基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法、系统、设备及介质技术方案

本发明专利技术公开一种基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法、系统、设备及介质，涉及生物学领域，该方法包括：确定若干个用于品种鉴定的目标品种，并获取目标品种的样本鸡；对样本鸡进行基因提取和基因分型，得到基因组SNP；对基因组SNP进行群体遗传分析和特征SNP检测，得到品种特征性SNP位点集；采用机器学习算法，根据品种特征性SNP位点集确定鸡品种鉴定模型；机器学习算法包括：Xgboost算法和Randomforest算法；获取待测鸡的SNP数据，并根据鸡品种鉴定模型确定待测鸡的品种。本发明专利技术能够实现对待测鸡品种的高效、准确区分。准确区分。准确区分。

【技术实现步骤摘要】
基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法、系统、设备及介质


[0001]本专利技术涉及生物学领域，特别是涉及一种基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法、系统、设备及介质。

技术介绍

[0002]中国是世界上鸡遗传资源最丰富的国家之一。很多地方品种在数年的选择下积累了相当丰富的遗传变异和多态性，这些拥有丰富的遗传变异的地方种质资源无疑可以作为优秀的育种素材，促进中国种业快速发展。但由于国外商业品种的引进与地方品种杂交的不规范性，使得中国许多地方鸡受到了不同程度的基因渗入，这种“基因污染”可能会导致当地地方品种的遗传多样性和环境适应能力下降。因此，对地方种质资源的保护已经迫在眉睫。传统的品种鉴定多是利用形态学、细胞学和血液生化等表型来进行品种区分。但传统的品种鉴定方法存在着形态学标记数目少、多态性差等特征，对血缘接近、外型相似的品种不能准确区分。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的是提供一种基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法、系统、设备及介质，以实现对待测鸡品种的高效、准确区分。
[0004]为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法，其特征在于，包括：确定若干个用于品种鉴定的目标品种，并获取所述目标品种的样本鸡；对所述样本鸡进行基因提取和基因分型，得到基因组SNP；对所述基因组SNP进行群体遗传分析和特征SNP检测，得到品种特征性SNP位点集；采用机器学习算法，根据所述品种特征性SNP位点集确定鸡品种鉴定模型；所述机器学习算法包括：Xgboost算法和Randomforest算法；获取待测鸡的SNP数据，并根据所述鸡品种鉴定模型确定待测鸡的品种。2.根据权利要求1所述的基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法，其特征在于，对所述样本鸡进行基因提取和基因分型，得到基因组SNP，具体包括：对所述样本鸡进行基因提取，得到基因组DNA；对所述基因组DNA进行基因测序，得到测序结果；对所述测序结果进行变异检测和基因分型，得到基因组SNP。3.根据权利要求1所述的基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法，其特征在于，对所述基因组SNP进行群体遗传分析和特征SNP检测，得到品种特征性SNP位点集，具体包括：对所述基因组SNP进行群体遗传分析，得到群体遗传关系；根据所述群体遗传关系对所述目标品种进行分组，得到分组结果；根据所述分组结果对所述基因组SNP进行特征SNP检测，得到品种特征性SNP位点集。4.根据权利要求3所述的基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法，其特征在于，对所述基因组SNP进行群体遗传分析，得到群体遗传关系，具体包括：对所述基因组SNP进行主成分分析，得到主成分分析结果；对所述基因组SNP进行系统发育树分析，得到系统发育树分析结果；对所述基因组SNP进行STRUCTURE分析，得到STRUCTURE结果；根据所述主成分分析结果、所述系统发育树分析结果和所述STRUCTURE结果确定群体遗传关系。5.根据权利要求3所述的基于祖先信息标记的鸡品种鉴定方法，其特征在于，根据所述分组结果对所述基因组SNP进行特征SNP检测，得到品种特征性SNP位点集，具体包括：基于祖先信息标记，根据所述分组结果和所述基因组SNP计算I
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统计量；所述I
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统计量包括：各分组两两之间的全基因组SNP的infocalc值和各分组内两两品种之间的全基因组SNP的infocalc值；所述infocalc值表征SNP在两份组或两品种之间的差异性的大小；根据所述I
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统计...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨宁，孙从佼，张博轩，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：