一种评估非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应的生物标志物制造技术

本发明专利技术提供一种评估非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应的生物标志物，非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应相关的生物标志物为CD266蛋白；非小细胞肺癌免疫治疗疗效及预后相关的生物标记物为DNMT3A基因。本发明专利技术应用新一代的基因测序、多组学及生物信息学分析工具和文献挖掘方法筛选出敏感性较好的肺癌免疫治疗疗效、预后及不良反应评估相关的生物标志物。物。物。

【技术实现步骤摘要】
一种评估非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应的生物标志物


[0001]本专利技术具体涉及一种评估非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应的生物标志物。

技术介绍

[0002]肺癌是全球发病率最高及死亡率最高的恶性肿瘤，发病率和死亡率分别占全部肿瘤的11.6％和18.4％。目前，用于晚期肺癌患者的治疗方法主要为手术、化疗和放疗等传统的肿瘤治疗手段，但治疗效果欠佳。近年来，铂类化疗仍然作为无靶向驱动基因突变的晚期非小细胞肺癌患者的一线治疗选择。其客观缓解率(objective response rate,0RR)为25％～35％,中位总生存期(overall survival,OS)和中位无进展生存期(progression
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free survival,PFS)分别为8T0和4
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6个月。伴随着表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)等致癌驱动基因相继被鉴定，靶向治疗如EGFR
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酪氨酸激酶抑制剂(EGFR
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tyrosine kinase inhibitors,EGFR
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TKIs)为NSCLC患者带来了希望。尽管EGFR
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TKIs在NSCLC治疗领域获得了巨大的成功,随之而来的耐药问题仍然不可避免，并且驱动基因阴性患者的治疗方式十分有限，晚期患者的预后仍较差。因此，亟需新的治疗策略和研发新的药物，如免疫治疗改善NSCLC患者的治疗现状。
[0003]2015年，美国食品药品监督管理局批准了首个用于治疗晚期非小细胞肺癌的免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)程序性死亡蛋白1(programmed cell death protein
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1,PD
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1)抗体纳武单抗(Nivolumab)，标志着免疫治疗在继化疗和靶向治疗之后，成为晚期NSCLC第三大治疗手段。由于肿瘤细胞通过表达ICIs信号如程序性死亡蛋白配体1(programmed death
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ligand 1,PD
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L1),并与受体PD
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1结合，抑制细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic lymphocyte,CTL)的细胞活性，诱导T细胞发生凋亡最终逃脱免疫监视。目前临床中应用的ICIs主要是通过竞争性的与肿瘤细胞表面的免疫抑制分子PD
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L1结合，从而阻断其与免疫细胞表面的受体PDT之间的信号转导，重新激活T细胞发挥免疫监视作用。4项III期临床研究(CheckMate
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017、CheckMate
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057、KEYN0TE
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010和OAK)均将PDT抑制剂(Nivolumab和Pembrolizumab)和PD
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L1抑制剂(Atezolizumab和Durvalumab)作为伯类化疗一线治疗失败后的NSCLC患者二线治疗方案。结果表明,PD
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1和PD
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L1抑制剂较多西他赛方案均有较显著的临床疗效。此外，Nivolumab组和多西他赛组的ORR分别为20％和9％(P＝0.008),1年生存率分别为42％和24％,不良反应率分别为7％和55％,且PD
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L1的表达状态不影响Atezolizuma在鳞癌及腺癌的二线治疗中的疗效。基于以上随机临床研究的结果，美国FDA已批Pembrolizumab>Nivolumab、Atezolizumab及Durvalumab应用于晚期NSCLC的二线治疗。Keynote
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042研究结果表明，Pembrolizumab在PD
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L1阳性表达肿瘤细胞所占百分比大于等于1％ NSCLC患者的一线治疗中显示出较好的疗效，且随着PD
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L1表达的增加，患者获益更为显著。虽然免疫治疗尤其是免疫检查点抑制剂能使非小细胞肺癌的有效人群可能长期获益。但非小细胞肺癌中非选择性人群的客观缓解率仅为10％～20％,甚至部分患者在接受免疫治疗后存在肿瘤加速生长的现象，这在NSCLC患者中发生率高达33％
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44％,这
种现象被称为快速进展(HPD)。一旦发生HPD后，HPD组较非HPD组患者的中位0S显著缩短，免疫治疗的疗效显著下降,病情恶化，预后不良。因此优势人群的筛选仍十分重要。PD
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L1是目前最常用的免疫治疗的疗效预测标志物，但仍存在一定的局限性，不能作为常规标志物应用于临床。另有相关研究表明：肿瘤突变负荷、肿瘤浸润淋巴细胞、微卫星不稳定等都是预测免疫治疗疗效的重要生物标志物。但也有不足之处，现有的生物标志物仍不能有效的指导优势人群的选择及疗效的评价，并且检测费用高，无法早期预测少见甚至罕见的严重不良反应等。因此，探寻合适的免疫治疗生物标志物，进而精准的选择出免疫治疗潜在的获益人群成为当务之急。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于针对现有技术的不足，提供一种非小细胞肺癌免疫治疗生物标记物筛选方法，该非小细胞肺癌免疫治疗生物标记物筛选方法可以很好地解决上述问题。
[0005]为达到上述要求，本专利技术采取的技术方案是：一种评估非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应的生物标志物，该生物标志物具体如下：
[0006]非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应相关的生物标志物为CD266蛋白；
[0007]非小细胞肺癌免疫治疗疗效及预后相关的生物标记物为DNMT3A基因。
[0008]本专利技术具有的优点如下：
[0009]通过新一代测序法检测经PD1/PDL1免疫检测点抑制剂治疗的肺癌患者血液及组织标本中的基因表达，根据患者的疗效分为免疫治疗敏感组和免疫治疗耐受组,观察两组患者的疗效及不良反应，应用生物信息学分析工具和文献挖掘方法筛选出几个差异表达最明显的参与免疫的调节的基因。应用分子生物学技术在DNA、RNA和蛋白质三个水平分别对候选基因进行检测，最终筛选出敏感性最好的非小细胞肺癌免疫治疗疗效和不良反应评估相关的生物标志物。
附图说明
[0010]此处所说明的附图用来提供对本申请的进一步理解，构成本申请的一部分，在这些附图中使用相同的参考标号来表示相同或相似的部分，本申请的示意性实施例及其说明用于解释本申请，并不构成对本申请的不当限定。在附图中：
[0011]图1示意性地示出了根据本申请一个实施例的非小细胞肺癌免疫治疗生物标记物筛选方法的技术路线图。
具体实施方式
[0012]为使本申请的目的、技术方案和优点更加清楚，以下结合附图及具体实施例，对本申请作进一步地详细说明。
[0013]在以下描述中，对“一个实施例”、“实施例”、“一个示例”、“示例”等等的引用表明如此描述的实施例或示例可以包括特定特征、结构、特性、性质、元素或限度本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种评估非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应的生物标志物，其特征在于：非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应相关的生物标志物为CD266蛋白；非小细胞肺癌免疫治疗疗效及预后相关的生物标记物为DNMT3A基因。2.一种非小细胞肺癌免疫治疗生物标记物筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：筛选出敏感性最好的肺癌免疫治疗疗效、预后及不良反应评估相关的生物标志物；S2：通过生物信息学分析工具，将初筛得到的基因差异表达基因进行至少两次筛选，进一步选择更适合的候选基因进行多组学测序，从而筛选出最终候选标志物；S3：应用多组学筛查技术在40例非小细胞肺癌肿瘤组织标本的DNA、RNA和蛋白质三个水平筛选差异表达的基因，找到共同的候选基因10余个；S4：进行文献复习，并利用生物信息学工具进行分析，最终选择敏感性最好的肺癌免疫治疗疗效、预后及不良反应评估相关的生物标志物3个；S5：对具有潜在阳性价值的所述3个生物标志物进行后期实验室及临床多中心的临床验证。S6：建立一种非小细胞肺癌免疫治疗高特异性和敏感性且安全无创的早期预测及预后评估bio
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marker；筛选出非小细胞肺癌免疫治疗预测标志物1，预测非小细胞肺癌免疫治疗预后及不良反应相关的生物标志物为CD266；筛选出非小细胞肺癌免疫治疗预测标志物2，预测非小细胞肺癌免疫治疗疗效及预后相关的生物标记物为DNMT3A。3.根据权利要求2所述的非小细胞肺癌免疫治疗生物标记物筛选方法，其特征在于，步骤S1中应用最新一代的基因测序及生物信息学分析工具和文献挖掘方法及进行生物标志物的筛选。4.根据权利要求3所述的非小细胞肺癌免疫治疗生物标记物筛选方法，其特征在于，所述文献挖掘方法具体如下：选择6项接受免疫检查点抑制剂治疗的非小细胞肺癌队列，分别为Yeon Kim et.al,Hwang et.al,Rizvi et.al,Miaoet.al,Samstein et.al和Prat et.al；所述Hwang et.al,Prat et.al和Yeon Kim et.al队列中包含表达数据和临床预后数据；所述Rizvi et.al,Miao et.al和Samstein et.al队列中包含突变数据和临床预后数据；对于表达数据，根据每个基因的中位值将其分别高表达组和低表达组；对于突变数据，根据maftools R包中对非同义突变的定义，将每个基因的非同义突变状态根据突变型和野生型分组；对于拷贝数变异数据，将非小细胞肺癌患者分为扩增组和非扩增组或缺失组和非缺失组；使用单因素cox回归模型来分析每个基因，高表达versus低表达；突变型versus野生型，扩增组versus非扩增组或缺失组versus...

【专利技术属性】
技术研发人员：李晓华，白义凤，赵芷婧，王桂芳，曾雪峰，
申请(专利权)人：成都市第六人民医院，
类型：发明
国别省市：