用于修饰靶RNA的组合物和方法技术

本文提供了可以用于改善、治疗或至少部分地消除可由基因组突变引起的疾病和病状的组合物和方法。主题组合物和方法可以用于编辑RNA以改善、治疗或至少部分地消除受试者的所述疾病和病状。述疾病和病状。述疾病和病状。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于修饰靶RNA的组合物和方法
[0001]本申请根据35 U.S.C.
§
119要求于2020年5月26日提交的临时申请序列号63/030,166、于2020年11月11日提交的临时申请序列号63/112,329、于2020年12月1日提交的临时申请序列号63/119,921、于2021年2月24日提交的临时申请序列号63/153,175以及于2021年4月22日提交的临时申请序列号63/178,059的优先权，所述临时申请的公开内容通过引入并入本文。

技术实现思路

[0002]本文公开了工程化多核苷酸，其包括与靶RNA的区至少部分地互补的靶向序列，其中所述靶RNA：(a)编码富含亮氨酸重复序列激酶2(LRRK2)多肽；(b)包括非编码序列；或(c)包括(a)和(b)，其中所述工程化多核苷酸被配置成在与所述靶RNA的所述区结合时与所述靶RNA缔合，以形成募集RNA编辑实体的结构特征，其中所述RNA编辑实体在与所述工程化多核苷酸和所述靶RNA的所述区缔合时促进：所述靶RNA的所述区中核苷酸的碱基的编辑、所述LRRK2多肽的翻译的调节或两者。在一些实施例中，所述靶向序列的长度为约：40个、45个、60个、80个、100个、120个、200个或300个核苷酸。在一些实施例中，所述靶向序列的长度为约100个核苷酸。在一些实施例中，与所述靶RNA的所述区至少部分地互补的所述靶向序列包括与所述靶RNA的所述区中的核苷酸不互补的至少一个核苷酸。在一些实施例中，不互补的所述核苷酸是所述靶RNA的所述区中的腺苷(A)，并且其中所述A包括在A/C错配中。在一些实施例中，不互补的所述核苷酸是所述靶RNA的所述区中的腺苷(A)，并且其中所述A包括在内环或凸起中。在一些实施例中，所述A是用于编辑的所述靶RNA的所述区中所述核苷酸的所述碱基。在一些实施例中，所述靶RNA选自包括以下的组：mRNA、前mRNA、tRNA、lncRNA、lincRNA、miRNA、rRNA、snRNA、siRNA、piRNA、snoRNA、exRNA、scaRNA、YRNA、eRNA和hnRNA。在一些实施例中，所述靶RNA是mRNA。在一些实施例中，所述结构特征包括：凸起、发夹、内环和其任何组合。在一些实施例中，所述结构特征包括凸起。在一些实施例中，所述凸起是不对称凸起。在一些实施例中，所述凸起是对称凸起。在一些实施例中，所述凸起的长度为1
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4个核苷酸。在一些实施例中，所述结构特征包括发夹。在一些实施例中，所述结构特征包括内环。在一些实施例中，所述内环的长度为5
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50个核苷酸。在一些实施例中，所述内环的长度为6个核苷酸。在一些实施例中，所述工程化多核苷酸包括至少两个内环。在一些实施例中，所述两个内环是对称内环。在一些实施例中，所述两个内环是对称内环，并且所述两个内环的每一侧的长度为6个核苷酸。在一些实施例中，所述内环是不对称内环。在一些实施例中，所述工程化多核苷酸包括结构化基序。在一些实施例中，所述结构化基序包括以下中的至少两种：所述凸起、所述发夹和所述内环。在一些实施例中，所述结构化基序包括所述凸起和所述发夹。在一些实施例中，所述结构化基序包括所述凸起和所述内环。在一些实施例中，所述工程化多核苷酸缺少募集结构域。在一些实施例中，所述RNA编辑实体包括作用于RNA的腺苷脱氨酶(adenosine deaminase acting on RNA，ADAR)多肽或其生物活性片段，或作用于tRNA的腺苷脱氨酶(ADAT)多肽或其生物活性片段。在一些实施例中，所述ADAR多肽或其生物活性片段包括ADAR1或ADAR2。在一些实施例中，所述工程化多核苷酸进
一步包括能够募集所述RNA编辑实体的RNA编辑实体募集结构域。在一些实施例中，所述RNA编辑实体募集结构域的长度为至少1至约75个核苷酸。在一些实施例中，所述RNA编辑实体募集结构域的长度为至少30
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50个核苷酸。在一些实施例中，所述RNA编辑实体募集结构域包括谷氨酸离子型受体AMPA型亚基2(GluR2)序列。在一些实施例中，所述GluR2序列包括与SEQ ID NO:1的至少约80％、85％、90％、95％或99％序列同一性。在一些实施例中，所述GluR2序列包括SEQ ID NO:1。在一些实施例中，所述靶RNA的所述区的长度为5至600个核苷酸、长度为40至400个核苷酸或长度为80至120个核苷酸。在一些实施例中，所述靶RNA的所述区的长度为50至200个核苷酸。在一些实施例中，所述靶RNA的所述区的长度为约100个核苷酸。在一些实施例中，所述靶RNA的所述区包括与SEQ ID NO:73或SEQ ID NO:74的至少60％、70％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％序列同一性。在一些实施例中，所述非编码序列包括3'非翻译区(3'UTR)。在一些实施例中，所述非编码序列包括5'非翻译区(5'UTR)。在一些实施例中，对所述靶RNA的所述区的所述5'UTR中的所述碱基的编辑使得至少部分地调节所述LRRK2多肽的基因翻译。在一些实施例中，对所述靶RNA的所述区的所述5'UTR中的所述碱基的编辑使得促进所述LRRK2多肽的调节mRNA翻译。在一些实施例中，所述靶RNA编码所述LRRK2多肽。在一些实施例中，编码所述LRRK2多肽的所述靶RNA包括以下中的至少一部分：poly(A)尾、微RNA应答元件(MRE)、富含AU的元件(ARE)、hnRNP结合位点或其任何组合。在一些实施例中，所述工程化多核苷酸被配置成调节所述LRRK2多肽的表达。在一些实施例中，所述靶RNA编码所述LRRK2多肽的重复序列结构域、所述LRRK2多肽的复合物的Ras(Ras
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of
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complex，Roc)GTP酶结构域、所述LRRK2多肽的激酶结构域、所述LRRK2多肽的WD40结构域或所述LRRK2多肽的Roc的C末端(COR)结构域。在一些实施例中，所述靶RNA编码所述LRRK2多肽的所述激酶结构域。在一些实施例中，与编码野生型多肽的在其它方面相当的区相比，所述靶RNA的所述区包括突变。在一些实施例中，与编码野生型LRRK2多肽的在其它方面相当的区相比，所述靶RNA的所述区包括突变。在一些实施例中，所述突变包括多态性。在一些实施例中，所述突变是G至A突变。在一些实施例中，所述靶RNA包括与SEQ ID NO:5
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SEQ ID NO:14中的任一个的至少80％、90％、95％、97％、98％、99％或100％序列同一性。在一些实施例中，所述靶RNA编码LRRK2多肽，所述LRRK2多肽包括与SEQ ID NO:15
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SEQ ID NO:24中的任一个的至少80％、90％、95％、97％、98％、99％或100％序列同一性。在一些实施例中，所述靶RNA编码LRRK2多肽，所述LRRK2多肽包括与SEQ ID NO:15的G2019S相对应的突变。在一些实施例中，所述碱基的所述编辑是与SEQ ID NO:5本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种工程化多核苷酸，其包括与靶RNA的区至少部分地互补的靶向序列，其中所述靶RNA：(a)编码富含亮氨酸重复序列激酶2(LRRK2)多肽；(b)包括非编码序列；或(c)包括(a)和(b)，其中所述工程化多核苷酸被配置成在与所述靶RNA的所述区结合时与所述靶RNA缔合，以形成募集RNA编辑实体的结构特征，其中所述RNA编辑实体在与所述工程化多核苷酸和所述靶RNA的所述区缔合时促进：所述靶RNA的所述区中核苷酸的碱基的编辑、所述LRRK2多肽的翻译的调节或两者。2.根据权利要求1所述的工程化多核苷酸，其中所述靶向序列的长度为约：40个、45个、60个、80个、100个、120个、200个或300个核苷酸。3.根据权利要求1或2所述的工程化多核苷酸，其中所述靶向序列的长度为约100个核苷酸。4.根据权利要求1至3中任一项所述的工程化多核苷酸，其中与所述靶RNA的所述区至少部分地互补的所述靶向序列包括与所述靶RNA的所述区中的核苷酸不互补的至少一个核苷酸。5.根据权利要求4所述的工程化多核苷酸，其中不互补的所述至少一个核苷酸是所述靶RNA的所述区中的腺苷(A)，并且其中所述A包括在A/C错配中。6.根据权利要求4所述的工程化多核苷酸，其中不互补的所述至少一个核苷酸是所述靶RNA的所述区中的腺苷(A)，并且其中所述A包括在内环或凸起中。7.根据权利要求4至6中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述A是用于编辑的所述靶RNA的所述区中所述核苷酸的所述碱基。8.根据权利要求1至7中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA选自包括以下的组：mRNA、前mRNA、tRNA、lncRNA、lincRNA、miRNA、rRNA、snRNA、siRNA、piRNA、snoRNA、exRNA、scaRNA、YRNA、eRNA和hnRNA。9.根据权利要求1至8中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA是mRNA。10.根据权利要求1至9中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述结构特征包括：凸起、发夹、内环和其任何组合。11.根据权利要求1至10中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述结构特征包括凸起。12.根据权利要求11所述的工程化多核苷酸，其中所述凸起是不对称凸起。13.根据权利要求11所述的工程化多核苷酸，其中所述凸起是对称凸起。14.根据权利要求11至13中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述凸起的长度为1
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4个核苷酸。15.根据权利要求1至10中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述结构特征包括发夹。16.根据权利要求1至10中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述结构特征包括内环。17.根据权利要求16所述的工程化多核苷酸，其中所述内环的长度为5
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50个核苷酸。
18.根据权利要求16或17所述的工程化多核苷酸，其中所述内环的长度为6个核苷酸。19.根据权利要求1至18中任一项所述的工程化多核苷酸，其包括至少两个内环。20.根据权利要求1至19中任一项所述的工程化多核苷酸，其包括两个内环。21.根据权利要求20所述的工程化多核苷酸，其中所述两个内环是对称内环。22.根据权利要求20或21所述的工程化多核苷酸，其中所述两个内环是对称内环，并且所述两个内环的每一侧的长度为6个核苷酸。23.根据权利要求16所述的工程化多核苷酸，其中所述内环是不对称内环。24.根据权利要求1至23中任一项所述的工程化多核苷酸，其包括结构化基序。25.根据权利要求24所述的工程化多核苷酸，其中所述结构化基序包括以下中的至少两种：所述凸起、所述发夹和所述内环。26.根据权利要求25所述的工程化多核苷酸，其中所述结构化基序包括所述凸起和所述发夹。27.根据权利要求25所述的工程化多核苷酸，其中所述结构化基序包括所述凸起和所述内环。28.根据权利要求1至27中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述工程化多核苷酸缺少募集结构域。29.根据权利要求1至28中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述RNA编辑实体包括作用于RNA的腺苷脱氨酶(adenosine deaminase acting on RNA，ADAR)多肽或其生物活性片段，或作用于tRNA的腺苷脱氨酶(ADAT)多肽或其生物活性片段。30.根据权利要求29所述的工程化多核苷酸，其中所述ADAR多肽或其生物活性片段包括ADAR1或ADAR2。31.根据权利要求1至30中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述工程化多核苷酸进一步包括能够募集所述RNA编辑实体的RNA编辑实体募集结构域。32.根据权利要求31所述的工程化多核苷酸，其中所述RNA编辑实体募集结构域的长度为至少1至约75个核苷酸。33.根据权利要求31或32所述的工程化多核苷酸，其中所述RNA编辑实体募集结构域的长度为至少30
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50个核苷酸。34.根据权利要求31至33中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述RNA编辑实体募集结构域包括谷氨酸离子型受体AMPA型亚基2(GluR2)序列。35.根据权利要求34所述的工程化多核苷酸，其中所述GluR2序列包括与SEQ IDNO:1的至少约80％、85％、90％、95％或99％序列同一性。36.根据权利要求34所述的工程化多核苷酸，其中所述GluR2序列包括SEQ IDNO:1。37.根据权利要求1至36中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA的所述区的长度为5至600个核苷酸、长度为40至400个核苷酸或长度为80至120个核苷酸。38.根据权利要求1至37中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA的所述区的长度为50至200个核苷酸。39.根据权利要求1至38中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA的所述区的长度为约100个核苷酸。40.根据权利要求1至39中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA的所述区包
括与SEQ ID NO:73或SEQ ID NO:74的至少60％、70％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％序列同一性。41.根据权利要求1至40中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述非编码序列包括3'非翻译区(3'UTR)。42.根据权利要求1至41中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述非编码序列包括5'非翻译区(5'UTR)。43.根据权利要求42所述的工程化多核苷酸，其中对所述靶RNA的所述区的所述5'UTR中的所述碱基的编辑使得至少部分地调节所述LRRK2多肽的基因翻译。44.根据权利要求42所述的工程化多核苷酸，其中对所述靶RNA的所述区的所述5'UTR中的所述碱基的编辑使得促进所述LRRK2多肽的调节mRNA翻译。45.根据权利要求1至44中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA编码所述LRRK2多肽。46.根据权利要求45所述的工程化多核苷酸，其中编码所述LRRK2多肽的所述靶RNA包括以下中的至少一部分：poly(A)尾、微RNA应答元件(MRE)、富含AU的元件(ARE)、hnRNP结合位点或其任何组合。47.根据权利要求45或46所述的工程化多核苷酸，其中所述工程化多核苷酸被配置成调节所述LRRK2多肽的表达。48.根据权利要求45至47中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA编码所述LRRK2多肽的重复序列结构域、所述LRRK2多肽的复合物的Ras(Ras
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of
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complex，Roc)GTP酶结构域、所述LRRK2多肽的激酶结构域、所述LRRK2多肽的WD40结构域或所述LRRK2多肽的Roc的C末端(COR)结构域。49.根据权利要求48所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA编码所述LRRK2多肽的所述激酶结构域。50.根据权利要求1至49中任一项所述的工程化多核苷酸，其中与编码野生型多肽的在其它方面相当的区相比，所述靶RNA的所述区包括突变。51.根据权利要求1至50中任一项所述的工程化多核苷酸，其中与编码野生型LRRK2多肽的在其它方面相当的区相比，所述靶RNA的所述区包括突变。52.根据权利要求50或51所述的工程化多核苷酸，其中所述突变包括多态性。53.根据权利要求50至52中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述突变是G至A突变。54.根据权利要求1至53中任一项所述的工程化多肽，其中所述靶RNA包括与SEQ ID NO:5
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SEQ ID NO:14中的任一个的至少80％、90％、95％、97％、98％、99％或100％序列同一性。55.根据权利要求1至54中任一项所述的工程化多肽，其中所述靶RNA编码LRRK2多肽，所述LRRK2多肽包括与SEQ ID NO:15
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SEQ ID NO:24中的任一个的至少80％、90％、95％、97％、98％、99％或100％序列同一性。56.根据权利要求1至55中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA编码LRRK2多肽，所述LRRK2多肽包括与SEQ ID NO:15的G2019S相对应的突变。57.根据权利要求1至56所述的工程化多核苷酸，其中所述碱基的所述编辑是与SEQ ID NO:5中的第6055个核苷酸相对应的A的编辑。
58.根据权利要求1至57中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述靶RNA编码LRRK2多肽，所述LRRK2多肽包括与表3的突变相对应的突变，或表3的突变的任何组合。59.根据权利要求1至58中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述工程化多核苷酸包括与以下中的任一个的至少60％、70％、80％、85％、90％、95％、97％、99％或100％序列同一性：SEQ ID NO:66
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SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:82或SEQ ID NO:86
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SEQ ID NO:182。60.根据权利要求1至59中任一项所述的工程化多核苷酸，其中当所述工程化多核苷酸与所述靶RNA的所述区缔合时，所述缔合包括杂交多核苷酸链。61.根据权利要求60所述的工程化多核苷酸，其中所述杂交多核苷酸链至少部分地形成双链RNA双链体。62.根据权利要求1至61中任一项所述的工程化多核苷酸，其中所述工程化多核苷酸进一步包括化学修饰。63....

【专利技术属性】
技术研发人员：阿德里安，
申请(专利权)人：塑造治疗公司，
类型：发明
国别省市：