羊群体基因分型存在利用率低、成本高等弊病。高密度芯片适用于科研且研究方向趋向于物种进化、全基因组关联分析等，应用于基因组选择时育种成本过高导致难以应用推广。中低密度芯片由于位点数量少，获得的有效基因分型的位点很大程度依赖于设计此芯片的品种来源覆盖度。
[0004]本专利技术为了克服上述技术问题，提供了一种基于靶向捕获测序的细毛羊50K SNP液相芯片，包括45213个SNP位点。本专利技术的细毛羊50K SNP液相芯片可用于我国细毛羊重要性状的基因组选择育种、遗传多样性分析、品种鉴定、亲缘关系鉴定以及全基因组关联分析。

技术实现思路

[0005]本专利技术为了克服上述技术问题，提供了一种基于靶向捕获测序的细毛羊50K SNP液相芯片及其在我国细毛羊重要性状基因组选择育种、遗传多样性分析、品种鉴定、亲缘关系鉴定以及全基因组关联分析中的应用，具体包括以下内容：
[0006]第一方面，本专利技术提供了一种与细毛羊经济性状相关的SNP位点组合，所述细毛羊经济性状相关的SNP位点组合由45213个SNP位点组成，所述45213个SNP位点组合在绵羊Oar_v4.0参考基因组上的位置如说明书表2中NO.1至NO.45213所示；所述经济性状包括初生重、断奶重、断奶毛长、周岁体重、周岁毛长、周岁毛纤维直径、周岁剪毛量、周岁净毛率、周岁净毛重、成年体重、成年毛长、成年剪毛量、成年净毛率、羊毛束纤维断裂强度、羊毛束纤维断裂伸长率、羊毛纤维直径、羊毛纤维直径变异系数。
[0007]第二方面，本专利技术提供了检测上述第一方面所述的细毛羊经济性状相关的SNP位点组合的试剂具有如下任一所述的用途：
[0008](1)在细毛羊经济性状分析中的应用；
[0009](2)在细毛羊品种鉴定中的应用；
[0010](3)在细毛羊亲缘鉴定中的应用；
[0011](4)在细毛羊基因组选择育种中的应用；
[0012](5)在细毛羊遗传多样性分析中的应用；
[0013](6)在细毛羊全基因组关联分析中的应用；
[0014]所述经济性状包括初生重、断奶重、断奶毛长、周岁体重、周岁毛长、周岁毛纤维直径、周岁剪毛量、周岁净毛率、周岁净毛重、成年体重、成年毛长、成年剪毛量、成年净毛率、羊毛束纤维断裂强度、羊毛束纤维断裂伸长率、羊毛纤维直径、羊毛纤维直径变异系数。
[0015]第三方面，本专利技术提供了一种检测如上述第一方面所述的细毛羊经济性状相关的SNP位点组合的分子探针在制备分析细毛羊基因组液相芯片/试剂/试剂盒中的应用。
[0016]第四方面，本专利技术提供了一种分析细毛羊基因组的分子探针组合，所述分子探针组合检测待测样品中如上述第一方面所述的SNP位点组合。
[0017]第五方面，本专利技术提供了一种分析细毛羊基因组的液相芯片，所述液相芯片负载有检测上述第一方面所述的SNP位点组合的分子探针。
[0018]第六方面，本专利技术提供了一种分析细毛羊基因组的试剂盒，所述试剂盒包含检测上述第一方面所述SNP位点组合的试剂，或上述第四方面所述的分子探针组合，或上述第五方面所述的液相芯片。
[0019]第七方面，本专利技术提供了上述第四方面所述的分子探针组合，或上述第五方面所述的液相芯片，或上述第六方面所述的试剂盒具有如下任一所述的用途：
[0020](1)在细毛羊经济性状分析中的应用；
[0021](2)在细毛羊品种鉴定中的应用；
[0022](3)在细毛羊亲缘鉴定中的应用；
[0023](4)在细毛羊基因组选择育种中的应用；
[0024](5)在细毛羊遗传多样性分析中的应用；
[0025](6)在细毛羊全基因组关联分析中的应用；
[0026]所述经济性状包括初生重、断奶重、断奶毛长、周岁体重、周岁毛长、周岁毛纤维直
径、周岁剪毛量、周岁净毛率、周岁净毛重、成年体重、成年毛长、成年剪毛量、成年净毛率、羊毛束纤维断裂强度、羊毛束纤维断裂伸长率、羊毛纤维直径、羊毛纤维直径变异系数。
[0027]本专利技术的有益效果是：相对于现有技术而言，本专利技术提供了一种基于靶向捕获测序的细毛羊50K SNP液相芯片，具有以下优势：一是液相芯片包含的SNP位点来源于4个中国代表性细毛羊品种全基因组重测序，因此在细毛羊群体中具有较丰富的多态性，因此更适合于细毛羊品种的遗传改良和资源评价；二是本芯片包含的SNP位点是针对细毛羊重要性状进行挖掘，因此适合于细毛羊重要性状的选育提高等工作；三是液相芯片基于靶向捕获测序技术，不仅能够对目标位点进行分型，同时还可以对目标位点临近一定本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与细毛羊经济性状相关的SNP位点组合，其特征在于，所述细毛羊经济性状相关的SNP位点组合由45213个SNP位点组成，所述45213个SNP位点组合在绵羊Oar_v4.0参考基因组上的位置如说明书表2中NO.1至NO.45213所示；所述经济性状包括初生重、断奶重、断奶毛长、周岁体重、周岁毛长、周岁毛纤维直径、周岁剪毛量、周岁净毛率、周岁净毛重、成年体重、成年毛长、成年剪毛量、成年净毛率、羊毛束纤维断裂强度、羊毛束纤维断裂伸长率、羊毛纤维直径、羊毛纤维直径变异系数。2.检测如权利要求1所述的细毛羊经济性状相关的SNP位点组合的试剂具有如下任一所述的用途：(1)在细毛羊经济性状分析中的应用；(2)在细毛羊品种鉴定中的应用；(3)在细毛羊亲缘鉴定中的应用；(4)在细毛羊基因组选择育种中的应用；(5)在细毛羊遗传多样性分析中的应用；(6)在细毛羊全基因组关联分析中的应用；所述经济性状包括初生重、断奶重、断奶毛长、周岁体重、周岁毛长、周岁毛纤维直径、周岁剪毛量、周岁净毛率、周岁净毛重、成年体重、成年毛长、成年剪毛量、成年净毛率、羊毛束纤维断裂强度、羊毛束纤维断裂伸长率、羊毛纤维直径、羊毛纤维直径变异系数。3.检测如权利要求1所述的细毛羊经济性状相关的SNP位点组合的分子探针在制备分析细毛羊基因组的液相芯片/试剂/试剂盒中的应用。4.一种分析细毛羊基因组的分子探针组合，其特征在于，所述分子探针组合检测待测样品中如权利要求1所述的SNP位点组合。5.如权利要求4所述的分子探针组合具有如下任一所述的用途：(1)在细毛羊经济性状分析中的应用；(2)在细毛羊品种鉴定中的应用；(3)在细毛羊亲缘鉴定中的应用；(4)在细毛羊基因组选择育种中的应用；(5)在细毛羊遗传多样性分析中的应用；(6)在细毛羊全基因组关联分析中的应用；所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭婷婷，杨博辉，袁超，岳耀敬，刘建斌，卢曾奎，牛春娥，刘继刚，王喜军，朱韶华，赵洪昌，乔国艳，
申请(专利权)人：中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所，
类型：发明
国别省市：