一种高效染色质DNA结合图谱测序方法技术

本发明专利技术公开一种高效染色质DNA结合图谱测序方法，本发明专利技术方法采用BAMEA

【技术实现步骤摘要】
一种高效染色质DNA结合图谱测序方法


[0001]本专利技术属于生物
，涉及一种染色质DNA结合图谱测序方法，更具体地，本专利技术涉及一种不依赖任何抗体的快速高效染色质DNA结合图谱测序方法。

技术介绍

[0002]细胞核染色质的调控性区域富集了多样化的转录因子、组蛋白修饰等基因调控元件，形成了细胞特异性的染色质DNA结合图谱(Chromatin DNA Binding Landscape)。这些调控元件在许多疾病过程和胚胎发育、细胞分化等重要生物过程中起着关键作用。高通量地检测这些调控元件在染色质DNA中的富集位点，对于揭示基因表达调控的分子机制具有重要意义。经典的染色质免疫共沉淀测序(ChIP
‑
seq)，以及近年来不断发展的CUT&Tag、CUT&RUN、itChIP
‑
seq、CoBATCH、ChIL
‑
seq等方法，大大促进了这一领域的发展。
[0003]但相关技术公开的染色质DNA结合图谱测序技术，依赖于高纯度、高特异性的抗体，抗体价本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种染色质DNA结合图谱测序方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)收集细胞，加入甲醛溶液，使转录因子与DNA交联；(2)将活化后的磁珠加入细胞中孵育，再分离收集磁珠；(3)加入通透封闭液进行孵育，再分离收集磁珠；(4)加入含BAMEA
‑
Tn5转座酶且不含转座酶激活剂的溶液孵育，再分离收集磁珠；(5)洗涤细胞后，再加入含有转座酶激活剂的缓冲液孵育；(6)向步骤(5)的溶液中再加入MEB
‑
Tn5转座酶，继续孵育细胞；(7)用链霉亲和素磁珠回收酶切后的片段；(8)PCR建库，二代测序；其中，所述BAMEA
‑
Tn5转座酶为将特异性识别所述转录因子的核酸适配体序列添加到Tn5转座酶的接头序列的5
’
端，且5
’
端带有修饰基团，进而构建得到的；所述MEB
‑
Tn5转座酶为5
’
端含有常规接头序列的Tn5转座酶。2.根据权利要求1所述一种染色质DNA结合图谱测序方法，其特征在于，所述核酸适配体序列为DNA序列，其能够在细胞原位状态下与细胞内所述转录因子进行特异性结合，结合力Kd值小于100nM。3.根据权利要求1所述一种染色质DNA结合图谱测序方法，其特征在于，所述BAMEA
‑
Tn5转座酶是将BAMEA
‑
Tn5接头序列与Tn5转座酶等摩尔混合后孵育获得；其中所述BAMEA
‑
Tn5接头序列由等摩尔的BAMEA序列和ME序列退火杂交形成，所述ME序列如SEQ ID No.2所示；所述BAMEA序列的结构为5
’‑
B
‑
A
‑
L
‑
MEA
‑3’
，其中，B为生物素，A为核酸适配体序列，L为连接臂，所述MEA的序列如SEQ ID No.1所示；进一步地，所述连接臂为T
10
核酸、C6接头、C12接头、S9接头、S18接头中的一种。4.根据权利要求1所述一种染色质DNA结合图谱测序方法，其特征在于，所述MEB
‑
Tn5转座酶是将MEB
‑
Tn5接头序列与Tn5转座酶等摩尔混合后孵育获得；其中所述MEB
‑
Tn5接头序列由等摩尔的MEB序列和ME序列退火杂交形成，所述ME序列如SEQ ID No.2所示；所述MEB序列如SEQ ID No.3所示。5.根据权利要求1所述一种染色质DNA结合图谱测序方法，其特征在于，所述磁珠为刀豆蛋白A磁珠；和/或，所述通透封闭液为含有洋地黄皂苷、牛血清蛋白、随机单链核酸的溶液；和/或，所述转座酶激活剂为二价金属离子，优选地，所述转座酶激活剂为Mg
2+
。6.根据权利要求1所述一种染色质DNA结合图谱测序方法，其特征在于，步骤(1)为：收集细胞，用0.1％
‑
0.5％甲醛交联5min，0.125M甘氨酸中和5min，使转录因子与DNA交联，然后用PBS缓冲液洗涤3次，去除甲醛与甘氨酸的残留；和/或，步骤(3)中的细胞孵育的温度为4
‑
25℃，时间为30min；和/或，步骤(4)中的细胞孵育的温度为4
‑
25℃，时间为30min；和/或，步骤(5)中的细胞孵育的温度为37℃，时间为30min；和/或，步骤(6)中的细胞孵育的温度为37℃，时间为30min。7.根据权利要求1
‑
6中任一项所述一种染色质DNA结合图谱测序方法，其特征在于，所述Tn5转座酶由Tn1转座酶、Tn2转座酶、Tn3转座酶、Tn4转座酶、Tn6转座酶、Tn7转座酶、Tn8转座酶、Tn9转座酶或Tn10转...

【专利技术属性】
技术研发人员：李景虹，滕续聪，戴依聪，
申请(专利权)人：清华大学，
类型：发明
国别省市：