一种高粱重测序数据开发的SSR核心标记方法技术

本发明专利技术公开了分子生物技术领域的一种高粱重测序数据开发的SSR核心标记方法，该高粱重测序数据开发2的SSR核心标记方法包括如下步骤：SSR分子标记的开发：利用12份恢复系、14份不育系高粱材料的重测序数据以及BTX623参考基因组SSR位点信息，分析全基因组的SSR位点差异，进行不同重复单元核苷酸数目的分析，筛选标准是2个核苷酸重复6次以上，3个核苷酸重复5次以上，4个核苷酸重复4次以上，5、6个核苷酸重复3次以上，且在26份材料中至少3个多态，该方法标记的稳定性好、多态性高等优点，可有效的用于高粱亲缘关系、种子纯度的鉴定、指纹图谱的建立和分子标记辅助育种等方面的研究。图谱的建立和分子标记辅助育种等方面的研究。图谱的建立和分子标记辅助育种等方面的研究。

【技术实现步骤摘要】
一种高粱重测序数据开发的SSR核心标记方法


[0001]本专利技术涉及分子生物
，具体为一种高粱重测序数据开发的SSR核心标记方法。

技术介绍

[0002]高粱是禾本科高粱属一年生的单子叶植物，主要分布于亚洲、非洲和美洲，是世界上仅次于玉米、水稻、小麦、大麦的第五大作物。具有高产、抗旱、耐瘠薄、耐盐碱、耐高温、耐寒冷和抗涝等特点，主要用于食用、动物饲料、淀粉、酿酒、糖用、帚用和能源等。
[0003]随着生物信息学迅猛发展，分子标记技术已经广泛的应用分子标记辅助育种、高粱亲缘关系和种子纯度鉴定等领域。在真核生物中SSR分子标记主要以2
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6个核苷酸重复单位的形式存在。不同物种或者同一物种不同品种之间，重复次数也不近相同，进而导致SSR长度的变异，这些变异导致SSR具有丰富多态性。2009年美国高粱种质资源BTX623完成全基因组测序，但由于BTX623与国内高粱育种工作者广泛使用的亲本材料遗传背景存在较大差异，大大的降低了在基因组某些区域开发SSR标记的利用效率，也极大的限制高粱SSR分子标记的应用。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种高粱重测序数据开发的SSR核心标记方法，其特征在于：该高粱重测序数据开发的SSR核心标记方法包括如下步骤：S1：SSR分子标记的开发：利用12份恢复系、14份不育系高粱材料的重测序数据以及BTX623参考基因组SSR位点信息，分析全基因组的SSR位点差异，进行不同重复单元核苷酸数目的分析，筛选标准是2个核苷酸重复6次以上，3个核苷酸重复5次以上，4个核苷酸重复4次以上，5、6个核苷酸重复3次以上，且在26份材料中至少3个多态，根据筛选出的SSR位点信息，利用Primer5.0设计SSR标记。S2：通过CTAB法提取DNA。S3：SSR标记筛选、验证：在单拷贝基因的不同位置选取均匀分布在每条染色体的SSR共2200对，以遗传背景差异较大的BTX623和RIO的基因组DNA为模板，进行PCR扩增和变性聚丙烯酰胺电泳分析，初步筛选出420对有明显多态且条带相对单一的SSR标记，再利用43份高粱种质资源，进行复筛最终得到40对条带清晰稳定、重复性好和多态性高的SSR标记，再利用94份高粱杂交种对SSR标记进行验证。2.根据权利要求1所述的一种高粱重测序数据开发的SSR核心标记方法，其特征在于：所述步骤S1中SSR标记的标记长度18bp
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23bp，片段大小100bp
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400bp。3.根据权利要求2所述的一种高粱重测序数据开发的SSR核心标记方法，其特征在于：所述CTAB法提取DNA的方法包括如下步骤：A1：挑选30粒饱满无病害的种子进行水培育苗，当4片叶时进行混合取样约0.2g，置于2.0ml离心管，组织研磨仪低温下研磨成粉末，低温保存备用。A2：样品融化前加入1mL65℃中预热CTAB提取液，颠倒混匀后置于金属浴，65℃30min，每隔10min颠倒混匀。A3：室温下加入0.7m...

【专利技术属性】
技术研发人员：李金红，陆晓春，朱振兴，张丽霞，王平，王春语，丛玲，李政军，白春明，李丹，曲匡正，高桎鑫，张世睿，
申请(专利权)人：辽宁省农业科学院，
类型：发明
国别省市：