一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法技术

本发明专利技术公开了一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法，涉及生物信息分析技术领域。包括以下步骤：S101，合并多个组别的单细胞转录组表达谱；S102，对合并后的单细胞转录组表达谱中的所有细胞进行分群；S103，对各细胞群进行细胞类型的鉴定；S104，筛选出同时存在于两个或两个以上组别的细胞类型，提取该细胞类型的共存表达谱；S105，根据所述共存表达谱计算出对应细胞类型的差异富集得分；S106，将所述细胞类型按照差异富集得分从大到小进行排名。本法买那个能够评估多组比较下单细胞表达谱差异大小与差异富集程度的确切指标，为科学选择后续研究方向提供依据。科学选择后续研究方向提供依据。科学选择后续研究方向提供依据。

【技术实现步骤摘要】
一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法


[0001]本专利技术涉及生物信息分析
，尤其涉及一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法。

技术介绍

[0002]单细胞转录组学、单细胞ATAC组学（单细胞染色质转座酶可及性的高通量分析）、单细胞表观遗传组学等单细胞层级的测序技术可以获得单个细胞内数千个、数万个基因的RNA和染色质信息，全面展示了各个细胞之间的基因表达差异。高通量的单细胞测序平台（如10X Genomics的相关平台）利用微流控、油滴包裹和barcode标签等技术，可以实现高通量的细胞分选与捕获，能够一次性分离、并标记数百乃至数万个细胞，经过扩增、测序等处理后可获得每个细胞的转录组或染色质、位点甲基化等信息，具有细胞通量高、建库成本低、效率高等优势。结合不同细胞类型的标志性信号特征（标记基因）或细胞类型标记算法（如SingleR），该技术可以用于分析不同类型细胞的表达、染色质或甲基化特征，进而用于生物发育、疾病发展、免疫变化等方面的研究。
[0003]单细胞组学数据的分析通常包含以下步骤：过滤低质量细胞、鉴定细胞本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法，其特征在于，包括以下步骤：S101，合并多个组别的单细胞转录组表达谱；S102，对合并后的单细胞转录组表达谱中的所有细胞进行分群；S103，对各细胞群进行细胞类型的鉴定；S104，筛选出同时存在于两个或两个以上组别的细胞类型，提取该细胞类型的共存表达谱；S105，根据所述共存表达谱计算出对应细胞类型的差异富集得分；S106，将所述细胞类型按照差异富集得分从大到小进行排名。2.根据权利要求1所述的一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法，其特征在于，所述差异富集得分的计算方法如下：S1051，基于共存表达谱，求得该细胞类型的总特征表达谱；S1052，按照组别将所述总特征表达谱分割为若干子特征表达谱；S1053，计算每一子特征表达谱与对应的总特征表达谱的距离；S1054，对其余共存表达谱重复S1051至S1053，获得对应的距离；S1055，对所有距离按照从大到小进行排序，赋予排名；S1056，基于排名求得细胞类型的差异富集得分：S1056，基于排名求得细胞类型的差异富集得分：S1056，基于排名求得细胞类型的差异富集得分：其中，代表差异富集得分，代表排名，代表同属细胞类型的距离对应的排名集合，下标代表细胞类型，下标代表组别；代表排名总数；代表同属于细胞类型的组别数量；为富集权重，。3.根据权利要求2所述的一种基于多组比...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈哲名，
申请(专利权)人：杭州联川生物技术股份有限公司，
类型：发明
国别省市：