用于无偏蛋白质组研究的传感器、其制造和使用方法技术

本发明专利技术总体上涉及用于发现、筛选和/或定量对表型有贡献的一种或多种蛋白质的制品(例如传感器)和方法，所述制品和方法促进蛋白质组、外显子组或外显子组

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于无偏蛋白质组研究的传感器、其制造和使用方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2020年8月26日提交的美国专利申请第63/070,796号的权益和优先权，其全部公开内容通过引用以其整体并入本文。


[0003]本专利技术总体上涉及与用于发现、筛选和/或定量对表型有贡献的蛋白质的全蛋白质组、外显子组或外显子组
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密码子序列(CDS)区域广泛探询(exome
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codon sequence(CDS)region wide interrogation)相关的制品和方法。
技术背景
[0004]目前，几个主要挑战阻碍了医学诊断、生物标志物发现和药物发现的领域。挑战之一是缺乏可用于探询从低丰度的蛋白质(例如，存在于患者样品中的)到更丰富的蛋白质的宽动态范围的蛋白质的定量技术。
[0005]蛋白质组研究领域通常涉及基于分子的路径和生物相互作用的先验知识选择用于探询的蛋白质。所得的蛋白质小组通常受到可被探询的蛋白质数目以及蛋白质组中蛋白质的宽度限制。确定与表型相关的蛋白质的另本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种确定蛋白质小组的方法，所述蛋白质小组包括选自研究受试者所属或与之相关的物种的全蛋白质编码基因组的一组测试蛋白质，所述方法包括以下步骤：(a)拼接来自全基因组的蛋白质编码基因以构建蛋白质编码基因组；(b)确定所述蛋白质编码基因组中基本上均匀间隔的多个标记位置；以及(c)鉴定与蛋白质编码基因组中每个标记位置相关的蛋白质，以产生所述测试蛋白质的组，其中每种蛋白质由包含位于所述蛋白质编码基因组中每个标记位置附近的单核苷酸多态性(SNP)的基因编码。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述蛋白质编码基因是外显子，并且所述蛋白质编码基因组是外显子组。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述蛋白质编码基因是编码序列(CDS)区，并且所述蛋白质编码基因组是外显子组
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CDS。4.根据权利要求1
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3中任一项所述的方法，其中所述SNPS是同义SNPS、非同义SNPS或其组合。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述标记位置在所述蛋白质编码基因组、外显子组或外显子组
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CDS上彼此间隔约25kb、50kb、100kb、200kb、300kb、600kb、1,200kb、6,000kb或12,000kb。6.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中所述SNP是与编码蛋白质的基因组、外显子组或外显子组
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CDS中的标记位置最接近的SNP。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述SNP是与所述标记位置最接近的非同义SNP，其中结合部分能够特异性结合由包含所述非同义SNP的基因编码的蛋白质。8.根据权利要求6所述的方法，其中所述SNP是与所述标记位置最接近的同义SNP，其中结合部分能够特异性结合由含有所述同义SNP的基因编码的蛋白质。9.一种确定蛋白质小组的方法，所述蛋白质小组包括选自研究受试者所属或与之相关的物种的全蛋白质编码基因组的一组测试蛋白质，所述方法包括以下步骤：(a)拼接来自全基因组的蛋白质编码基因以构建蛋白质编码基因组；(b)确定所述蛋白质编码基因组中基本上均匀间隔的多个标记位置；以及(c)鉴定与所述蛋白质编码基因组中每个标记位置相关的蛋白质，以产生测试蛋白质的组，其中每种蛋白质是由所述相关标记所在的蛋白质编码基因组区域编码的蛋白质。10.根据权利要求9所述的方法，其中所述蛋白质编码基因是外显子，并且所述蛋白质编码基因组是外显子组。11.根据权利要求9或10所述的方法，其中所述蛋白质编码基因是编码序列(CDS)区，并且所述蛋白质编码基因组是外显子组
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CDS。12.根据权利要求9
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11中任一项所述的方法，其中所述标记位置在所述蛋白质编码基因组、外显子组或外显子组
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CDS中彼此间隔约例如25kb、50kb、100kb、200kb、300kb、600kb、1,200kb、6,000kb或12,000kb。13.一种传感器，其用于检测从研究受试者收获的样品中多种蛋白质的存在或定量其量，从而对所述样品进行无偏倚蛋白质组、外显子组或外显子组
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CDS关联研究，所述传感器包括：限定多个可寻址小孔的平板，每个小孔包含设置在其中的载网，其中(i)所述载网包含
多个纳米结构阵列，每个纳米结构阵列包含多个纳米结构，和(ii)每个纳米结构阵列用一种或多种结合部分功能化，用于结合一组测试蛋白质中的一种或多种蛋白质，以进行无偏倚蛋白质组、外显子组或外显子组
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CDS关联研究，任选地，其中所述测试蛋白质的组已经预先通过以下步骤确定：(a)确定在所述研究受试者所属或与之相关的物种的蛋白质编码基因组、外显子组或外显子组
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CDS中基本上均匀间隔的多个标记位置；以及(b)鉴定与所述蛋白质编码基因组、外显子组或外显子组
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CDS中每个标记位置相关的蛋白质，以产生测试蛋白质的组，其中每种蛋白质由包含位于所述外显子组中每个标记位置附近的单核苷酸多态性(SNP)的基因编码。14.根据权利要求13所述的传感器，其中所述SNPS是同义SNPS、非同义SNPS或其组合。15.根据权利要求13所述的传感器，其中所述标记位置在所述蛋白质编码基因组、外显子组或外显子组
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CDS中彼此间隔约25kb、50kb、100kb、200kb、300kb、600kb、1,200kb、6,000kb或12,000kb。16.根据权利要求13
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15中任一项所述的传感器，其中所述传感器包含至少20种不同的结合部分，用于结合所述测试蛋白质的组的每一个成员。17.根据权利要求13
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16中任一项所述的传感器，其中所述SNP是与蛋白质编码基因组、外显子组或外显子组
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CDS中的标记位置最接近的SNP。18.根据权利要求17所述的传感器，其中所述SNP是与所述标记位置最接近的非同义SNP，其中结合部分能够特异性结合由包含所述非同义SNP的基因编码的蛋白质。19.根据权利要求17所述的传感器，其中所述SNP是与所述标记位置最接近的同义SNP，其中结合部分可以特异性结合由包含所述同义SNP的基因编码的蛋白质。20.根据权利要求13
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19中任一项所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：J，
申请(专利权)人：纳米马赛克公司，
类型：发明
国别省市：