拉氏鱥微卫星标记组合及引物对组合物及应用制造技术

本发明专利技术公开了拉氏鱥微卫星标记组合及引物对组合物及应用，拉氏鱥微卫星标记组合，该组合包括微卫星标记：PL02、PL08、PL09、PL12、PL17、PL19、PL25、PL27、PL36、PL42、PL44、PL60、PL62、PL63、PL65和PL68，所述微卫星标记的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.16所示。本发明专利技术的拉氏鱥卫星标记是从转录组序列中筛选出的微卫星标记，出现无效等位基因的概率小。本发明专利技术提供的微卫星标记弥补了拉氏鱥微卫星标记的空白，可为拉氏鱥群体遗传学分析，遗传多样性检测，亲缘关系鉴定，分子标记辅助育种提供有力工具。种提供有力工具。

【技术实现步骤摘要】
NO.20；
[0012]检测第3微卫星标记PL09的引物对：正向引物为SEQ ID NO.21，反向引物为SEQ ID NO.22；
[0013]检测第4微卫星标记PL12的引物对：正向引物为SEQ ID NO.23，反向引物为SEQ ID NO.24；
[0014]检测第5微卫星标记PL17的引物对：正向引物为SEQ ID NO.25，反向引物为SEQ ID NO.26；
[0015]检测第6微卫星标记PL19的引物对：正向引物为SEQ ID NO.27，反向引物为SEQ ID NO.28；
[0016]检测第7微卫星标记PL25的引物对：正向引物为SEQ ID NO.29，反向引物为SEQ ID NO.30；
[0017]检测第8微卫星标记PL27的引物对：正向引物为SEQ ID NO.31，反向引物为SEQ ID NO.32；
[0018]检测第9微卫星标记PL36的引物对：正向引物为SEQ ID NO.33，反向引物为SEQ ID NO.34；
[0019]检测第10微卫星标记PL42的引物对：正向引物为SEQ ID NO.35，反向引物为SEQ ID NO.36；
[0020]检测第11微卫星标记PL44的引物对：正向引物为SEQ ID NO.37，反向引物为SEQ ID NO.38；
[0021]检测第12微卫星标记PL60的引物对：正向引物为SEQ ID NO.39，反向引物为SEQ ID NO.40；
[0022]检测第13微卫星标记PL62的引物对：正向引物为SEQ ID NO.41，反向引物为SEQ ID NO.42；
[0023]检测第14微卫星标记PL63的引物对：正向引物为SEQ ID NO.43，反向引物为SEQ ID NO.44；
[0024]检测第15微卫星标记PL65的引物对：正向引物为SEQ ID NO.45，反向引物为SEQ IDNO.46；
[0025]检测第16微卫星标记PL68的引物对：正向引物为SEQ ID NO.47，反向引物为SEQ ID NO.48；
[0026]上述引物对组合物在拉氏鱥遗传多样性检测中的应用。
[0027]上述的应用包括如下步骤：
[0028](1)拉氏鱥基因组DNA的提取；
[0029](2)微卫星标记的PCR扩增：在引物对组合物中的正向引物5
’
端连接荧光基团进行修饰，以拉氏鱥基因组DNA为模板，用对应的修饰的正向引物，和反向引物进行PCR扩增，获得扩增产物；
[0030](3)扩增产物在ABI 3730XL基因分析仪上进行分型，用GS
‑
500LIZ作为内参，用peak Scanner Software v1.0软件读取个体的基因型；
[0031](4)遗传多样性分析：根据每个个体微卫星标记的基因型，利用PopGene 32计算遗传多样性参数。
[0032]本专利技术的优点：
[0033]1、本专利技术的拉氏鱥卫星标记是从转录组序列中筛选出的微卫星标记，出现无效等位基因的概率小。
[0034]2、本专利技术提供的微卫星标记弥补了拉氏鱥微卫星标记的空白，可为拉氏鱥群体遗传学分析，遗传多样性检测，亲缘关系鉴定，分子标记辅助育种提供有力工具。
具体实施方式
[0035]下面结合实施例对本专利技术进行详细说明，有必要在此指出的是本实施例是本专利技术的一部分实施例，但不能理解为对本专利技术保护范围的限制，本领域的技术熟练人员根据上述本专利技术的内容做出一些非本质的改进和调整，都属于本专利技术保护的范围。
[0036]实施例1
[0037]1.拉氏鱥微卫星标记的获得：本专利技术采用转录组测序技术获得拉氏鱥的大量微卫星标记。
[0038]2.拉氏鱥基因组DNA的提取：采用TaKaRa MiniBEST Universal Genomic DNA提取试剂盒提取拉氏鱥(市售)基因组DNA。
[0039]3.微卫星标记的筛选：
[0040]从获得的拉氏鱥微卫星标记中挑选了重复单元为3
‑
5碱基，且重复5次以上，产物长度在200bp以内的68个位点作为候选微卫星位点，用Primer3软件进行引物设计，并在105尾个体中进行遗传多样性检测。将5
‑
6尾拉氏鱥基因组DNA混合作为模板(本实施例用了5尾)，用68对引物进行温度梯度PCR扩增，以筛选出每对引物的最佳退火温度。用2％的琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物，选择扩增条带单一且明亮的16对引物(表1)重新合成荧光引物用于遗传多样性检测，所有引物均在上海生工生物工程股份有限公司进行合成。
[0041]本专利技术中拉氏鱥微卫星标记，拉氏鱥微卫星标记的引物和对应的引物信息如表1：
[0042]表1微卫星引物序列信息
[0043][0044]4.微卫星标记扩增和遗传多样性检测
[0045]选择105尾拉氏鱥基因组DNA进行遗传多样性检测，PCR扩增体系为15μL，包括2
×
PCR Mix 7.5μL，正向和反向引物各0.2μL，超纯水5.6μL，DNA模板1.5μL。PCR反应程序为95℃预变性5min；95℃变性30s，60℃退火45s，72℃延伸1min，反应进行33个循环；最后72℃再延伸10min。扩增产物在ABI 3730XL基因分析仪上进行分型，用GS
‑
500LIZ作为内参，用peak Scanner Software(v1.0)软件读取个体的基因型。利用PopGene 32软件进行等位基因(Ao)、有效等位基因(Ae)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)遗传多样性指标计算。
[0046]5.结果
[0047]105尾拉氏鱥遗传多样性检测结果见表2。16个位点平均等位基因数为4.75，有效等位基因数为2.42，平均观测杂合度为0.30；平均期望杂合度为0.51；平均多态信息含量为0.46。
[0048]表2微卫星引物在105尾拉氏鱥个体中的分型结果
[0049][0050]注：Ao为等位基因数目，Ae为有效等位基因数目，Ho为观察杂合度，He为期望杂合度，PIC为多态含量。
[0051]本专利技术获得的16个微卫星标记：PL02、PL08、PL09、PL12、PL17、PL19、PL25、PL27、PL36、PL42、PL44、PL60、PL62、PL63、PL65、PL68的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.16所示。
[0052]本专利技术提供的16对微卫星标记可为拉氏鱥群体遗传学分析，遗传多样性检测，亲缘关系鉴定，分子标记辅助育种提供有力工具。
本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.拉氏鱥微卫星标记组合，其特征在于该组合包括微卫星标记：PL02、PL08、PL09、PL12、PL17、PL19、PL25、PL27、PL36、PL42、PL44、PL60、PL62、PL63、PL65和PL68，所述微卫星标记的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.16所示。2.检测权利要求1所述拉氏鱥微卫星标记组合的引物对组合物，其特征是所述引物对组合物包括如下引物对：检测第1微卫星标记PL02的引物对：正向引物为SEQ ID NO.17，反向引物为SEQ IDNO.18；检测第2微卫星标记PL08的引物对：正向引物为SEQ ID NO.19，反向引物为SEQ IDNO.20；检测第3微卫星标记PL09的引物对：正向引物为SEQ ID NO.21，反向引物为SEQ IDNO.22；检测第4微卫星标记PL12的引物对：正向引物为SEQ ID NO.23，反向引物为SEQ IDNO.24；检测第5微卫星标记PL17的引物对：正向引物为SEQ ID NO.25，反向引物为SEQ IDNO.26；检测第6微卫星标记PL19的引物对：正向引物为SEQ ID NO.27，反向引物为SEQ IDNO.28；检测第7微卫星标记PL25的引物对：正向引物为SEQ ID NO.29，反向引物为SEQ IDNO.30；检测第8微卫星标记PL27的引物对：正向引物为SEQ ID NO.31，反向引物为SEQ IDNO.32；检测第9微卫星标记PL36的引物对：正向引物为SEQ ID NO.33，反向引物为SEQ IDNO.34；检测第10微卫星标记PL42的引物对：正...

【专利技术属性】
技术研发人员：白晓慧，张韦，杨华，薄其康，刘克明，汪笑宇，李春燕，何晓旭，李晶晶，
申请(专利权)人：天津市水产研究所，
类型：发明
国别省市：