肝癌预后标志物筛选系统及方法、肝癌预后风险评估系统技术方案

本发明专利技术提供了一种肝癌预后标志物筛选系统及方法、肝癌预后风险评估系统。肝癌预后标志物筛选系统包括数据采集分析模块和筛选模块。数据采集分析模块在TCGA和GEO数据库中下载肝癌与癌旁配对组织基因表达信息以及样本的总生存期数据，从肿瘤铜死亡基因中分析出肝癌铜死亡基因。筛选模块在TCGA中肝癌与癌旁组织样本中做基因差异性表达分析，构建差异性表达基因集合；另外在TCGA肝癌组织样本中将所有基因与肝癌铜死亡基因做相关性分析，构建肝癌铜死亡基因相关基因集合；将两集合中的基因取交集，结合对应样本的预后数据，依次利用单因素分析、LASSO回归法联合逐步回归的多因素分析筛选得到肝癌铜死亡预后相关基因。本发明专利技术可提高预后预测和治疗选择的准确性。提高预后预测和治疗选择的准确性。提高预后预测和治疗选择的准确性。

【技术实现步骤摘要】
肝癌预后标志物筛选系统及方法、肝癌预后风险评估系统


[0001]本专利技术涉及生物医学
，尤其涉及肝癌预后标志物筛选系统及方法、肝癌预后风险评估系统。

技术介绍

[0002]肝癌是全球癌症相关死亡率最高的肿瘤之一，肝脏是第六大常见的原发性癌症。目前诊断和治疗方法日益增多，但超过50％的HCC患者确诊时已处于晚期，并且70％的患者在治疗后5年内出现复发。由于肿瘤化疗耐药和复发，患者的5年生存率仍然较低。早期HCC通常是可切除的，但晚期HCC除了消融、经动脉化疗栓塞或外照射的局部治疗外，往往还需要索拉非尼进行系统治疗。早期筛查并及早诊断治疗是肝癌患者避免错过手术时机和后期化疗耐药、肿瘤复发的第一道防线。早期诊断同时可以识别并区分低危和高危患者人群，预测患者预后情况，实现精准个性化治疗。因此，及早诊断、治疗前评估患者的预后风险，准确分层是选择适合的治疗方法、提高临床治疗效益、改善患者预后的关键。但是目前并无有效及准确的肝癌预后风险评估工具。
[0003]铜死亡是细胞程序性死亡(Programmed Cell Death，PCD)方式之一本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种肝癌预后标志物筛选系统，其特征在于，包括：数据采集分析模块，所述数据采集分析模块用于在TCGA和GEO数据库中下载肝癌与癌旁配对组织基因表达信息以及样本的总生存期数据，还用于从若干肿瘤铜死亡基因中进行差异表达分析，从而分析出在TCGA肝癌配对样本中具有差异性表达的若干肝癌铜死亡基因；筛选模块，所述筛选模块用于在TCGA中肝癌与癌旁组织样本中做基因差异性表达分析，根据第一筛选标准构建差异性表达基因集合；另外在TCGA肝癌组织样本中将所有基因与肝癌铜死亡基因做相关性分析，根据第二筛选标准构建肝癌铜死亡基因相关基因集合；然后将差异性表达基因集合和肝癌铜死亡基因相关基因集合中的基因取交集，结合对应样本的预后数据，依次利用单因素分析、LASSO回归法联合逐步回归的多因素分析筛选得到肝癌铜死亡预后相关基因，即肝癌预后标志物。2.如权利要求1所述的肝癌预后标志物筛选系统，其特征在于，进一步包括验证模块，所述验证模块用于在真实世界肝癌样本队列中，利用PCR技术检测肝癌预后标志物的mRNA表达量，以表达量的中位数为界值进行风险等级分组并进行风险因素相关分析，从而检测各基因表达和患者生存状态预后的相关性。3.如权利要求1所述的肝癌预后标志物筛选系统，其特征在于，所述第一筛选标准为|log2差异倍数|>1且P<0.05，所述第二筛选标准为|相关系数|>0.4且P<0.05。4.如权利要求1
‑
3任一项所述的肝癌预后标志物筛选系统，其特征在于，所述肿瘤铜死亡基因和所述肝癌铜死亡基因均为FDX1、LIAS、LIPT1、DLD、DLAT、PDHA1、PDHB、MTF1、GLS和CDKN2A。5.如权利要求1
‑
4任一项所述的肝癌预后标志物筛选系统，其特征在于，所述肝癌预后标志物为SPC24，GOT2，SRXN1，SAC3D1，CDCA8，NCAPD2，ATAD5，SYDE2，MCM10,N4BP3，NR2C2AO，BESP1，ACAT2和UNC119B。6.一种肝癌预后风险评估系统，其特征在于，包括：训练模块，所述训练模块用于选用TCGA中肝癌组织样本的基因表达数据作为训练集，利用权利要求1
‑
5任一项所述的肝癌预后标志物筛选系统筛选得到的肝癌预后标志物的PCR检测的mRNA表达水平来构建用于计算风险值的预后风险评分...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵雅婷，孙枫原，冯拥璞，孔祥毓，孔凡扬，李磊，张启晨，杜奕奇，
申请(专利权)人：中国人民解放军海军军医大学第一附属医院，
类型：发明
国别省市：