一种鉴定日本对虾耐低温性状的分子标记T3368及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种鉴定日本对虾耐低温性状的分子标记T3368及其应用。所述分子标记T3368核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，而用于检测该分子标记T3368的引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。所述的分子标记T3368为SNP标记，其低温耐受型基因型为TC基因型。本发明专利技术提供的分子标记T3368可以不受日本对虾生长阶段的限制，明显加快日本对虾的选育进程并快速选育出具备耐受低温优良性状的日本对虾新品种，并且使用该分子标记T3368检测日本对虾耐低温性状准确可靠且操作简单，有利于日本对虾的健康养殖与发展，具有广阔的应用前景。用前景。用前景。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定日本对虾耐低温性状的分子标记T3368及其应用


[0001]本专利技术属于水产动物分子标记辅助育种领域，具体涉及一种鉴定日本对虾耐低温性状的分子标记T3368及其应用。

技术介绍

[0002]日本对虾 (Marsupenaeus japonicus)隶属十足目、对虾科、囊对虾属，分布在印度
‑
西太平洋热带、非洲东海岸、马来西亚、日本、朝鲜、中国东南沿海等海域，是中国主要对虾养殖品种之一，日本对虾生长迅速、耐干露、色泽艳丽和经济价值高，深受水产品市场和养殖者欢迎，从我国南方到北方沿海各省市均有养殖，并形成一定的规模。2022年中国日本对虾养殖年产量超过4.62万吨，苗种年需求量超过200亿尾，良种繁育对日本对虾养殖业具有重要意义。耐低温是日本对虾的重要抗逆性状。一方面，由于日本对虾具有较高的市场需求，该种对虾主要在中国北方水域进行养殖，其中包括山东、河北、江苏等北方省份的海水水域，耐低温成为中国北方日本对虾养殖业追求的重要抗逆性状；另一方面，在中国的春节时期，鲜活日本对虾的市场价格是平常季节的3倍以上，北方等地的对虾养殖农户经常冒险的将上市时间拖到冬季，又往往因冬季寒潮造成水温骤降引起养殖对虾大规模死亡，耐低温品种的选育也是日本对虾养殖业的迫切需求。
[0003]传统的选育方法依赖于表型选择，具有周期长、不稳定等不利因素。分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择的技术，分子育种方法根据有效的分子标记进行后备亲本选择，能更快速地提升子代的经济性状。SNP (Single NucleotidePolymorphism)是指基因组上单核苷酸的多态性，是目前应用最广、最新的分子标记。目前，有关日本对虾耐低温的分子标记开发的研究较少，并且产业中缺乏可应用于分子标记辅助育种的标记。因此，开发耐低温性状相关分子标记对日本对虾的健康养殖及加速育种进程具有重要的意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术提供了一种鉴定日本对虾耐低温性状的分子标记T3368及其应用。本专利技术通过对低温耐受组和不耐低温组的基因组测序和生物信息学分析方法筛选到SNP突变位点，并通过进一步鉴定筛选，得到一个日本对虾分子标记T3368；该分子标记能够用于快速鉴定日本对虾耐低温性状，其鉴定效率及准确率高，可以用于日本对虾低温耐受个体的筛选，有助于日本对虾耐低温性状的培育及养殖业发展。
[0005]为实现上述专利技术目的，本专利技术采用以下技术方案予以实现：本专利技术提供了一种鉴定日本对虾耐低温性状的分子标记T3368，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。
[0006]进一步的，所述分子标记T3368中第501位碱基为C。
[0007]进一步的，所述分子标记T3368为SNP标记。
[0008]进一步的，所述分子标记T3368的低温耐受基因型为TC基因型。
[0009]本专利技术还提供了一组引物对，其为用于检测所述的分子标记T3368的引物对；所述引物对中的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。
[0010]本专利技术还提供了分子标记在鉴定或筛选日本对虾低温耐受品种中的应用，其为所述的分子标记T3368。
[0011]进一步的，鉴定或筛选日本对虾低温耐受品种的具体步骤为：（1）提取日本对虾个体的基因组DNA；（2）利用核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示的引物对T3368
‑
F和T3368
‑
R对所述步骤（1）的基因组DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；（3）对扩增产物进行测序；测序结果中若出现TC基因型突变，则该日本对虾个体为低温耐受品种。
[0012]进一步的，所述步骤（3）中扩增产物测序结果显示：所述分子标记T3368第501位碱基为C，则该日本对虾为低温耐受品种；若分子标记T3368第501位碱基为T，则该日本对虾为低温不耐受品种。
[0013]进一步的，所述PCR扩增条件为：预变性94℃，5min；变性94℃，30s，退火55℃，30s，延伸72℃，30s，重复32个循环；循环外延伸72℃，7min。
[0014]本专利技术还提供了分子标记在在日本对虾遗传多样性分析、种质鉴定和遗传图谱构建中的应用，其为所述的分子标记T3368。
[0015]本专利技术与现有技术相比，具有以下优点和有益效果：1、本专利技术提供的日本对虾耐低温的分子标记T3368可以不受日本对虾生长阶段的限制，能够用于日本对虾早期虾苗及亲本的选育，进而明显加快日本对虾的选育进程以及快速选育出具备低温耐受优良性状的日本对虾新品种。
[0016]2、利用本专利技术提供的分子标记T3368检测日本对虾耐低温的性状，方法准确可靠、操作简单，能够有效、快速的筛选出符合要求的性状，辅助早期实现短时间、低成本的选育出耐受低温的日本对虾的品种，增加优良品质的日本对虾数量，提高日本对虾的养成率及养殖周期，进而提高日本对虾产量，促进其健康繁殖，因此具有广阔的应用前景。
附图说明
[0017]图1为本专利技术中混合模板PCR产物的测序峰图。
[0018]图2为本专利技术中单个低温不耐受和低温耐受个体PCR产物电泳图。
[0019]图3为本专利技术中低温耐受群体和低温不耐受群体两组对应位置测序结果差异峰图。
具体实施方式
[0020]以下结合具体实施例对本专利技术的技术方案做进一步详细的说明。
[0021]本专利技术所用的日本对虾均来自青岛瑞兹海珍品有限公司实验基地。体重10
±
3g的日本对虾300只，放置于4个养殖池 (500 cm
×
300 cm
×
150 cm) 中暂养7d，暂养期间水温保持在28
±
1℃，加水至20 cm，pH 8.2
±
0.5，持续供氧，每天早上8点更换新鲜海水，下午5点投喂新鲜蛤蜊肉，喂食量约为对虾体重的10%。7d后挑选活力好、体表完整的日本对虾进
行后续实验。
[0022]以10℃
±
0.5为应激条件，对300尾日本对虾进行低温耐受性实验，统计个体的耐受时间，将首先死亡的20尾虾作为低温敏感组（UT），将最后仍然存活的20尾虾作为低温耐受组（T）。低温敏感组和低温耐受组对虾基因组DNA提取方法按照天根海洋动物组织基因组提取试剂盒进行(TIANGEN，天根生化科技有限公司)。
实施例1
[0023]一、耐低温相关候选分子标记筛选1、测序数据过滤和比对提取日本对虾的基因组DNA，低温耐受组和不耐受组各20个个体。利用可以特异性结合DNA的离心吸附柱和独特的缓冲液系统提取日本对虾基因组DNA。首先，将大约30 mg的组织样品放到1.5 mL 的无菌酶离心管，加入200 μL GA缓冲液和20 μL Proteinase K溶液，漩涡混匀，56℃孵育至组织完全裂解。然后加入200 μL GB本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定日本对虾耐低温性状的分子标记T3368，其特征在于，所述分子标记T3368的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。2.根据权利要求1所述的分子标记T3368，其特征在于，所述分子标记T3368中第501位碱基为C。3.根据权利要求1所述的分子标记T3368，其特征在于，所述分子标记T3368为SNP标记。4.根据权利要求1所述的分子标记T3368，其特征在于，所述分子标记T3368的低温耐受基因型为TC基因型。5.一组引物对，其特征在于，所述引物对为用于检测权利要求1所述的分子标记T3368的引物对；所述引物对中的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。6.分子标记在鉴定或筛选日本对虾低温耐受品种中的应用，其特征在于，所述分子标记为权利要求1所述的分子标记T3368。7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，鉴定或筛选日本对虾低温耐受品种的具体步骤为：（1）提取日本对虾个体的基因组DNA；（...

【专利技术属性】
技术研发人员：贾少婷，王君霞，任宪云，边学琼，赵旷诚，李吉涛，李健，
申请(专利权)人：日照市海洋与渔业研究院日照市海域使用动态监视监测中心，日照市水生野生动物救护站，
类型：发明
国别省市：