本发明专利技术公开了一种用于鉴定西瓜果肉硬度的KASP分子标记、引物及应用。KASP分子标记对应西瓜基因组(97103，V2)的第6号染色体第12831389位碱基，在硬肉西瓜中第6号染色体第12831389位碱基为G；在非硬肉西瓜中第6号染色体第12831389位碱基为A。该KASP分子标记与目标性状紧密连锁，能够用于鉴定或辅助鉴定西瓜果肉硬度，具有较高的准确率。该KASP分子标记检测方法可靠、操作简便、通量高，在西瓜育种和生产中可以规模化应用，在苗期可以准确快速地鉴定出西瓜果肉硬度，能够显著缩短表型鉴定周期，进而提高育种效率。进而提高育种效率。进而提高育种效率。
【技术实现步骤摘要】
用于鉴定西瓜果肉硬度的KASP分子标记、引物及应用
[0001]本专利技术属于基因
，具体涉及一种用于鉴定西瓜果肉硬度的KASP分子标记、引物及应用。
技术介绍
[0002]分子标记辅助选择是将分子标记应用于作物品种改良过程中进行选择的一种辅助手段，主要包括对目标性状的前景选择和对遗传材料的背景选择。可以快速检测到目标基因或者与目标性状基因紧密连锁的位点，达到选择目标性状的目的，具有快速、准确、不受环境条件干扰的优点。可以显著加快选择速度，缩短育种时间。
[0003]果肉硬度作为西瓜感官品质的重要属性，是衡量果实商品性的重要指标之一。果肉硬度影响口感，肉质太硬，汁液偏少，口感变差；肉质过于酥松，口感绵软，爽口度下降，同时不耐贮藏，货架期短。目前市场更青睐硬果肉的西瓜品种，耐储运且便于果实切片及拼盘，但大部分传统栽培品种果肉松脆，如何有效培育硬肉品种是目前西瓜育种工作的热点。
技术实现思路
[0004]本专利技术的目的在于提供一种用于鉴定西瓜果肉硬度的KASP分子标记，可以在苗期准确快速地鉴定出西瓜果肉硬度，能够显著缩短表型鉴定周期，进而提高育种效率。
[0005]为了达到上述目的，本专利技术提供了用于鉴定西瓜果肉硬度的KASP分子标记，所述KASP分子标记对应西瓜参考基因组97103V2版的第6号染色体第12831389位碱基，在硬肉西瓜果实中第6号染色体第12831389位碱基为G；在非硬肉西瓜果实中第6号染色体第12831389位碱基为A。
[0006]具体的，若植株基因型为AA，则西瓜果实为非硬肉，若植株基因型为GG或GA，则西瓜果实为硬肉；所述非硬肉西瓜果实硬度小于或等于2.0kg/cm2，所述硬肉西瓜果实硬度大于2.0kg/cm2。
[0007]本专利技术还进一步请求保护所述的KASP分子标记在西瓜分子标记辅助育种中的应用。
[0008]本专利技术还提供了一种用于鉴定所述的KASP分子标记的引物组，所述引物组包括FAM引物、VIC引物和COM引物，所述FAM引物序列如SEQ ID NO.1所示，所述VIC引物序列如SEQ ID NO.2所示，所述COM引物序列如SEQ ID NO.3所示。
[0009]本专利技术还进一步请求保护所述的引物组在西瓜分子标记辅助育种中的应用。
[0010]本专利技术还提供了一种鉴定或辅助鉴定西瓜果肉硬度的试剂盒，所述试剂盒包含FAM引物、VIC引物和COM引物，所述FAM引物序列如SEQ ID NO.1所示，所述VIC引物序列如SEQ ID NO.2所示，所述COM引物序列如SEQ ID NO.3所示。
[0011]本专利技术的另一目的是提供一种鉴定或辅助鉴定西瓜品种的方法，包括如下步骤：提取待测样品西瓜组织的DNA作为模板，利用权利要求5所述的引物组对DNA模板进行PCR扩增，得到如SEQ ID NO.4和/或SEQ ID NO.5序列所示的PCR扩增产物，对PCR扩增产物进行荧
光扫描，进行基因型分析，若基因型为AA，则为非硬肉西瓜品种，若基因型为GG或GA，则为硬肉西瓜品种。
[0012]通过实施本专利技术的技术方案，可以达到以下有益效果：
[0013](1)本专利技术利用重测序集团分离分析(BSR
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Seq)获得了控制西瓜果肉硬度的基因区间，通过转录组测序和自然群体的全基因组关联分析(GWAS)实现了目标基因的精细定位，开发出与目标性状紧密连锁的KASP分子标记，可用于西瓜分子标记辅助选择育种，提高对果肉硬度选择的准确性，加速育种进程；
[0014](2)本专利技术KASP分子标记检测方法可靠、操作简便、通量高，在西瓜育种和生产中可以规模化应用，在苗期可以准确快速地鉴定出西瓜果肉硬度，能够显著缩短表型鉴定周期，进而提高育种效率，且还具有工作量小、生产成本低等优点。
附图说明
[0015]图1为实施例3中F2部分株系基因型鉴定结果图。
具体实施方式
[0016]下面将对本专利技术实施例中的技术方案清楚、完整地进行描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0017]实施例1
[0018]本实施例获得了与西瓜果肉硬度紧密连锁的KASP分子标记
[0019](1)西瓜果肉硬度的测定
[0020]每份材料种植20株，于西瓜果实成熟期，选择坐瓜节位一致、果型一致的5个瓜，采用5点法(瓜柄端、花痕端、阴面、阳面和中心)用果实硬度计(FT011)测定西瓜果肉硬度，5个单瓜5个部位的平均值即代表该材料果肉硬度。根据西瓜果肉硬度的表型数据，以2.0kg/cm2为界限，果肉硬度超过2.0kg/cm2的定义为硬肉，果肉硬度小于2.0kg/cm2的定义为非硬肉。
[0021](2)杂交群体的BSR
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Seq分析
[0022]利用一个硬肉西瓜(PI595203，果肉硬度5.9kg/cm2)和一个非硬肉西瓜(中果京欣，果肉硬度1.24kg/cm2)纯合自交系进行杂交获得F1(果肉硬度3.68kg/cm2)，F1自交获得F2分离群体，从F2代分离群体中挑选出硬肉和非硬肉西瓜各30株，分别提取成熟期西瓜果肉RNA后，将30株硬肉西瓜RNA混合在一起，30株非硬肉西瓜RNA混合在一起。
[0023]利用Illumina HiSeq TM测序仪进行转录组测序，测序数据与西瓜参考基因组97103(http://cucurbitgenomics.org/organism/21)进行比对。鉴定出20636个SNP位点，利用这些SNPs进行生物信息学分析，计算混池SNP
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index值和ED值，对这两种关联分析方法的结果取交集，最终把控制西瓜果肉硬度的候选区间锚定于西瓜基因组2号染色体35657184位核苷酸和35667086位核苷酸、2号染色体35688059位核苷酸和37794383位核苷酸、6号染色体的10266228位核苷酸和22864361位核苷酸之间，这3个QTL共包含547个基因，其中有133个基因是有功能注释的，有功能注释的基因中有29个基因存在非同义突变。
[0024](3)硬肉和非硬肉西瓜果实转录组测序分析
[0025]对一个硬肉西瓜(PI595203)和一个非硬肉西瓜(中果京欣)纯合自交系成熟期的果实进行转录组测序分析，筛选二者差异表达的基因，通过基因富集分析发现，植物激素信号转导通路的基因在KEGG通路中最显著，推测该通路的基因可能参与了西瓜果肉硬度的调控。
[0026](4)GWAS筛选与西瓜果肉硬度相关的SNP位点
[0027]选取214份自然群体材料，连续种植3年，利用3年西瓜果肉硬度的平均值代表每份材料最终果肉硬度，结果如表1所示。利用GEMMA 0.98.1软件中的混合线性模型，以Q矩阵和亲缘关系矩阵为协变量，利用TasselV本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.用于鉴定西瓜果肉硬度的KASP分子标记，其特征在于，所述KA SP分子标记对应西瓜参考基因组97103V2版的第6号染色体第12831389位碱基，所述碱基为G或A。2.根据权利要求1所述的KASP分子标记，其特征在于，若植株基因型为AA，则西瓜果实为非硬肉，若植株基因型为GG或GA，则西瓜果实为硬肉。3.根据权利要求1所述的KASP分子标记，其特征在于，所述非硬肉西瓜果实硬度小于或等于2.0kg/cm2，所述硬肉西瓜果实硬度大于2.0kg/cm2。4.如权利要求1所述的KASP分子标记在西瓜分子标记辅助育种中的应用。5.用于鉴定权利要求1所述的KASP分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括FAM引物、VIC引物和COM引物，所述FAM引物序列如SEQ ID NO.1所示，所述VIC引物序列如...
【专利技术属性】
技术研发人员：朱红菊，刘文革，何楠，路绪强，
申请(专利权)人：中国农业科学院郑州果树研究所，
类型：发明
国别省市：
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