适用于西瓜种群结构分析和品种鉴定的分子标记及用法制造技术

本发明专利技术属于蔬菜农艺性状分子标记开发和分子标记辅助育种技术领域，具体涉及一种适用于筛选选育西瓜品种的特异性标记，为后续的品种保护与良种繁育提供高通量辅助技术。本发明专利技术公开了适用于西瓜种群结构分析和品种鉴定的分子标记，为44个核心SNP标记；本发明专利技术还同时公开了用于扩增上述SNP标记的KASP引物；本发明专利技术还同时公开了上述分子标记在西瓜种群结构分析和品种鉴定中的应用。析和品种鉴定中的应用。析和品种鉴定中的应用。

【技术实现步骤摘要】
适用于西瓜种群结构分析和品种鉴定的分子标记及用法


[0001]本专利技术属于蔬菜农艺性状分子标记开发和分子标记辅助育种
，具体涉及一种适用于筛选选育西瓜品种的特异性标记，为后续的品种保护与良种繁育提供高通量辅助技术。

技术介绍

[0002]西瓜属葫芦科，原产于非洲，是重要的经济作物，由于其生长周期短、市场需求量大在世界果蔬生产和消费中具有重要的地位[1]。随着人们生活方式和物质需要的改变，大家对西瓜产品的品质需求就渐渐提高，市场对西瓜的品质、熟性、产量、耐贮运性等的要求也愈来愈高[2,3]。
[0003]种质资源是进行育种工作的基础，由于西瓜育种过程中一些骨干亲本种质被反复利用，导致遗传背景越来越窄，是当前西瓜育种面临的一大瓶颈[4]。除了遗传背景受到影响以外，市场上同物异名或同名异物的情况时有发生。此外，杂交种的纯度关系到种子的质量，也直接关系到农民的收益。通过表型观察来判断品种异同与纯度存在可靠性差和通量低的问题。而筛选并构建特异性分子标记群，将有利于育种工作的种质资源评价、杂交亲本选择和杂交种子纯度鉴定等环节的效率提升[5,6]。
[0004]常用的品种鉴定方法主要有形态学鉴定法，生化标记鉴定法，分子标记鉴定法，而不同的鉴定法都有其优劣性[7]。形态学鉴定法主要是根据植株形态特征进行DUS测试，具有鉴定周期长、易受环境影响等特点。而生化标记鉴定法主要分为同工酶标记和蛋白质标记，但容易受到植株发育状况的影响。相较于其他鉴定方法，分子标记鉴定法则具有其明显的优越性。利用分子标记可以快速区别各种不同的西瓜种质资源的遗传背景[8]，选育符合条件的西瓜品种，缩短育种周期。常用的分子标记例如RFLP、RAPD、SSR等，各种分子标记被用于构建DNA指纹图谱以便进行西兰花[9]、甘蓝[10]、卷心菜[11]、黄瓜[12]、苹果[13]等植物的品种保护和种质鉴定。因SSR标记数量和检测通量有限、检测成本偏高、数据读取费时耗力，而SNP直接以序列变异作为标记，可以直接区分出两个个体遗传物质之间的差异，可以更好弥补SSR标记的缺陷[14～16]，便逐渐取代了SSR的地位。作为第三代分子标记，SNP数量多，分布广泛，且易于基因分型。KASP是一种近期发展并普及的单核苷酸多态性(SNP)基因分型方法，只需要少量的SNP标记就可以对不同的样本进行基因分型，适于多样本、少位点的检测，具有高效、灵活、准确、低成本的特点[17]。许勇[18]等公布了一个改进的西瓜参考基因组和414份代表西瓜属所有现存物种的全基因组重测序数据，这给利用SNP标记对我们特有西瓜品种进行品种鉴定奠定了重要基础。
[0005]浙蜜8号是浙江大学农业与生物技术学院与浙江勿忘农种业股份有限公司合作选育的设施西瓜新品种[19]。为早中熟品种，口感和品质俱佳，耐储运性能较好的优良品种。浙蜜8号的父本为ZJU155，浙蜜8号的母本为ZJU156。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.适用于西瓜种群结构分析和品种鉴定的分子标记，其特征在于为44个核心SNP标记的至少任一，所述44个核心SNP标记为：1号位于chr1染色体31638093bp处；2号位于chr1染色体32741354bp处；3号位于chr1染色体32801791bp处；4号位于chr1染色体36063959bp处；5号位于chr2染色体26422791bp处；6号位于chr2染色体29657545bp处；7号位于chr2染色体36942745bp处；8号位于chr3染色体3280836bp处；9号位于chr3染色体7072873bp处；10号位于chr3染色体21745227bp处；11号位于chr4染色体2298062bp处；12号位于chr4染色体16129879bp处；13号位于chr4染色体22192188bp处；14号位于chr4染色体23194919bp处；15号位于chr5染色体5822768bp处；16号位于chr5染色体16739711bp处；17号位于chr5染色体22657712bp处；18号位于chr5染色体35533958bp处；19号位于chr6染色体8462220bp处；20号位于chr6染色体20873833bp处；21号位于chr6染色体23191778bp处；22号位于chr6染色体29327724bp处；23号位于chr7染色体254201bp处；24号位于chr7染色体9265010bp处；25号位于chr7染色体23229370bp处；26号位于chr7染色体26717084bp处；27号位于chr7染色体26735945bp处；28号位于chr7染色体30209712bp处；29号位于chr7染色体31057721bp处；30号位于chr8染色体15475257bp处；31号位于chr8染色体21252654bp处；32号位于chr8染色体22965409bp处；33号位于chr9染色体1544962bp处；34号位于chr9染色体12687223bp处；35号位于chr9染色体30737297bp处；36号位于chr10染色体3790134bp处；37号位于chr10染色体5083461bp处；38号位于chr10染色体21514222bp处；39号位于chr10染色体22866661bp处；40号位于chr10染色体25193262bp处；41号位于chr11染色体1041915bp处；42号位于chr11染色体5412848bp处；43号位于chr11染色体26788771bp处；44号位于chr11染色体28689632bp处。2.用于扩增如权利要求1所述SNP标记的KASP引物，其特征在于为如下：SNP01：No.1(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGCGGGTTCGTTGTCTTCTATAACANo.2(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGCGGGTTCGTTGTCTTCTATAACGNo.3(R)：GTGCGGGAAAAAACCTTTAGGTTTCSNP02：No.4(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCGGGAAAAGGTGTTCGTGTGNo.5(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCGGGAAAAGGTGTTCGTGTANo.6(R)：CATGCCAGTATCTTGCCAAGGSNP03：No.7(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGCCGCTGGTTCTAACTTGGTANo.8(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGCCGCTGGTTCTAACTTGGTGNo.9(R)：CTCCGAACACGATTATCGCCSNP04：No.10(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTGTATCAAGGAAGAGTTGCGGNo.11(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTGTATCAAGGAAGAGTTGCGANo.12(R)：GACCTGGGGAAGAAAATGCAATTGGSNP05：No.13(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTTGAGGTGGGAAAGAATTTGCTCNo.14(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTTGAGGTGGGAAAGAATTTGCTGNo.15(R)：GGATCAAGTGCCTCATATTTTCCAGSNP06：
No.16(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTACAAGAGCGACCTCGGAGTTNo.17(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTACAAGAGCGACCTCGGAGTCNo.18(R)：CTCTAATGGGGACATCCGAGSNP07：No.19(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCTCTCCAGTAACTTTACTCAACCCNo.20(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCTCTCCAGTAACTTTACTCAACCANo.21(R)：AGAAACCCAAGCGAGGCGTSNP08：No.22(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTTCTTGCCATCAATGGTGTGCTCANo.23(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTTCTTGCCATCAATGGTGTGCTCGNo.24(R)：GAGGTGGATACATGGAAATGAATGGSNP09：No.25(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTACCCCGTTGGTTGTACCGTNo.26(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTACCCCGTTGGTTGTACCGCNo.27(R)：GGGTGTCTACAAGGTCTTTGAACTTSNP10：No.28(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGAAAGTGTCCTTGTTGACCTCGNo.29(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGAAAGTGTCCTTGTTGACCTCANo.30(R)：TCAAGCTTGGAGACTGCCGSNP11：No.31(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTCTTATGTGTATAAGTGACGCTNo.32(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTCTTATGTGTATAAGTGACGCGNo.33(R)：ACTCATGACAGCAAAACTTCCAASNP12：No.34(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGACTGCCGGAGAAGAACCANo.35(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGACTGCCGGAGAAGAACCGNo.36(R)：CCCGAAATTCTGAATCTTTCCGTTCSNP13：No.37(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGAGGTGGAGGAGAGTGATATACTNo.38(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGAGGTGGAGGAGAGTGATATACANo.39(R)：GGAGTATAAATCACCACCACCTCCTSNP14：No.40(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTTGCAATACCAAAAATGAGGGCGNo.41(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTTGCAATACCAAAAATGAGGGCANo.42(R)：GAAGATGAGATACAACCTCAGAAGGSNP15：No.43(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGATAACAATACTTGGCTTGCCACGNo.44(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGATAACAATACTTGGCTTGCCACANo.45(R)：GGAGTTCATTGGTAGAAGAGTTTGCSNP16：No.46(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGAAAGATACCTGCTTCAAGTGGTNo.47(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGAAAGATACCTGCTTCAAGTGGCNo.48(R)：CAGCCTCAGAATCCAACTGAASNP17：No.49(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTATCCTTTGCTTGAGTTCAACCATGNo.50(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTATCCTTTGCTTGAGTTCAACCATTNo.51(R)：ATCCAGATCCTCGGCTTCTSNP18：No.52(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGATCGGAATGCACAGTTATTGGCNo.53(HEX)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGATCGGAATGCACAGTTATTGGTNo.54(R)：CTTGTGATCATCCTTGAGGTGGSNP19：
No.55(FAM)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGGAAATCGTTTTTGGGTGGCNo.56(HEX)...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡仲远，张明方，付梦芸，杨景华，
申请(专利权)人：海南浙江大学研究院，
类型：发明
国别省市：