用于检测肺癌的组合物及其用途制造技术

本申请提供了一种用于体外检测肺癌的组合物，其中，所述组合物包括：用于检测目标基因甲基化状态的核酸，其中，所述目标基因甲基化状态由所述目标基因的靶序列的甲基化来表征，其中，所述目标基因为IFFO1基因、PTPRU基因和CAPN2基因中的一种或两种或三种。本申请筛选出了3个能够灵敏和特异地检测肺癌相关标志物，并确定了相关标志物的甲基化区域。通过检测IFFO1基因、PTPRU基因和CAPN2基因的甲基化基因的靶序列，能够灵敏和特异地检测所述基因的甲基化状态，从而可以用于对外周血游离DNA的检测。的检测。

【技术实现步骤摘要】
用于检测肺癌的组合物及其用途


[0001]本申请属于分子生物学领域，涉及基因检测，具体的是涉及一种用于检测肺癌相关基因甲基化的核酸组合物及其相应的试剂盒和用途。

技术介绍

[0002]在临床实践中，早期肺癌可以实现治愈，但由于早期肺癌症状不明显，当患者因咳嗽、胸痛等临床症状到医院就诊时，多数肺部肿瘤已到中晚期，治疗效果不理想，术后5年生存率不到10％，因此，实现早诊早治是提高肺癌患者生存率的关键。
[0003]目前临床上应用于肺癌早期筛查和诊断的技术手段主要包括影像学检查、血液学检查和病理学检查等，但这些手段都存在一定的局限性：如通过手术或穿刺获取肺癌组织进行病理学检查是肺癌诊断的金标准，但存在操作难度大、对患者创伤性大以及组织检测异质性等问题；目前影像学检查主要是利用低剂量螺旋CT(LD
‑
CT)进行胸部扫描，该技术能够通过提高早期肺癌的检出率而降低总体肺癌死亡率，但同时其较高的假阳性率和可能造成的辐射伤害等都引人担忧；临床上常用血清学的肿瘤标志物，如肺癌五项(CEA、CYFRA21
‑
1、SCC、Pro
‑
GRP、NSE)等，作为肺癌的辅助诊断手段，但这些传统的血清学肿瘤标志物对早期肺癌的检测灵敏度较低，无法满足早期筛查的要求。
[0004]近年来，越来越多的研究表明DNA甲基化与肺癌等疾病的发生发展息息相关。作为表观遗传学领域的研究重点之一，DNA甲基化是指基因组DNA序列上的CpG二核苷酸中的5
’
端胞嘧啶在DNA甲基转移酶的催化下转变为5
’
端甲基胞嘧啶的过程。目前已经证实抑癌基因启动子区域的异常高甲基化会抑制相应抑癌基因的转录，使基因表达减少或沉默，导致基因的抑癌功能减弱或缺失，进而促进肺癌的发生和发展。DNA的异常甲基化通常发生在癌症的超早期，是肿瘤生长的“种子”因素，并且随着癌症病程的发展，DNA的甲基化状态也会发生动态变化，可以直接反映肿瘤病灶的生长情况，因此，利用DNA甲基化检测进行肺癌早期筛查和辅助诊断具有巨大的应用潜力。
[0005]实现肺癌早筛的一条重要途径是基于基因测序技术的液体活检，其中检测用到的样本多为外周血中的循环游离DNA(Cell
‑
free DNA，cfDNA)。cfDNA中一部分是由癌细胞凋亡或坏死过程中产生并释放的，称为循环肿瘤DNA(Circulating tumor DNA，ctDNA)，ctDNA上特定位点的甲基化异常即表征了癌症的发生和发展。因此，以血浆cfDNA为检测样本，配以对肺癌检测灵敏度高和特异性高的甲基化基因标志物，即可实现对肺癌的早期筛查和辅助诊断。

技术实现思路

[0006]本申请针对现有肺癌检测技术存在的问题，本申请提供了一种用于肺癌检测的核酸组合物，本申请提供的组合物能够灵敏和特异地检测肺癌，本申请还提供了包含所述组合物的试剂盒以及其在检测肺癌中的用途。本申请提供的试剂盒具有良好的肺癌检测灵敏度，能够方便、快捷、有效地检测肺癌。
[0007]本申请提供了一种用于体外检测肺癌的组合物、试剂盒及其用途，以及基于该试剂盒来执行检测的方法，并用于检测肺癌。
[0008]本申请技术方案如下：
[0009]1.一种用于体外检测肺癌的组合物，其中，所述组合物包括：
[0010]用于检测目标基因甲基化状态的核酸，
[0011]其中，所述目标基因甲基化状态由所述目标基因的靶序列的甲基化来表征，
[0012]其中，所述目标基因为IFFO1基因、PTPRU基因和CAPN2基因中的一种或两种或三种。
[0013]2.根据项1所述的组合物，其中，
[0014]所述IFFO1基因的靶序列如SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4所示或者所述IFFO1基因的靶序列包括SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4所示的序列。
[0015]3.根据项1所述的组合物，其中，
[0016]所述PTPRU基因的靶序列如SEQ ID NO：5或SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：8所示或者所述PTPRU基因的靶序列包括SEQ ID NO：5或SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：8所示的序列。
[0017]4.根据项1所述的组合物，其中，
[0018]所述CAPN2基因的靶序列如SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：10或SEQ ID NO：11或SEQ ID NO：12所示或者所述CAPN2基因的靶序列包括SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：10或SEQ ID NO：11或SEQ ID NO：12所示的序列。
[0019]5.根据项1～4中任一项所述的组合物，其中，所述用于检测目标基因甲基化状态的核酸包括：
[0020]引物，所述引物为所述目标基因的靶序列中的至少9个核苷酸的片段，所述片段包含至少一个CpG二核苷酸序列。
[0021]6.根据项1～5中任一项所述的组合物，其中，所述用于检测目标基因甲基化状态的核酸包括：
[0022]探针，所述探针为在中等严紧或严紧条件下杂交于所述目标基因的靶序列中的至少15个核苷酸的片段，
[0023]所述片段包含至少一个CpG二核苷酸序列。
[0024]7.根据项1～6中任一项所述的组合物，其还包括：
[0025]将目标基因的靶序列的5位未甲基化胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶的试剂。
[0026]8.根据项1～7中任一项所述的组合物，其中所述用于检测目标基因甲基化状态的核酸还包括：
[0027]优先与处于非甲基化状态的靶序列结合的阻断剂。
[0028]9.根据项8所述的组合物，其中，
[0029]所述至少9个核苷酸的片段，其为SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14的序列，或者其为SEQ ID NO：17和SEQ ID NO：18的序列，或者其为SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22的序列，
[0030]所述至少15个核苷酸的片段，其为SEQ ID NO：15的序列，或者其为SEQ ID NO：19的序列，或者其为SEQ ID NO：23的序列。
[0031]10.根据项8所述的组合物，其中，
[0032]所述阻断剂为SEQ ID NO：16的序列，或者其为SEQ ID NO：20的序列，或者其为SEQ ID NO：24的序列。
[0033]11.一种用于体外检测肺癌的寡核苷酸，其包括：
[0034]所述SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4或其互补序列中的至少9个核苷酸且包含至少一个CpG二核苷酸序列的片段；或者，包括SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2或SEQ本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于体外检测肺癌的组合物，其中，所述组合物包括：用于检测目标基因甲基化状态的核酸，其中，所述目标基因甲基化状态由所述目标基因的靶序列的甲基化来表征，其中，所述目标基因为IFFO1基因、PTPRU基因和CAPN2基因中的一种或两种或三种。2.根据权利要求1所述的组合物，其中，所述IFFO1基因的靶序列如SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4所示或者所述IFFO1基因的靶序列包括SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2或SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4所示的序列。3.根据权利要求1所述的组合物，其中，所述PTPRU基因的靶序列如SEQ ID NO：5或SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：8所示或者所述PTPRU基因的靶序列包括SEQ ID NO：5或SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：8所示的序列。4.根据权利要求1所述的组合物，其中，所述CAPN2基因的靶序列如SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：10或SEQ ID NO：11或SEQ ID NO：12所示或者所述CAPN2基因的靶序列包括SEQ ID NO：9或SEQ ID NO：10或SEQ ID NO：11或SEQ ID NO：12所示的序列。5.根据权利要求1～4中任一项所述的组合...

【专利技术属性】
技术研发人员：聂海珍，吴宁宁，王秀秀，杨亚东，汪亚林，古双臻，陈丽娟，魏闯，刘栓平，李永君，吴振，周光朋，
申请(专利权)人：博尔诚北京科技有限公司，
类型：发明
国别省市：