一种基于宏基因组测序绝对定量病原体的方法和装置制造方法及图纸

本发明专利技术提供了一种基于宏基因组测序绝对定量病原体的方法和装置。该方法包括：向待测样本中添加设定终浓度的内参：栖热菌属菌种或噬菌体，然后进行宏基因组测序获得内参检出序列数和病原检出序列数；通过以下公式计算待测样本中病原核酸浓度：C

【技术实现步骤摘要】
一种基于宏基因组测序绝对定量病原体的方法和装置


[0001]本专利技术涉及病原检测
，具体涉及一种基于宏基因组测序绝对定量病原体的方法和装置。

技术介绍

[0002]宏基因组测序(Metagenomic Next
‑
Generation Sequencing，mNGS)是一种基于二代测序平台，直接对标本的所有基因组进行无差别测序的检测手段。mNGS应用于临床标本，可一网打尽检出病原体，包括细菌、真菌、病毒和寄生虫。但宏基因组测序是一种概率性的短读长片段化测序，不同标本的人源基因含量不同，导致标本中的病原载量占比也随之不同在规范的检测过程结束，只能明确检测到人源和病原基因片段数和二者在标本的比例。因此目前，mNGS存在无法对检出病原体绝对定量的技术壁垒，检出序列数因人源基因含量、标本DNA抽提、文库建立和生信分析等多环节的影响，无法在标本之间进行绝对量的比较。
[0003]内参是一类具有明确遗传序列且待测标本阴性的人工合成序列或者微生物(细菌、病毒等)，可被加入待检测的样本，以达在一次试验中对送检样品中的遗传物质进本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于宏基因组测序绝对定量病原体的方法，其特征在于，包括：向待测样本中添加设定终浓度的内参，然后进行宏基因组测序获得内参检出序列数和病原检出序列数；通过以下公式计算待测样本中病原核酸浓度：C
M
＝k
×
(C
IC
×
L
IC
×
N
M
)/(N
IC
×
L
M
)其中，C
M
：病原浓度；C
IC
：内参浓度；L
M
：病原平均基因组长度；L
IC
：内参基因组长度；N
M
：病原检出序列数；N
IC
：内参检出序列数；k为常数，取值范围为0.1～20；所述内参为栖热菌属(Thermus)菌种或噬菌体。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待测样本选自组织、脑脊液、痰、肺泡灌洗液、全血、局灶感染的脓液、胆汁、粪便。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述内参为嗜热栖热菌，其保藏编号优选为CGMCC 1.15099，其终浓度为102～106CFU/mL；优选为103CFU/mL。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述噬菌体为T1噬菌体DSM 5801，其终浓度为103～106PFU/mL，优选为104PFU/mL。5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：(1)向待测样本中添加设定终浓度的嗜热栖热菌或T1噬菌体作为内参；(2)从添加内参的待测样本中提取游离DNA，并对所述游离DNA进行文库构建、上机测序及生物信息学分析得出内参检出序列数和病原检出序列数；(3)通过以下公式计算待测样本中病原核酸浓度：C
M
＝k
×
(C
IC
×
L
IC
×
N
M
)/(N
IC
×
L
M
)其中，C
M
：病原浓度；C
IC
：内参...

【专利技术属性】
技术研发人员：傅掌璠，周旸，艾静文，崔鹏，许涛，仇超，张文宏，
申请(专利权)人：复旦大学附属华山医院，
类型：发明
国别省市：