一种基于MAF的评价方法及装置制造方法及图纸

一种基于MAF的评价方法及装置，评价方法包括数据预处理步骤、比对步骤、赋值步骤、参照值确定步骤、归一化步骤、MAFScore判定步骤。本发明专利技术通过子宫内膜癌、卵巢癌、非癌对照组20基因的检测结果分析，建立专有逻辑算法，用于子宫内膜癌和卵巢癌早期诊断。检测系统整体性能，灵敏度和特异性均超过90％。灵敏度和特异性均超过90％。灵敏度和特异性均超过90％。

【技术实现步骤摘要】
一种基于MAF的评价方法及装置


[0001]本专利技术涉及生物信息学领域，具体涉及一种基于MAF的评价方法及装置。

技术介绍

[0002]宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌是妇科三大癌症。近几十年来，宫颈癌的早筛早诊早治及预防取得了重大进展，世界范围内宫颈癌发病率和死亡率有明显下降的趋势，与宫颈癌相关的健康教育、人乳头状瘤病毒(HPV)疫苗接种、宫颈癌诊断有关。目前三大癌症中宫颈癌是国内唯一作为常规诊断的癌种。临床上宫颈癌的标准诊断方法是巴氏涂片，通过显微镜下病理检查子宫颈细胞的异常情况，以确定是否为癌症或癌前病变。目前国际研究数据已经证实HPV是大多数宫颈癌的病因，近年来，女性接受HPV病毒检测的情况越来越普遍。无论是单独检测还是与巴氏检测相结合，都能很好的帮助宫颈癌的诊断。
[0003]然而子宫内膜癌和卵巢癌的有效的早期诊断手段缺乏。在欧美子宫内膜癌发病率已占妇科恶性肿瘤的第一位。子宫内膜癌的高危因素包括肥胖、高血压、糖尿病、绝经延迟、不孕和长期单纯雌激素刺激等。内膜癌的高发年龄为50～60岁，以阴道不规则出血为主要表现，初次诊断时72％为Ⅰ期，12％为Ⅱ期，13％为Ⅲ期，3％为Ⅳ期，如早期发现早期治疗，预后较好。随着肥胖率和长寿率的上升，子宫内膜癌发病率上升。子宫内膜样癌I期5年生存率高达95％；而在IV期时仅为37％；浆液性和透明细胞5年生存率均低于子宫内膜样癌。子宫内膜癌临床期别不同，预后明显不同。早期发现子宫内膜癌是高度可治愈的，对于子宫内膜癌更需要及时预防、及早发现。近年来，随着子宫内膜癌的发病率显著升高，子宫内膜癌的预防和诊断越来越被临床重视。对于子宫内膜癌，目前临床上诊断手段有细胞学检查和经阴道超声(transvaginal songraphy，TVS)。但是细胞学检查特异性低。TV S用于测量子宫内膜的厚度，与细胞学一样，TVS诊断子宫内膜厚度缺乏足够的特异性，因为良性病变，如息肉，也会导致子宫内膜增厚。因此，细胞学和TVS都不能满足诊断测试的要求。
[0004]虽然子宫内膜癌比卵巢癌更常见，但是后者更致命。对卵巢癌症进行可靠的诊断测试的需求尤为迫切，因为体重增加或盆腔疼痛等症状往往是在疾病发展到晚期才出现的。只有20％的卵巢癌患者在诊断时处于疾病的最早阶段(I期)。发现卵巢癌并诊断出来的阶段至关重要：I期卵巢癌或子宫内膜癌患者五年生存率为95％；而到了III期，五年生存率只有25％。发现得越早，治疗越早患者五年生存率就越高。对于卵巢癌症，目前临床上诊断手段主要是TVS评估结合血清CA
‑
125水平。CA
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125特异性不够，局限性在于其在多种良性疾病中也升高，如盆腔炎、子宫内膜异位症和卵巢囊肿。尽管TVS可以可视化卵巢，但它只能检测大肿瘤，不能明确区分良性和恶性。血清CA
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125结合TVS也不能显著增加卵巢癌检出的特异性。B超发现的卵巢肿块需要通过腹腔镜或剖腹探查术进行进一步评估才能确诊。
[0005]综上所述，在实际临床应用中，目前无论是国际还是国内，临床上目前缺乏可靠有效的方法用于在普通人群中子宫内膜癌的诊断手段。因此，目前国内外指南并没有建议对子宫内膜癌或卵巢癌进行常规诊断。子宫内膜癌和卵巢癌新发病例的总和已经超过了宫颈癌，开发一种有效的诊断工具已成为当务之急。

技术实现思路

[0006]根据第一方面，在一实施例中，提供一种基于MAF的评价方法，包括：
[0007]数据预处理步骤，包括获取待测样本的测序数据，去除标记非“exonic”的突变，去除UI D小于阈值的突变，将待测样本的测序数据记为BlindTest组，对照样本(control)记为Bas eline组；
[0008]比对步骤，将BlindTest组中的突变基因与Baseline组中的突变基因做对比，对于BlindT est组中任意一个样本，若其包含在Baseline组中不存在的突变基因、且该基因的突变MAF值(等位基因频率)大于阈值，则直接标记该样本的MAFScore＝1，否则MAFScore＝0；
[0009]赋值步骤，包括针对Baseline组中每一个突变基因，计算其MAF的平均值，记为ave_i，计算其MAF的最大值，记为ave_m；
[0010]参照值确定步骤，包括计算所有基因平均值ave_i的第X百分位数值作为参照值，记为a ve_ref；
[0011]归一化步骤，包括计算BlindTest组中每一个基因MAF值的归一化数值MAF
i
；
[0012]MAFScore判定步骤，包括计算BlindTest组中每一个基因MAF归一化数值与最大值的差，获得差值MAF
d
，根据所述差值判定MAFScore。
[0013]根据第二方面，在一实施例中，提供一种基于MAF的评价装置，包括：
[0014]数据预处理模块，包括获取待测样本的测序数据，去除标记非“exonic”的突变，去除UI D小于阈值的突变，将待测样本的测序数据记为BlindTest组，对照样本(control)记为Bas eline组；
[0015]比对模块，将BlindTest组中的突变基因与Baseline组中的突变基因做对比，对于BlindT est组中任意一个样本，若其包含在Baseline组中不存在的突变基因、且该基因的突变MAF值(等位基因频率)大于阈值，则直接标记该样本的MAFScore＝1，否则MAFScore＝0；
[0016]赋值模块，包括针对Baseline组中每一个突变基因，计算其MAF的平均值，记为ave_i，计算其MAF的最大值，记为ave_m；
[0017]参照值确定模块，包括计算所有基因平均值ave_i的第X百分位数值作为参照值，记为ave_ref；
[0018]归一化模块，包括计算BlindTest组中每一个基因MAF值的归一化数值MAF
i
；
[0019]MAFScore判定模块，包括计算BlindTest组中每一个基因MAF归一化数值与最大值的差，获得差值MAF
d
，根据所述差值判定MAFScore。
[0020]根据第三方面，在一实施例中，提供一种基于MAF的评价设备，包括：
[0021]存储器，用于存储程序；
[0022]处理器，用于通过执行所述存储器存储的程序以实现如第一方面任一项所述的方法。
[0023]根据第四方面，在一实施例中，提供一种计算机可读存储介质，所述介质上存储有程序，所述程序能够被处理器执行以实现如第一方面任一项所述的方法。
[0024]在一实施例中，本专利技术通过子宫内膜癌、卵巢癌、非癌对照组20基因的检测结果分析，建立专有逻辑算法，用于子宫内膜癌和卵巢癌早期诊断。检测系统整体性能，灵敏度和
特异性均超过90％。
[0025]在一实施例中，本专利技术通过分子检测方法能够检测宫腔脱落细胞标本中是否存在癌症细胞，比常规方法更高的灵敏度和特本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于MAF的评价方法，其特征在于，包括：数据预处理步骤，包括获取待测样本的测序数据，去除标记非“exonic”的突变，去除UID小于阈值的突变，将待测样本的测序数据记为BlindTest组，对照样本记为Baseline组；比对步骤，将BlindTest组中的突变基因与Baseline组中的突变基因做对比，对于BlindT est组中任意一个样本，若其包含在Baseline组中不存在的突变基因、且该基因的突变MAF值大于阈值，则直接标记该样本的MAFScore＝1，否则MAFScore＝0；赋值步骤，包括针对Baseline组中每一个突变基因，计算其MAF的平均值，记为ave_i，计算其MAF的最大值，记为ave_m；参照值确定步骤，包括计算所有基因平均值ave_i的第X百分位数值作为参照值，记为ave_ref；归一化步骤，包括计算BlindTest组中每一个基因MAF值的归一化数值MAF
i
；MAFScore判定步骤，包括计算BlindTest组中每一个基因MAF归一化数值与最大值的差，获得差值MAF
d
，根据所述差值判定MAFScore。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，数据预处理步骤中，UID阈值为100～3000。3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，比对步骤中，MAF的阈值为1％；或，参照值确定步骤中，第X百分位数值为第25百分位数值。4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，归一化步骤中，计算公式为MAF
i
＝MAF*av e_ref/ave_i。5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，MAFScore判定步骤中，计算公式为MAF
d
＝MAF
i
‑
ave_m。6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，MAFScore判定步骤中，选择MAF
d
的第Y百分位数值作为阈值，记为thre；或，MAFScore判定步骤中，所述第Y百分位数值为第99.0～99.9百分位数值；或，MAFScore判定步骤中，若有任一个MAFd&gt...

【专利技术属性】
技术研发人员：姚小明，张雅妮，徐世美，郑乐，
申请(专利权)人：深圳凯瑞思医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：