一种从FFPE样本中提取核酸的试剂及方法技术

本公开提供一种从FFPE样本中提取核酸的试剂及方法，该试剂包括消化液，所述消化液包括矿物油、月桂酸丁酯、十二烷基硫酸钠、聚乙二醇辛基苯基醚和乙二胺四乙酸中的至少一种。消化液的摩尔浓度为1mol/L～10mol/L，以解决FFPE样本中的DNA提取效率低的问题。FFPE样本中的DNA提取效率低的问题。FFPE样本中的DNA提取效率低的问题。

【技术实现步骤摘要】
一种从FFPE样本中提取核酸的试剂及方法


[0001]本专利技术涉及核酸提取
，尤其涉及一种从FFPE样本中提取核酸的试剂及方法。

技术介绍

[0002]肿瘤组织切下来的组织使用福尔马林固定石蜡包埋处理的样本(Formalin
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Fixed andParrffin
‑
Embedded，简称FFPE)可以在常温保留很久，所以对肿瘤组织进行石蜡包埋保存就成了医院里最常用的样本储存手段。福尔马林的固定容易使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间的交联，石蜡的高温渗入过程进一步加速核酸的降解，保存的时间及环境对样品中的核酸也有巨大的影响，从石蜡切片中提取出高质量基因组，成为了当下分子诊断领域重要的课题和必须的研究工具。
[0003]近年FFPE样本的DNA提取成为了各大厂商的研究和商业热点，但存在提取效率低，且操作时长的问题。

技术实现思路

[0004]本专利技术的实施例提供一种从FFPE样本中提取核酸的试剂及方法，旨在提高提取效率与降低操作时长。
[0005]为达到上述目的，本专利技术的实施例采用如下技术方案：
[0006]一方面，提供一种从FFPE样本中提取核酸的试剂。该试剂包括消化液所述消化液包括矿物油、月桂酸丁酯、十二烷基硫酸钠、聚乙二醇辛基苯基醚和乙二胺四乙酸中的至少一种。所述消化液的摩尔浓度为1mol/L～10mol/L。
[0007]本申请实施例提供的消化液降低了FFPE样本的脱蜡时间，从而提高了提取效率，降低操作时长。<br/>[0008]在一些实施例中，所述消化液的摩尔浓度为2.5mol/L。
[0009]在一些实施例中，所述试剂还包括裂解液。所述裂解液包括异硫氰酸胍、聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯、2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇、乙二胺四乙酸和丙三醇中的至少一种。
[0010]所述异硫氰酸胍的摩尔浓度为5mmol/L～10mol/L。所述乙二胺四乙酸摩尔浓度为5mmol/L～10mol/L。所述聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯和所述丙三醇在所述试剂中的体积百分比为0.5％～50％。所述2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L。所述2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
‑
丙二醇的pH值为6.5～8.5。
[0011]在一些实施例中，所述试剂还包括酶解液。所述酶解液包括蛋白酶K、聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯、2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
‑
丙二醇、氯盐和丙三醇中的至少一种。
[0012]所述蛋白酶K的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L。所述乙二胺四乙酸的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L。所述氯盐的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L。所述聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯和所述丙三醇在所述试剂中的体积百分比为0.5％～50％。所述2
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氨基
‑2‑
羟
甲基
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1,3
‑
丙二醇的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L。所述2
‑
氨基
‑2‑
羟甲基
‑
1,3
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丙二醇的pH值为6.5～8.5。
[0013]在一些实施例中，所述氯盐包括氯化钙、氯化钠和氯化镁中的至少一种。
[0014]在一些实施例中，所述试剂还包括纳米磁珠。所述纳米磁珠为超顺磁磁珠，所述超顺磁磁珠包括聚苯乙烯外包四氧化三铁。
[0015]其中，磁含量大于70wt％，纳米磁珠颗粒直径为50nm～4.5μm。纳米磁珠悬浮液的浓度为1mg/mL～10mg/mL。
[0016]在一些实施例中，所述试剂还包括结合液。所述结合液包括异硫氰酸胍、异丙醇、聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯、2
‑
氨基
‑2‑
羟甲基
‑
1,3
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丙二醇和乙二胺四乙酸中的至少一种。所述异硫氰酸胍的摩尔浓度为0.1mmol/L～10mol/L。所述乙二胺四乙酸的摩尔浓度为0.1mmol/L～10mol/L。所述聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯和所述异丙醇在所述试剂中的体积百分比为0.5％～50％。所述2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L。所述2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇的pH值为6.5～8.5。
[0017]在一些实施例中，所述试剂还包括清洗液。所述清洗液包括异硫氰酸胍、异丙醇、乙醇、聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯、2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇和乙二胺四乙酸中的至少一种。
[0018]所述异硫氰酸胍的摩尔浓度为0.1mmol/L～10mol/L。所述乙二胺四乙酸的摩尔浓度为0.1mmol/L～10mol/L。所述聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯、乙醇和异丙醇在所述试剂中的体积百分比为0.5％～90％。所述2
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氨基
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羟甲基
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1,3
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丙二醇的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L。所述2
‑
氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇的pH值为5.5～8.5。
[0019]在一些实施例中，所述试剂还包括洗脱液。所述洗脱液包括三羟甲基氨基甲烷盐酸盐与乙二胺四乙酸的组合。所述洗脱液的浓度为0.05mmol/L～50mmol/L。
[0020]另一方面，提供一种从FFPE样本中提取核酸的方法，包括以下步骤：
[0021]A、取FFPE样本切片置于仪器中，在37℃～90℃温度条件下，将消化液加入FFPE样本中混匀，再加入酶解液混匀，并在37℃孵育30min。
[0022]B、提取步骤A中仪器底部的溶液，加入异丙醇震荡混匀，并在4℃下2000xg离心30s后转移至离心管中。
[0023]C、向步骤B中离心得到的液体中加入裂解液混匀，并在37℃孵育30min，接着冷却至室温，得到样本液。
[0024]D、向步骤C得到的样本液中加入结合液混匀，加入与样本液体积比为1:100的纳米磁珠悬浮液混匀，然后置于摇床1000rpm震荡10min，接着离心后将样本液置于磁力架静置5min，最后在不扰动纳米磁珠的情况下，移除上清液。...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种从FFPE样本中提取核酸的试剂，其特征在于，包括：消化液，所述消化液包括矿物油、月桂酸丁酯、十二烷基硫酸钠、聚乙二醇辛基苯基醚和乙二胺四乙酸中的至少一种；所述消化液的摩尔浓度为1mol/L～10mol/L。2.根据权利要求1所述的试剂，其特征在于，所述消化液的摩尔浓度为2.5mol/L。3.根据权利要求1所述的试剂，其特征在于，还包括：裂解液，所述裂解液包括异硫氰酸胍、聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯、2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇、乙二胺四乙酸和丙三醇中的至少一种；所述异硫氰酸胍的摩尔浓度为5mmol/L～10mol/L，所述乙二胺四乙酸摩尔浓度为5mmol/L～10mol/L，所述聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯和所述丙三醇在所述试剂中的体积百分比为0.5％～50％，所述2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L，所述2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇的pH值为6.5～8.5。4.根据权利要求3所述的试剂，其特征在于，还包括：酶解液，所述酶解液包括蛋白酶K、聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯、2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇、氯盐和丙三醇中的至少一种；所述蛋白酶K的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L、所述乙二胺四乙酸的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L，所述氯盐的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L，所述聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯和所述丙三醇在所述试剂中的体积百分比为0.5％～50％；所述2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇的摩尔浓度为0.1mmol/L～1mol/L，所述2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇的pH值为6.5～8.5。5.根据权利要求4所述的试剂，其特征在于，所述氯盐包括氯化钙、氯化钠和氯化镁中的至少一种。6.根据权利要求1～5中任一项所述的试剂，其特征在于，还包括：纳米磁珠，所述纳米磁珠为超顺磁磁珠，所述超顺磁磁珠包括聚苯乙烯外包四氧化三铁，其中，磁含量大于70wt％，纳米磁珠颗粒直径为50nm～4.5μm，纳米磁珠悬浮液的浓度为1mg/mL～10mg/mL。7.根据权利要求1～5中任一项所述的试剂，其特征在于，还包括：结合液，所述结合液包括异硫氰酸胍、异丙醇、聚氧乙烯失水山梨醇单月桂酸酯、2
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氨基
‑2‑
羟甲基
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1,3
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丙二醇和乙二胺四乙酸中的至少一种，所述异硫氰酸胍的摩尔浓度为0.1m...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵子健，罗欣莹，丁丁，
申请(专利权)人：京东方科技集团股份有限公司，
类型：发明
国别省市：