用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的gRNA分型探针、标记引物、试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术涉及一种用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的gRNA分型探针、标记引物、试剂盒及检测方法。该SNP位点包括rs671、rs7412、rs429358以及rs7649121；每个位点对应的gRNA分型探针分型探针序列如SEQ ID NO：1

【技术实现步骤摘要】
用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的gRNA分型探针、标记引物、试剂盒及检测方法


[0001]本专利技术涉及生物医药的核酸检测和基因分型
，具体地说，涉及一种从唾液中快速检测阿尔兹海默症相关SNP位点的gRNA分型标记、标记引物、试剂盒及方法

技术介绍

[0002]阿尔兹海默症(Alzheimer Disease，AD)是一种神经退行性疾病，俗称老年痴呆，患者临床表现为记忆衰退、社交和认知功能障碍、行为异常等。65岁之后发病的AD被称为后发性AD，是最主要的AD类型，占所有AD病例的95％以上，因为其具有强烈的遗传性倾向，且目前尚未有治疗AD的有效手段，所以提前防控和相关基因检测具有重大意义。
[0003]单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNPs)是基因组水平上单个核苷酸变异，比如单碱基的转换、颠换、缺失或插入所造成的DNA多态性。人类基因组上约有3x106个SNPs，其中某些位于基因或调控区域关键位点的SNP对人体内代谢活动影响较大，进而引起疾病风险上升或下调。因此核酸检测和SNP分型技术一直是科学界研究的热点，在风险预测、临床诊断、法医鉴定等领域的重要性也越来越明显。目前SNP检测技术的发展主要呈现两个趋势：一种是操作复杂、低成本的实验室分子操作技术；另一种常用的高通量、自动化的SNP分型技术，但成本和仪器费用较高，常用于测序或者检测公司。
[0004]因此，为了克服现有技术的壁垒，亟需一种检测时间短、操作便捷、准确性高、环保性好的技术来实现阿尔兹海默症相关SNP的快速分型检测。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种用于检测分型阿尔兹海默症相关SNP位点的引物组、应用、产品及方法。本专利技术利用CRISPR/Cas13核酸检测技术对一系列与阿尔兹海默症疾病患病风险相关的重要单核苷酸多态性SNP：rs671、rs7412、rs429358、rs7649121进行准确的分型，通过引入额外突变碱基的方法提高了分型区分度，利用RPA核酸恒温扩增技术代替PCR，完成前期靶标分子扩增，简化了操作流程并提高了检测灵敏度。
[0006]本专利技术涉及了额外碱基突变引入的最适位置和类型，对收集的唾液进行简单的热处理后即可直接进行检测操作，唾液基因组可以在单管中同时完成扩增、转录和检测三个反应，减少了操作中污染。
[0007]本专利技术的第一方面，提供了一种用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的gRNA分型探针，所述SNP位点包括rs671、rs7412、rs429358以及rs7649121；
[0008]其中，所述rs671位点gRNA分型探针的序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示；
[0009]GgCTTCACTTTTGACACTCACACCCTGGAC(SEQ ID NO：1)
[0010]GgTTTCACTTTTGACACTCACACCCTGGAC(SEQ ID NO：2)
[0011]所述rs7412位点gRNA分型探针的序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
[0012]TaGCGGACCGTCACATGGTCCGGCCCCGGG(SEQ ID NO：3)
[0013]TaACGGACCGTCACATGGTCCGGCCCCGGG(SEQ ID NO：4)
[0014]所述rs429358位点gRNA分型探针的序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示；
[0015]AtACGCCGGCGGACCACGTCATGGCGCCGC(SEQ ID NO：5)
[0016]AtGCGCCGGCGGACCACGTCATGGCGCCGC(SEQ ID NO：6)
[0017]所述rs7649121位点gRNA分型探针的序列如SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8所示；
[0018]TCTCCCATCATATCTTGGGGTCCATTACCC(SEQ ID NO：7)
[0019]TCACCCATCATATCTTGGGGTCCATTACCC(SEQ ID NO：8)。
[0020]进一步的，所述rs671位点gRNA分型标记的区分度为6.25，rs7412位点gRNA分型标记的区分度为4.80，rs429358位点gRNA分型标记的区分度为3.17，rs7412位点gRNA分型标记的区分度为6.85。
[0021]本专利技术的第二方面，提供了上述用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的靶标扩增引物，所述SNP位点包括rs671、rs7412、rs429358以及rs7649121；
[0022]所述rs671位点gRNA的靶标扩增引物序列如SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10所示；
[0023]F：CTGCTATGATGTGTTTGGAGCCCAGTCACCC(SEQ ID NO：9)；
[0024]R：gaaattaatacgactcactataggg CCTGAGTCCCCGGCAGGTCCTGAACCTCTGG(SEQ ID NO：10)；
[0025]所述rs7412位点gRNA的靶标扩增引物序列如SEQ ID NO：11和SEQ ID NO：12所示；F：CGGAACTGGAGGAACAACTGACCCCGGTGGC(SEQ ID NO：11)；
[0026]R：gaaattaatacgactcactataggg AGGCGCTCGCGGATGGCGCTGAGGCCGCGC(SEQ ID NO：12)；
[0027]所述rs429358位点gRNA的靶标扩增引物的序列如SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14所示；
[0028]F：GCTGTCCAAGGAGCTGCAGGCGGCGCAGGC(SEQ ID NO：13)；
[0029]R：gaaattaatacgactcactataggg CGGTGCTCTGGCCGAGCATGGCCTGCACCT(SEQ ID NO：14)；
[0030]所述rs7649121位点gRNA的靶标扩增引物的序列如SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16所示；
[0031]F：GATAAAGATGAAAGATGAGTTGGATGTGCC(SEQ ID NO：15)；
[0032]R：gaaattaatacgactcactataggg TCTGGAATCCCACTCCTATGCCCCAATTACC(SEQ ID NO：16)。
[0033]本专利技术第三方面，提供了上述用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的试剂盒，包括：gRNA分型探针、靶标扩增引物、RNA报告分子，以及反应缓冲液。
[0034]本专利技术第四方面，提供了上述阿尔兹海默症相关SNP位点的分型检测方法，包括：
[0035]1)从唾液中热提人类基因组
[0036]利用本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的gRNA分型探针，所述SNP位点包括rs671、rs7412、rs429358以及rs7649121；其中，所述rs671位点gRNA分型探针的序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示；所述rs7412位点gRNA分型探针的序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；所述rs429358位点gRNA分型探针的序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示；所述rs7649121位点gRNA分型探针的序列如SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8所示。2.根据权利要求1所述的gRNA分型探针，其特征在于：所述rs671位点gRNA分型标记的区分度为6.25，rs7412位点gRNA分型标记的区分度为4.80，rs429358位点gRNA分型标记的区分度为3.17，rs7412位点gRNA分型标记的区分度为6.85。3.一种用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的靶标扩增引物，所述SNP位点包括rs671、rs7412、rs429358以及rs7649121；所述rs671位点gRNA的靶标扩增引物序列如SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10所示；所述rs7412位点gRNA的靶标扩增引物序列如SEQ ID NO：11和SEQ ID NO：12所示；所述rs429358位点gRNA的靶标扩增引物的序列如SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14所示；所述rs7649121位点gRNA的靶标扩增引物的序列如SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16所示。4.一种用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的试剂盒，包含如权利要求1所述的gRNA分型探针和权利要求3所述的靶标扩增引物。5.一种阿尔兹海默症相关SNP位点的分型检测方法，包括：1)从唾液中热提人类基因组利用热提法简易提取唾液细胞中的人类基因组DNA，提取过程不超过10min；2)扩增待检测靶标分子以步骤1)热提法的基因组为模板，利用PCR或者RAA恒温扩增含有目的SNP位点的靶标DNA分子，使用的反向扩增引物5
’
端带有T7转录序列；3)T7体外转录扩增后靶标分子将扩增后的靶标DNA分子直接加入到T7体外转录反应体系中，扩增产物和体外转录产物均直接进入下一步，无需进行纯化回收处理；4)Cas13检测SNP反应将转录后的靶标RN...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘喜朋，雷瑞，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：